한국조세재정연구원, 조세특례 심층평가

 

최근 몇년새 기업들의 신성장⋅원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 수요가 증가하고 있는 가운데, 정부가 기업들의 투자 불확실성을 최소화하기 위해 사전심사제도를 운영하고 있지만 활용도가 낮은 것으로 나타났다.

 

특히 국세청은 R&D 세액공제 사전심사제도를 운영하고 있는데 기술전문가 수준에서 검토가 이뤄질 지 의문이 제기돼 제도의 오남용 우려가 나오고 있다.

 

한국조세재정연구원은 최근 ‘신성장⋅원천기술 연구개발비에 대한 세액공제’ 조세특례 심층평가 보고서에서 이같이 밝혔다.

 

신성장·원천기술 R&D 세액공제는 2010년 1월 도입돼 현재 12개 분야 235개 기술 R&D 비용에 대해 20~30%(중소기업 30~40%) 세액공제해 주는 제도다. 2021년 기준 조세지출 규모가 2천762억원에 이른다.

 

세액공제를 신청하는 기업 수는 2012~2019년까지 연평균 18.4%, 세액공제 규모는 같은 기간 47.2% 각각 증가했다.

 

신성장⋅원천기술 연구개발은 상대적으로 높은 도전성과 난이도가 있는 분야이고 막대한 초기 투자가 요구되기 때문에 기업 입장에서는 미래 불확실성을 최소화해야 한다. 이에 정부는 사전심사제도를 통해 불확실성을 경감해 줌으로써 투자유인을 제고할 수 있도록 지원하고 있다.

 

현재 사전심사제도는 국세청을 통한 R&D 세액공제 사전심사, 전담기관인 한국산업기술진흥원의 사전심사 등 2가지가 있다.

 

보고서는 두가지 형태의 사전심사제도가 있으나 사전 심사 없이 국세청에 직접 세액공제를 신청한 기업이 대부분인 것으로 파악했다.

 

실제로 한국산업기술진흥원의 사전심사 실적은 2017~2020년까지 총 27개 기업 47개 기술로, 2019년 세액공제 신청기업 310개의 8.7%에 불과했다.

 

대부분의 신청기업은 기술검토나 비용검토 등 사전심사 없이 세액공제가 이뤄져 향후 사후검토 또는 세무조사 때 부인될 가능성이 있다는 의미다.

 

보고서는 또한 국세청의 R&D 세액공제 사전심사제도는 기술전문가 수준에서 대상기술을 검토할 수 있는 전문인력과 조직이 부재해 전문적인 검토가 이뤄질지 의문을 제기했다.

 

이에 따라 제도의 오남용을 방지하기 위해 세무검증을 강화해야 한다고 밝혔다.

 

보고서는 신성장⋅원천기술 연구개발은 비교적 적은 숫자의 기업이 활용하고 있으므로 모든 신청기업에 대해 국세청 책임 하에 전문성 있는 기술검토를 수행해야 한다고 방안을 제안했다.

 

또 해외사례를 참조해 과세특례의 사전심사 채널과 전문성 있는 기술검토가 이뤄질 수 있도록 세무행정 측면에서 개선방안을 모색해야 한다고 밝혔다.