수도권 소재 기업이 지방으로 이전해 법인세 감면혜택을 누린 후, 다시금 수도권으로 재이전했는데도 국세청이 세액추징을 하지 않은 것은 물론 사전 질의회신에서조차 별반 문제가 없다고 잘못 회신한 것으로 드러났다.

이와 관련, 조세특례제한법 제63조의2 제7항과 같은 법 시행령 제60조의2 제12항에서는 본사 지방이전으로 조세감면을 받은 법인이 수도권에 본사를 설치한 경우, 설치일로부터 소급해 5년 이내에 감면된 세액을 법인세로 납부토록 규정하고 있다.

감사원이 지난해 11월28일부터 12월18일까지 기획재정부와 국세청을 대상으로 실시한 조세지출제도 운영실태에 대한 감사결과를 지난 26일 발표한 가운데, 국세청이 잘못된 세법해석으로 감면 사후관리를 부적정하게 운영한 것으로 나타났다.

감사원에 따르면, 국세청은 지난 2011년 11월 주식회사 A로부터 2005년에 본사를 수도권 밖으로 이전해 조세감면을 받은 후 감면기간이 경과한 2012년에 다시 수도권으로 본사를 이전할 경우 이미 감면받은 세액의 추징 여부를 사전질의 받았다.

앞서 조특법에 따르면, 2004년 1월1일 이후에는 감면기간이 경과한 이후라도 본사 지방이전 감면을 받은 법인이 수도권에 본사를 다시 설치하는 경우에는 설치일로부터 소급해 5년 이내에 감면받은 세액을 추징해야 한다.

국세청은 그러나 이같은 조특법 규정을 반영하지 않은 채 감면기간이 종료된 이후 본사를 수도권으로 재이전한 경우 이미 감면받은 세액을 추징하지 않는다고 잘못 해석해 A社에 회신했다.

감사원은 이번 감사기간 중 A社와 같은 유사사례에 대해 사후관리 실태를 점검한 결과 총 5개 법인이 본사를 수도권으로 재이전했음에도 감면받은 세액 8억8천여만원을 추징하지 않은 사실을 적발했다.

국세청은 이번 감사 결과에 대해 감면기간이 종료된 이후 본사를 수도권으로 재이전한 경우 이미 감면받은 세액을 추징하지 않는다고 해석한 질의회신(법인세과-146,2012.2.24.)을 삭제하고, 법인의 부당감면 여부를 사후관리하겠다는 의견을 감사원에 제시했다.