자회사를 통해 법인 지분을 취득했더라도 모회사를 과점주주로 보고 취득세를 물리는 것은 정당하다는 대법원 판결이 나왔다.

대법원 전원합의체(주심·박병대 대법관)는 네덜란드 법인 옥메도퍼시픽 비브이가 "취득세 등 25억여원의 과세 처분을 취소해 달라"며 서울 종로구청장을 상대로 낸 취득세 등 부과처분취소 청구소송에서 원고 승소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법에 환송했다고 25일 밝혔다.

재판부는 "모회사가 완전한 지배권을 통해 자회사들이 취득한 지분을 실질적으로 지배·관리하고 있어 취득 지분의 실질적 귀속자인 과점주주로서 취득세 납세의무를 부담한다고 봐야 한다"고 밝혔다.

이어 "자회사들이 지분을 취득한 형식에만 치중해 모회사에 납세의무가 없다고 본 원심은 실질과세의 원칙에 관한 법리를 오해했다"고 판단했다.

다만 전원합의체 대법관 11명 중 전수안·이상훈 대법관 등 2명은 소수 의견으로 "조세법률주의 원칙상 과점주주 요건을 충족하지 않은 모회사에 납세의무를 지울 수 없다"며 반대 의견을 냈다.

비브이는 1998년과 2003년 100% 지분을 출자해 A사와 B사를 설립했고 A사는 국내 C사의 주식 75%, B사는 싱가포르 법인 씨피엘을 통해 C사의 나머지 주식 25%를 취득했다.

A사와 B사는 또 2003년 5월 국내 유한회사인 D사의 지분을 각각 50%씩 취득했다.

종로구청은 비브이를 C사의 과점주주로 봐 B사를 통해 취득한 C사의 지분 비율이 25%만큼 증가했으며, A·B사를 통해 D사의 지분을 100% 소유하게 됐다고 판단하고 비브이에 취득세 등을 부과했다.

비브이는 그러나 "과점주주란 특수관계에 있는 자들과 함께 51% 이상의 주식을 소유하고 있는 '주주'를 뜻한다"며 "C사와 D사의 주식을 소유하고 있지 않은데도 과점주주로 판단해 과세한 것은 위법하다"며 소송을 냈다.

지방세법에서는 부동산 등을 보유한 법인 지분을 51% 이상 취득하는 과점주주에 대해 취득세를 부과토록 돼 있다.

1·2심에서는 "지방세법 상 과점주주에 해당하려면 그 회사의 주주나 사원이어야 하는데 비브이는 모회사에 불과하고, 실질과세 원칙만을 근거로 비브이를 과점주주로 보는 것은 부당하다"며 원고 승소 판결했다.