감사원이 대구지방국세청에 대한 기관 정기감사 결과, 세무조사와 세원관리 전반에서 위법·부당 사례를 적발하고 총 597억4천만원 규모의 세금 미·부족 징수 사실을 확인했다.

감사원은 9일 공개한 ‘대구지방국세청 정기감사 보고서’를 통해 대구청과 관할 세무서가 상속·증여세, 법인세, 양도소득세, 부가가치세 등 주요 세목에서 과세요건 검토를 소홀히 하거나 법령을 잘못 적용한 사례가 다수 확인됐다고 밝혔다.

이번 감사는 지난해 4월부터 약 한 달간 실시됐으며, 총 30건의 위법·부당 사항이 적발됐다.

주요 지적 사항으로 △배우자공제 한도를 과다 적용해 상속세 7억원을 덜 거둔 사례 △증여의제 검토 누락으로 증여세 약 60억원을 미징수한 사례 △비사업용 토지 양도 관련 과세요건을 형식적으로 판단해 법인세·양도소득세 약 51억원을 부족 징수한 사례 등이 포함됐다.

또한 부산지방국세청이 부동산 과다 보유법인 과점주주의 주식 양도에 대해 누진세율 대신 25% 단일세율을 적용해 약 308억원의 양도소득세를 덜 거둔 사실도 함께 지적됐다.

이와 함께 국가전략기술사업화시설 추가 세액공제와 관련해 전국 7개 지방국세청이 서로 다른 산정 방식을 적용해 온 점도 확인됐다. 감사원은 이를 일관된 기준으로 적용할 경우 최대 1천269억원의 추가 징수 또는 490억원의 환급 가능성이 있다고 분석했다.

감사원은 재경부와 국세청에 세액공제 기준을 명확히 하고 법령 해석과 적용의 일관성을 확보할 것을 통보했으며, 대구지방국세청에는 부족 징수 세액 환수와 관련자 징계 등 후속 조치를 이행할 것을 요구했다.