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<연결납세제도 적용의 중지 또는 취소사유>
(1) 연결법인들이 장부의 중요한 사실을 누락했거나, 허위로 기재해 신고한 경우에는 국세청장의 직권으로 취소
(2) 모회사의 해산(분할 또는 합병으로 인한 경우 포함) 또는 모회사가 다른 내국법인의 100% 자회사가 된 경우에는 연결납세 적용이 취소된 것으로 본다. 다만 개별적으로 자회사가 연결납세대상에서 제외되는 사유가 발생한 경우에는 대상 자회사만 연결그룹에서 제외되는 것으로 해 연결납세 적용이 가능
(3) 연결납세제도의 적용을 중지하고자 모회사가 연결하고 있는 자회사와의 연명으로 관할납세지 세무서장에게 신청한 경우
100% 지분율 요건을 적용하지 않고 있는 미국과 프랑스 등의 국가에서는 연결납세 적용의 대상이 되는 모든 자회사의 동의를 받도록 하고 있다. 또한 연결납세제도를 선택한 경우 프랑스와 같이 5년 정도의 계속 적용을 의무화하고 신청에 의해 갱신하는 방안도 가능하지만, 조세회피의 방지를 위해 계속 적용을 원칙으로 하고 정당한 사유가 존재할 경우에만 연결납세의 적용을 중지하는 방안이 타당할 것이다. 이때 연결납세 적용 중지의 정당한 사유에 대해 미국은 연결납세신고가 개별신고보다 아주 불리해진 경우로 규정하고 있으며, 일본의 경우 △연결법인의 장부서류에 불비가 있어 국세청장이 직권으로 승인을 취소하는 경우 △모 법인이 해산한 경우와 연결자회사가 100% 자회사에서 벗어난 경우 등 연결납세의 적용을 계속할 수 없는 사실이 발생해 대상법인에서 취소됐다고 간주될 경우 △연결그룹의 신청과 국세청장의 승인이 있는 경우로 규정하고 있다.
2) 재적용 제한
연결납세제도의 적용을 통해 절세의 효과가 있는 것이 사실이기 때문에 연결납세제도를 조세회피수단으로만 이용해 임의적이고 자의적으로 악용하는 사례를 최소화하기 위해 재적용의 제한은 반드시 필요하다고 본다.
연결납세제도를 도입하고 있는 미국, 프랑스 그리고 일본에서는 연결납세에서 이탈한 자회사에 대해 동일한 연결집단에 5년동안 재가입을 불허하고 있으며, 본 연구의 설문조사에서도 연결납세가 중지된 이후 재적용을 제한해야 한다는 의견이 73.57%에 이르고 있는 것이다.
우리나라에서 연결납세제도의 도입시 재적용 제한규정에 대한 구체적 방안은 다음과 같이 강구하는 것이 적절하다고 본다.
첫째, 국세청장이 직권으로 연결납세 적용을 취소한 경우에는 5년간 연결납세제도의 적용을 하지 못하도록 한다. 둘째, 연결납세 적용의 중지를 신청한 경우에도 5년간 연결납세 적용을 하지 못하도록 한다. 셋째, 해산 등으로 연결납세 적용을 계속할 수 없는 경우에 해당되는 때에는 모회사 또는 자회사에 대해 계속 적용할 수 없는 사유가 경과한 다음 사업연도부터 연결납세 적용을 할 수 있도록 한다.
□제3절. 기본적 운영
1. 자회사 주식의 장부가격 조정
연결자회사가 이익을 계상했을 경우, 그 이익은 연결소득으로서 연결과세표준에 포함시켜 법인세를 납부하게 된다. 또한 자회사가 이익을 실현함으로써 그 자회사 주식의 가액은 이익을 계상하기 전보다 상승하다. 따라서 그러한 이익발생분에 대해 과세가 이미 이뤄졌지만, 모회사가 자회사의 주식을 매각하는 경우에 그 상승분에 대해 다시 양도차익으로 계상돼 이중으로 과세되는 결과가 발생할 수 있다.
반대로 연결자회사가 손실이 발생한 경우에도 그 손실로 인해 연결소득에서 결손금을 공제받게 된다. 그리고 자회사의 결손금으로 인해 모회사가 보유하고 있는 자회사의 주식 가치는 현실적으로 하락하게 된다. 그러나 이 시점에서 자회사 주식의 취득가액을 수정하지 않고 주식을 매각하는 경우에는 자회사의 손실만큼 주식의 양도손실이 다시 발생하게 되므로 손실을 이중으로 공제하게 된다. 따라서 자회사 주식을 매각하는 시점에서 자회사 주식의 장부가액을 수정해 이중으로 과세되는 문제와 이중으로 공제되는 문제를 해결하기 위한 방안이 필요하게 되는 바, 이것이 곧 투자수정이다. 즉 연결납세그룹 내의 자회사 주식을 양도함에 따라 이익 또는 손실이 이중으로 계상되는 것을 방지하기 위해 모회사가 투자한 자회사 주식의 장부가액을 수정하는 것을 투자수정이라 한다.
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