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첫째, 연결자회사의 지분율 판정시 모회사가 일정률이상을 출자하고 있는 자회사가 또다른 자회사에게 출자하고 있는 경우의 지분율 판정시 연결납세의 연결기준을 100%로 할 경우에는 그다지 복잡하지 않지만, 그 이하의 경우에는 상당히 복잡해진다. 따라서 연결납세제도를 100%의 연결기준으로 적용하자는 큰 이유 중의 하나는 자회사에 대한 간접적 소유의 구조를 어떻게 파악할 것인가가 상당히 복잡하기 때문에 도입 초기에는 단순화하는 것이 바람직하다.
둘째, 그룹과세제도를 논할 경우에 매우 중요하지만 간과되는 문제로서 소수주주의 보호문제가 있다. 'Organschaft'제도에서는 보상지급액에 대한 엄격한 규정이 존재하는데, 그 규정의 존재 이유는 자회사가 모회사에게 손익을 실질적으로 이전시켜야 하는 요건 때문이다. 따라서 소수주주는 자신의 이익에 관한 지분만큼 반드시 보상받을 필요가 있으며, 또 보상받아야 하기 때문이다.
대부분의 제도에 있어서 법률적 목적으로 손익을 취급하는 방식은 과세문제와는 완전히 독립적이다, 자회사가 그룹과세제도의 적용을 받고 있는 경우조차도 소수주주는 계속 자신의 지분만큼 이익배당을 수령한다.
또한 손익에 대해 세부담을 지는 모회사와 소수주주 사이의 조세이익 또는 조세불이익에 대한 배분의 문제도 있다. 자회사의 이익이 그룹 결손과 상계대상이 되는 경우라면 이익회사의 소수주주는 과세되지 않는 배당을 수령하지만, 결손자회사의 경우는 조세이익이 모회사로 이전되게 된다.
이처럼 그룹내 한 기업에서 다른 기업으로 결손을 대체하는 경우에 결손회사의 소수주주에게 부정적 효과를 미칠 수 있는 것과 마찬가지로 그룹 내부에서 세무목적으로 자산을 장부가액으로 처분하는 경우도 자산을 양도하는 회사의 소수주주에게 불리한데, 그 이유는 이러한 처분거래가 이연법인세 부채 등 그 회사의 이익을 실현시키지 아니하고 또 배당할 재원을 마련하지 못하게 할 뿐만 아니라, 동 자산의 양도차익에 상당하는 조세를 소수주주에게 전가시키는 경우가 발생할 수 있기 때문이다.
본 연구의 설문조사에서도 59.32%가 소수주주권의 보호장치가 필요하다고 답변했으며, 2002년의 설문조사에서도 80.4%가 필요하다고 답변했다. 이처럼 소수주주에 대한 보호장치가 마련돼 있지 않은 상황에서는 연결자회사에 대한 지분율 기준을 100%로 하는 것이 보다 설득력을 얻게 된다.
연결자회사에 대한 지분율 결정시에 발생하는 또다른 문제는 지분비율 계산시 무의결권 주식이나 자기주식 등을 포함시킬 것인지의 여부이다. 미국에서는 80% 지분율 판정시 무의결권 주식과 종업원지주제도에 의해 임직원이 보유하는 주식을 총 주식과 보유주식에 포함하고, 자기주식과 전환증권 및 특정 우선주식은 제외하도록 하고 있다. 이와 달리 100%를 기준으로 하고 있는 일본에서는 지분비율 계산시에 자기주식, 종업원지주회사 보유주식, 그리고 스톡옵션 등의 합계가 발행완료주식의 5%미만일 경우에 이를 제외하고 지분율을 판단한다.
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