산업용지를 매각할 때 당초 면제받은 지방세를 추징하도록 하면서 관리기관이 환매하는 경우만을 추징 대상에서 제외한 舊 지방세법은 헌법에 위반되지 않는다는 헌법재판소의 결정이 나왔다.

헌재는 "관여 재판관 전원의 의견으로, 구 지방세법 제276조 제1항 단서 중 '당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다'는 부분은 헌법에 위반되지 않는다는 결정을 선고했다"고 25일 밝혔다.

과거에는 관리기관이 환매하는 경우와 함께 관리기관이 지정하는 제3자가 환매하는 경우에도 지방세 추징을 면제했다.

그러나 2006년12월30일 지방세법이 개정되면서 관리기관이 환매하는 경우에만 추징을 면제토록 그 범위가 축소됐다.

헌재는 두 경우를 차별하는 해당 규정은 합리적 이유가 있어 조세평등주의에 반하지 않으므로 헌법에 위반되지 않는다고 판단한 것이다.

헌재는 결정문에서 "당초 세제지원혜택을 준 취지에 반해 산업용지를 매각하는 자에 대해 추징면제혜택을 주는 것은 그 범위를 엄격하게 제한할 필요가 있다"며 "관리기관의 자의적 법집행으로 인한 부작용은 환매 여부를 결정하는 절차를 합리적으로 운영함으로써 최소화할 수 있다"고 밝혔다.

이어 "관리기관이 직접 환매하는 경우는 관리기관이 지정한 자가 환매하는 경우에 비해 공적인 필요가 더 큰 경우라 할 것이고, 처분절차의 투명성도 확보되는 등 양자를 달리 취급할 필요성도 인정되는 점을 감안하면, 추징면제 대상 범위 설정은 입법자의 재량범위 내에서 합리적인 기준에 따라 이뤄졌다"고 덧붙였다.

앞서 A제약사는 단지 내 토지를 취득하면서 취득세 등을 면제받았으나, 이후 사업추진이 곤란해 한국산업단지공단에 토지 처분을 신청을 내고, 공단이 지정한 제3자에게 토지를 양도했다.

하지만 토지를 2년 이상 산업용 건축물의 용도로 사용하지 않고 매각했다는 이유로 면제된 취득세 등이 부과되자, A제약사는 청주지방법원에 '산업단지관리기관이 지정하는 제3자에게 매각한 경우에도 산업단지관리기관이 직접 환매한 경우와 마찬가지로 취득세 등을 면제받아야 한다'고 주장하며 취득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기했다.

청주지법은 산업단지관리기관에 매각한 경우와 달리 산업단지관리기관이 지정한 3자에게 매각한 경우 면제된 취득세 등을 추징하도록 한 구 지방세법에 대해 조세평등주의 및 조세법률주의에 반하고, 납세자의 재산권을 침해한다는 의심이 있다는 이유로 직권으로 위헌법률심판제청을 했다.

한편, 구 지방세법은 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설이나 시험생산용 건축물을 신축하거나 증축하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 등록세를 면제토록 하고 있다.

또 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권 외 산업단지 면제)토록 하고 있다.

하지만 ▷취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않는 경우 ▷사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 않고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 지방세를 추징토록 하고 있다.

다만, 당해 산업단지관리기관이나 산업기술단지관리기관이 환매할 때는 면제된 지방세를 추징을 제외토록 하고 있다.