영리법인 중 조직형태에 따라 연결납세신고의 모회사 및 자회사에서 배제시켜야 할 법인은 합명회사, 합자회사, 비영리법인 및 특수목적법인이 돼야 한다는 의견이었다. 또한 연결납세신고대상 자회사에 외국자회사를 포함시킬 필요는 없다는 의견이 압도적이었다. 다음으로 연결납세대상으로서 자회사 포함 여부에 대하여는 기업에게 임의선택권을 줄 필요가 없으며, 연결납세그룹 법인간에는 연대납세의무를 지울 필요가 있다는 것이었다.

그 다음으로 우리나라에서 연결납세신고제도를 채택하게 되는 경우에 내재손실을 공제하도록 할 필요는 없으며, 기업집단의 내재손실의 제거방법으로는 기업집단이 소유하고 있는 자산에 대해 시가평가를 하도록 해야 한다는 의견이었다.

본 연구자는 위에서 검토·분석한 주요 국가의 연결납세제도와 설문조사의 결과를 바탕으로 우리나라에서는 다음과 같은 내용의 연결납세제도가 도입되는 것이 바람직하다고 본다는 견해를 피력하고자 한다.

첫째, 우리나라가 그룹과세제도를 도입함에 있어서는 소득통산형의 연결납세제도를 채택하는 것이 바람직하다.

둘째, 그 적용범위에 있어서 적격주체는 내국영리법인에 한하도록 해야 하며, 순수 비영리법인, 특수목적법인, 외국법인, 보험회사 등은 배제해야 한다.

셋째, 지분율 요건은 제도의 단순화와 소수주주의 보호를 위해 100%로 하되, 주식매수선택권제도와 종업원지주제도가 부분적으로 활용되고 있다는 점을 감안해 점진적으로 그 비율을 인하하는 것이 바람직하다.

넷째, 제도의 적용은 기업이 임의로 선택할 수 있도록 하되, 자회사의 가입선택 여부는 조세회피행위의 발생을 억제한다는 측면에서 모든 자회사로 하여금 강제 가입하도록 해야 할 것이다.

다섯째, 자회사 주식의 장부가격의 조정은 미국과 같이 매 연결사업 연도별로 투자수정을 행하는 방법보다는 업무처리의 단순화를 위해 일본의 경우에서와 같이 양도 등의 사유가 발생할 때에 투자수정을 행하도록 하는 것이 바람직하다고 본다. 왜냐하면 이 방법이 세무관리에 간편하기 때문이다

여섯째, 조세채무의 배분기준은 연결납세제도의 규정을 통해 세법에서 명확하게 정해 두는 것이 필요하며, 제도운영의 간편성을 고려해 개별소득비례배분법 또는 개별세액비례배분법을 채택하는 것이 타당하다고 생각한다.

일곱째, 연결사업연도에 발생한 결손금의 공제에 대하여는 현행 법인세법의 이월결손금 공제기한을 준용해 5년으로 하는 것이 좋다고 본다.

여덟째, 내재손실은 이를 연결시점에서 평가하지 않고, 연결후 5년이내에 대상자산을 양도함에 따라 발생하는 처분손실을 당해 구성법인의 소득에서만 공제하고, 처분이익이 발생하는 경우에는 이를 연결소득에 반영하는 방법을 도입해야 한다.

아홉째, 내부거래손익의 조정에 관하여는 양도자측 손익이연방식을 채택하고 세제의 단순화를 위해 재고자산에 대해서는 연결그룹내 다른 법인의 제품원가 등으로 직접적이고 단기간에 반영되는 점을 고려해 제외시켜야 하며, 장부가액기준으로 5천만원 또는 1억원이하의 자산에 대해서는 거래시점에서 손익을 인식하도록 해야 한다.

열째, 대부분의 국가가 국내 거주자 기업을 대상으로 그룹과세제도를 적용하고 있는 바, 우리나라도 역시 그 도입 초기에는 국내 기업에 한정해 적용하는 것이 바람직하다.

마지막으로 그룹과세제도의 네가지 유형 중 소득통산형인 연결납세제도가 우리나라의 조세환경에 적합하고 이론적으로도 타당한 방법이라고 생각된다.

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