최근 해운업계의 어려움을 감안해 2016~17년 사업연도에 한해 해운기업의 톤세적용 포기가 허용된다.

톤세는 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례로 해운소득에 대해서는 선박톤수 및 운항일수를 기준으로 과세표준을 계산하는 제도며, 특례 적용시 연속한 5개 사업연도 동안 의무적용된다.

개정안은 내년 1월부터 12월 31일이 속하는 사업연도까지 포기를 허용하기로 했다.

재무구조개선계획 등에 따라 금융기관이 대출채권을 출자전환시 발생하는 손실에 대해 출자전환시점에서 조기 손금산입이 허용되며 국책은행의 자본확충을 지원하기 위해 자본확충펀드의 법인세는 5년간 과세이연된다.

기업활력제고법 상 사업재편계획에 대한 세제지원 강화방안도 마련돼, 사업재편계획에 따라 합병하는 경우 합병대가 중 주식으로 받아야 하는 비율이 80%에서 70%로 완화된다.

또한 사업재편계획에 따라 합병으로 발생한 중복자산 양도시 사후관리 완화책으로 중복자산 양도대금으로 신규 자산을 취득하지 않아도 양도차익 과세이연 허용과 중복자산을 양도함에 따라 합병 후 2년내 승계 자산의 50% 이상을 처분하게 되는 경우에도 법인세 추징대상에서 제외하도록 했다.

합병·분할 등 기업 구조조정에 대한 세제지원도 확대돼 물적분할·현물출자로 과세이연된 경우 지분 50% 이상 의무보유 기간이 3년으로 완화됐으며 물적분할·현물출자로 과세이연 후 추징이 배제되는 추가적 구조조정의 범위가 현행 분할로 신설된 법인 간 적격합병 등에서 합병·분할·주식교환·현물출자 등 모든 적격 구조조정으로 확대된다.

이와함께 해외 완전자회사간 합병시 발생하는 이익에 대해 외국에서 주주인 내국법인에 대해 과세이연할 경우 국내에서도 과세이연되며 분할시 과세이연 혜택을 받을 수 있는 승계가능한 주식 범위가 분할사업부문과 매출·매입 비율이30% 이상이거나, 동일업종을 영위하는 법인의 주식과 외국기업지배지주회사를 설립하는 경우 외국기업(해외 자회사) 주식까지 확대된다.

개정안은 또, 합병시 이월결손금 공제를 위한 구분경리 부담완화를 위해 구분경리가 면제되는 동일사업 영위법인 간 합병 범위가 현행 한국표준산업분류 세세분류상 동일사업에서 세분류상 동일사업으로 확대하는 내용이 포함됐다.

아울러 자금사정이 어려운 중소·중견기업의 회사채 발행을 지원하기 위해 고위험고수익 투자신탁 과세특례는 내년 말까지 연장된다.