시중은행이 공인인증서 발급을 대행해 주고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 면세되는 금융·보험용역에 해당하지 않아 부가세가 과세되고, 사업자가 요구할 경우에는 세금계산서를 교부해야 한다는 유권해석(서삼 46015-11141)이 나왔다.

국세청은 은행이 개인 및 사업자의 의뢰에 의해 금융결제원에 등록한 공인인증센터의 전자거래범용 기업인증서 및 금융거래 기업인증서의 발급을 대행해 주고 수수료를 청구하는 경우, 전자거래범용 기업인증서 발급에 대한 수수료에 대해서는 거래시 세금계산서를 교부하고 있는데, 금융거래 기업인증서 발급에 대한 수수료에 대해서도 세금계산서를 교부해야 되는지를 묻는 질의에 이같이 회신했다.

이번 유권해석은 최근 은행들이 부가세가 면세된 범용 기업 인증서를 발급하자 전자인증업체들이 부가세가 면세된 금융결제원의 인증서가 은행을 통해 발급될 경우 면세혜택을 받을 수 없는 인증업체들은 고사할 수밖에 없다며 강력 반발하고 있는 가운데 나온 것이어서 주목된다.

국세청은 은행업을 영위하는 사업자가 공인인증서 발급을 대행해 주고 그 대가를 받는 경우에는 부가세법 제12조제1항제10호 및 시행령에 의해 면세되는 금융·보험용역에 해당하지 않으므로 부가세가 과세된다고 밝혔다.

국세청은 또 은행이 공인인증서 발급을 대행해 주고 발급대행과 관련한 영수증을 교부할 수는 있지만, 용역을 공급받는 사업자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서의 교부를 요구하는 때에는 세금계산서를 교부해야 한다고 덧붙였다.

한편 시중은행들이 지난 7월 재경부가 고시한 '은행업무 중 부수업무의 범위에 관한 지침'에 따라 은행도 인증서 발급 및 등록업무를 할 수 있는 것으로 해석, 부가세가 면세된 가격으로 수수료를 인하한 공인인증서를 발급하자 전자인증업체들은 전자서명법 위반일 뿐만 아니라 은행에 인증서를 공급하는 금융결제원의 시장독점현상을 심화시킬 것이라며 반발해 왔다.