한국조세재정연구원이 의제매입세액공제 실효성을 높이기 위해서는 공제율은 단순하게 운영하고 소규모 사업자에게 집중해야 한다고 주장했다.

한국조세재정연구원은 4일 조세재정브리프 147호 ‘의제매입세액공제 제도의 평가 및 개선방안’(정다운 부연구위원)에서 이같이 주장했다.

의제매입세액공제제도는 과세사업자가 면세농산물 등 부가가치세가 면세된 재화를 공급받아 부가가치를 창출해 과세로 공급할 때 면세재화에 해당하는 매입금액 일부에 대해 매입세액을 인정하는 제도다. 면세농산물, 재활용폐자원, 중고자동차 등에 적용되고 있으며, 중복과세 문제 해결과 사업자들의 실질적인 세부담을 경감하기 위한 제도로 오랫동안 유지돼 왔다.

보고서는 부가가치세 신고 미시자료를 패널자료로 구축해 의제매입세액공제 제도에 따른 가격 전가의 효과를 분석한 결과, 효과는 간이사업자 및 일반사업자에게서 확인되며, 법인사업자의 경우 발견할 수 없었다고 밝혔다.

간이사업자는 의제매입세액공제가 적용된 사업자의 부가가치율이 적용받지 않은 사업자에 비해 약 22~32%p 낮게 나타났다. 일반사업자의 경우에도, 의제매입세액공제가 적용된 사업자의 부가가치율이 적용받지 않은 사업자에 비해 약 14%p 낮았다.

보고서는 “의제매입세액공제 제도의 도입으로 사업자들의 가격 전가 정도를 낮춰 소비자들에게 혜택으로 귀속됐을 가능성이 높다”며 “의제매입세액공제 제도가 없다면, 사업자들의 가격 전가 정도는 사업자들의 매입세액 불공제 규모보다 더 커질 가능성이 있어, 궁극적으로 소비자들의 부담을 증가시킬 수 있다”고 봤다.

다만 기납부세액이 없는 사업자들에게 부가가치세의 예외 사항을 적용해 매입세액을 인정하기 위해서는 부가가치세의 예외 사항을 적용해 매입세액을 인정하는 제도의 정책적 정당성이 확보돼야 한다고 단서를 달았다.

세액공제 형태가 아닌 면세사업자와 거래하는 과세사업자들에 대한 지원금 형태의 제도 운영으로 변경하는 것이 사업자들의 가격 전가 정도를 낮게 조정해 소비자 후생 변화에 큰 영향이 없다면, 부가가치세제의 예외 사항을 허용해 세제의 복잡성을 증가시키는 대신 중복과세, 소비자 부담 등에 대한 더 효과적인 대처가 가능할 것이라는 설명이다.

또한 제도를 지속적으로 운영하는 것을 전제한다면, 의제매입세액공제율은 단순하게 운영하는 것이 바람직하며, 제도의 대상도 상대적으로 소규모 사업자에게 집중해 제도를 운영하는 것이 제도의 실효성을 제고하는 방안이 될 수 있다고 주장했다.

조세재정연구원은 “이번 연구는 의제매입세액공제 제도의 효과를 부가가치세 신고 미시자료 등을 토대로 사업자와 소비자 입장에서 가격 전가를 기제로 분석한 첫 번째 연구로 의미가 있다”고 밝혔다.