국회 산하 국회미래연구원이 "사후적 R&D 세액공제는 글로벌 기술경쟁시대에 한계가 있는 만큼, 전략기술 중심의 직접 보조금 체계로 과감히 개편해야 한다"고 주장했다. 국회미래연구원은 16일 발간한 '정부 R&D 조세지원의 한계와 직접지원 구조로의 전략적 전환' 연구보고서에서 이같이 밝혔다. 보고서는 글로벌 기술경쟁 심화, 산업구조 전략화, 첨단기술 중심의 패러다임 변화 등으로 현행 R&D 조세지원 방식의 근본적 재검토가 필요하다고 진단했다. 현행 R&D 조세지출은 연구·인력개발비 중심의 지원 구조가 고착화돼 있다는 분석이다. 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 최근 5년간(2020~2024년) 공제액은 전체 R&D 조세지출의 84~91% 수준에 달했다. 기업 규모·업종·기술 범주에 따른 활용 패턴과 수혜 규모에 뚜렷한 차이도 나타나고 있다. 중소기업은 소득금액 10억원 이하 구간에 전체의 81.0%가 집중된 반면, 일반기업은 소득금액 100억원 초과 500억원 이하 구간이 38.5%로 가장 높은 비중을 차지했다. 평균 신고액 역시 중소기업은 10억원 이하 구간에서 약 1천500만원 수준에 그친 반면, 일반기업은 소득금액 500억원 초과 구간에서 평균 37억원을 기록하며 기업규모가 클수록 세액공제 활용 수준이 높았다. 일반 분야에서는 중소기업의 세액공제 규모가 상대적으로 컸으나, 신성장·원천기술과 국가전략기술 분야에서는 일반기업이 중소기업에 비해 월등히 큰 규모의 공제를 받았다. 특히 2023년 국가전략기술의 경우 중소기업 신고 총액이 32억원 수준이었던 데 반해, 일반기업은 1조1천936억원에 달하는 등 기술 특성에 따른 기업간 수혜 격차가 매우 크게 나타났다. 보고서는 R&D 조세지원제도의 한계로 ▲연구개발 착수 단계에서 지원 규모 예측이 어려워 장기적·고위험 R&D에 낮은 활용 가능성 ▲혁신 역량이 있으나 재무여건이 취약한 기업에는 실효성이 낮아 결과적으로 대기업 중심으로 혜택 편중을 짚었다. 또한 ▲기술 변화에 즉시 대응이 어렵고 기술간 중복, 경계 모호성 등으로 정책 타깃팅 기능 약화 ▲기업이 연구 필요성이 아닌 기술목록 적합성을 기준으로 투자 방향을 조정하는 연구개발 왜곡 가능성도 들었다. ▲사후적·형식적 연구개발비 적격성 검증과 R&D 활동 정의의 오남용 가능성 ▲예산심의나 지출 상한 설정이 어려워 국가재정 운용의 예측가능성 저하 ▲기업의 조세회피 목적으로 지출 구조를 설계하거나 조세지원이 실제 기술성과로 이어지지 않을 가능성 등도 제시됐다. 글로벌 주요국들은 R&D 지원 방식을 간접지원 중심에서 직접 보조금 중심으로 전환하고 있다. 특히 미국, EU, 일본 등은 반도체·AI·이차전지·바이오 등 국가전략기술 분야를 중심으로 대규모 보조금과 공공투자를 확대하고 있으며, 국가 산업안보 관점에서 전략적 재정 개입을 정당화하고 있다. 이런 흐름은 산업 보조금이 기초연구나 기술적 혁신뿐 아니라 설비투자, 공급망 확보, 인력양성, 생태계 구축 등 전 주기 산업 지원수단으로 활용되고 있음을 의미한다고 보고서는 분석했다. 최근의 연구 결과에 따르면, 연구개발 투자 촉진 효과 측면에서 재정지원이 조세지원보다 더 높은 투입부가성과 파급효과를 보이고 있으며, 특히 업력이 낮고 시장진입 초기 단계에 있는 기업일수록 재정지원의 효과성이 더 크게 나타나는 경향이 확인된다고 보고서는 제시했다. 이는 직접 보조금 방식이 기술 기반 기업의 성장단계별 지원 수단으로 적합하다는 것을 보여주는 것이며, 기업 대상 인식조사에서도 R&D 목표 달성, 도전적 분야 연구 수행, 정책 종료 후 투자 지속 여부 등에서 재정지원 방식에 대한 만족도가 더 높게 나타났다는 점을 들었다. 보고서는 이런 분석 결과를 바탕으로 "R&D 조세지원은 WTO 체제 하에서 우리 정부가 보조금 협정을 회피하기 위한 우회적 수단으로 활용해 온 간접 지원 방식"이라며 "최근 WTO 체제가 실질적으로 기능하지 못하는 상황에서 이런 우회 방식을 유지할 필요성은 크게 약화됐다"고 진단했다. 또한 "현 시점에서 조세지원 방식은 기업의 R&D 활동을 효과적으로 지원하는 데 적합하지 않아, R&D 세액공제 중심의 간접 지원을 직접 보조금 등 재정지원 방식으로 전환해야 한다"고 주장했다. 구체적으로는 R&D 조세지출을 직접 보조금 등 재정지출로 전환하는 과정에서 △선택과 집중 △산업 생태계별 지원 △벤처·스타트업 지원 등이 함께 추진돼야 한다고 제안했다. 보고서를 작성한 유희수 연구위원은 "기술패권 경쟁이 국경을 가르고 국제질서를 재편하는 시대에, 사후적·분산적 성격의 R&D 조세지원만으로는 글로벌 기술 경쟁에서 국가 경쟁력을 확보하기 어렵다"고 밝혔다. 그러면서 "직접 보조금은 기술 우선순위를 설정하고, 대규모 전략 투자를 수행하며, 고위험 연구의 위험을 분담하고, 산업 생태계 기반의 혁신을 가능케 하는 가장 강력한 정책수단"이라며 "전략기술 중심의 직접 보조금 체계로 전환해 기술주권을 강화하고, 국가 산업구조의 초격차 기반을 구축해야 할 시점"임을 강조했다.