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연결납세제도를 도입함으로써 생기는 법인의 납세형태라고 하는 입장에서 보면 개별 납세제도에서 연결납세제도로 새로운 납세제도를 적용받게 된다. 따라서 기존의 개별 납세체계에서 연결납세라는 완전히 새로운 과세체계를 갖게 됨으로써 기존의 납세체계에서 이뤄진 과세방법에 따라 표면화되지 않은 모든 과세문제를 정리하는 것이 원칙이다.
내재손실(built-in loss)에 대한 문제는 자회사의 결손금 승계문제와 서로 직접적으로 연결돼 있다. 내재손실이란 연결전에 과대평가돼 있는 자산을 연결후에 매각 또는 처분함으로써 그 손실의 차액이 연결후의 소득에 영향을 미치는 경우를 말한다. 즉 자산에 내재된 손실을 소유하는 법인을 매수해 그 자산을 외부에 매수함으로써 그 손실을 실현시켜서 연결납세그룹 전체의 세부담을 경감하는 조세회피행위가 가능하다. 이러한 내재손실이 존재하는 법인의 매수에 의한 절세대책에 대해 연결과세소득으로부터의 공제에 제한을 가해야 한다는 것이다. 예를 들면 연결납세그룹 가입전의 과세연도에 실질적으로 발생했다고 간주되는 연결자회사의 내재손실은 연결과세소득에서 당해 자회사의 소득에 대하여만 상계할 수 있게 함으로써 조세회피를 방지할 수 있다. 이러한 규정은 신규로 가입하고자 하는 자회사에 대해서도 동일하게 적용돼야 한다.
미국에서는 내재손실을 통한 조세회피를 방지하기 위해 내재손실에 대해 결손금과 마찬가지로 SRLY(개별 신고제한연도) 제한의 적용대상으로 하고 있다. 즉 내재손실은 원칙적으로는 실제로 인식되는 사업연도의 손비로 보는 것이지만 SRLY 제한을 적용함에 있어서는 그 인식되는 사업연도에 발생한 것으로 보지 아니하고, SRLY에 발생한 가상의 이월결손금으로 본다.
따라서 내재손실에 의하지 않은 손금으로 허용되는 금액에 대하여는 결손금의 이월 및 소급공제가 적용되기 전에 연결과세소득과 상계되지만, 내재손실 중 손금으로서 허용되지 않는 금액은 그 인식되는 사업연도에 발생하는 결손으로 보며, 그 인식되는 사업연도는 SRLY로 취급된다. 구체적으로 내재손실을 연결시점에서 평가하고, 연결후 5년이내에 양도함에 따라 발생한 실현된 내재손실을 구성법인의 소득에서만 공제하도록 하고 있다.
한편 일본에서는 내재손실에 의한 조세회피행위를 방지하기 위해 연결납세전에 연결자회사들이 가지고 있는 자산 등을 시가평가해 개별 납세에서 손익을 인식하도록 하고 있다. 이때 시가평가 대상 자산은 고정자산(압축기장 등의 규정을 적용받는 감가상각자산은 제외), 재고자산인 토지(토지에 대한 권리 포함), 금전채권, 유가증권(매매목적 및 상환유가증권 제외) 및 이연자산이다.
다만 이러한 자산 중 미실현손익이 해당 자산 보유의 자회사 자본 등 금액의 2분의 1과 1천만엔 중 작은 금액에 미달할 경우에는 시가평가에서 제외하도록 하고 있다.
우리나라에서도 내재손실의 공제제한 또는 시가평가를 시행함으로써 내재손실을 제거하는 과정이 필요할 것임은 물론이다. 본 연구의 설문조사에 의하면 내재손실 공제의 제한이 필요하다는 의견이 56.98%이었으며, 자산의 시가평가에 동의하는 의견이 43.02%로 부동의 의견 30.23%보다 많았다. 이러한 조세회피행위의 방지를 위해 다음의 세 가지 방안을 제시할 수 있다.
첫째, 미국과 같이 내재손실을 연결시점에서 평가하고 연결후 3년이내에 양도함에 따라 발생한 처분손실을 구성법인의 소득에서만 공제하는 방안. 둘째 내재손실을 연결시점에 평가하지 않고 연결후 5년이내에 양도함에 따라 발생한 처분손실을 구성법인의 소득에서만 공제하는 방안. 셋째, 연결납세전에 연결회사들이 가지고 있는 자산 등을 시가평가해 개별납세에서 손익을 인식하는 방안.
위의 세가지 방안 중 첫번째는 연결시점에서 발생한 내재손실만을 정확히 반영한다는 단점이 있다. 한편 일본에서 시행하고 있는 시가평가는 연결시점에서 자산을 모두 시가평가하는 것이 복잡하고, 또 시가평가를 함으로써 법인에게 새로운 조세가 부담이 되므로 바람직하지 않다고 볼 수 있다. 그리고 연결납세 적용시 시가평가를 하기 위해서는 그 평가되는 시가의 기준으로 현행 법인세법에서 적용하고 있는 제3자간의 정상적인 거래가격을 원칙적으로 적용하고, 보충적인 방법으로 감정평가법인이 감정한 가액(주식 등 제외), 상속·증여세법상의 평가방법을 순차적으로 적용해야 하는데 일시에 자회사의 자산을 시가평가한다는 것을 무리가 아닐 수 없다.
비록 본 연구의 설문조사에서는 시가평가에 동의하는 의견이 43.02%로 부동의하는 의견 30.23%보다 많았지만, 일본의 설문조사에서는 7.5%만이 시가평가를 찬성하고 44.6%가 반대를 했다. 특히 일본에서 30개이상의 자화시를 가진 회사의 경우 시가평가가 바람직하지 않다고 응답한 비율은 77%에 이르고 있다. 즉 연결납세대상 자회사의 수가 많을수록 시가평가는 기업에게 큰 부담이 되고 결국 연결납세제도의 채택을 회피하는 이유가 될 수 있다. 그러나 두번째의 내재손실은 연결시점에 평가하지 않고 연결후 5년이내에 양도함에 따라 발생한 처분손실을 구성법인의 소득에서만 공제하는 방안은 계산방법이 간단하고 시가평가에 따른 부담이 완화된다는 장점이 있다. 따라서 우리나라의 연결납세제도의 도입에 있어서 내재손실의 문제는 위의 두번째 방안을 채택하고, 처분이익이 발생하는 경우에는 적용하지 않는 방법을 도입하는 것이 합리적이라고 할 수 있다.
이때 내재손실을 대상자산으로는 고정자산, 유가증권 그리고 금전채권으로 하되 중요성의 관점에서 장부가액 1억원이하 자산은 제외하도록 해야 한다.
지금까지 내재손실에 의한 조세회피행위를 방지하기 위한 방안들을 살펴보았다. 그러나 호주에서는 이중과세를 방지하기 위한 투자수정의 문제뿐만 아니라, 미실현 내재손실을 고려해 자산가액까지 수정하는 자산기준모델이라는 특이한 제도를 도입하고 있다. 이러한 자산기준모델을 도입한다면 시가평가나 내재손실 문제, 그리고 자회사 주식의 장부가액을 수정하는 투자수정의 문제를 한꺼번에 해결할 수 있다.
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