취득세를 감면받은 부동산을 유예기간내 매각 후 다른 부동산을 취득, 확장이전할 경우에도 기감면한 취득세를 부담해야 한다는 판결이 나왔다.

민원인은 서울시 금천구 가산동 소재 부동산을 취득하며 지방세법 제282조 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이라는 이유로 취득세 등을 감면받았다.

하지만 이후 민원인이 이 사건의 부동산을 각각 매각하자 처분청은 4억9천만원을 과세표준으로하여 앞서 감면받았던 취득세 990만원, 농어촌특별세 99만원, 등록세 990만원 지방교육세 198만원 등을 과세했다.

이에 민원인은 기업부설연구소로 사용하는 부동산에 대해 취득세 등을 감면해주는 취지는 기업의 연구개발 육성 및 확대를 통한 국부와 일자리 창출이 목적임을 언급하며 민원인 또한 이러한 취지에 맞게 창업해 연구개발을 통한 사업확장과 일자리 창출에 노력하고 있다고 전제했다.

이어 민원인은 그러므로 사업확장을 위해 좁은 면적의 부동산을 매각한 것은 취득세 감면 취지에 어긋나지 않으며 서울시의 중소기업육성 기금 시설수혜 이행각서에 따라 서울시에서 지원받은 원리금도 전액 상환했고, 이 사건의 부동산의 매각과 동시에 연구소를 확장이전 설치한 뒤 연구소의 설립 목적을 더욱더 확대 발전시키고 있으므로 지방세법 제282조 단서규정의 정당한 사유로 부과한 과세를 철회해달라고 주장했다.

하지만 처분청은 지방세법 규정에서 말하는 정당한 사유란 민원인의 내부사정이 아닌 외부의 불가항력적인 사정, 즉 천재지변이나 법령에 의한 제한금지 등 민원인으로서는 어찌할 수 없는 불가피한 사유를 말하는데, 본 사안의 경우 민원인은 부동산 취득에 대해 지방세법 282조의 규정에 의거 감면을 받은 후 단서규정의 유예기간 내에 매각했으며 연구소 면적이 협소해 확장하기 위해 매각했다는사유는 신청인의 내부사정일 뿐이라고 일축했다.

따라서 천재지변이나 법령에 의한 제한금지 등 불가항력적인사유에 해당되지 않으므로 민원인이 본 사안의 부동산에 대해 기업부설연구소 용도로 사용한다고 감면받았던 취득세 등을 신고납부한 것은 적법한 절차에 따라 이뤄진 것이라고 처분청은 주장했다.

이와 관련해 지난 2009년 2월 16일에 열린 서울시 공개세무법정은 이번 이의신청의 쟁점은 민원인이 기업부설연구소용으로 감면받은 후 유예기간 내에 매각하고 다른 부동산을 취득해 확장이전 한 경우, 이미 감면한 취득세 등의 납세의무가 있는지의 여부라 보았다.

심의위원들은 본 사안에 대해 먼저 지방세법 제282조의 명문규정 중 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제하나, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대해서는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다는 규정을 중시했다.

또한 지방세법 규정에서 말하는 정당한 사유에 대해 처분청이 인용한 민원인의 내부사장이 아닌 외부의 불가항력적 사정 즉 처재지변이나 법령에 의한 제한금지 등 신청인으로서는 어찌할 수  없는 불가피한 사유라는 해석(지방세운영과-1489.2008.9.26)을 존중한 심의위원들은 민원인의 확장이전이 비록 연구소의 발전을 위해였다고는 하나 이는 민원인의 내부사정에 비롯되어 정당한 사유로 인정할 수 없다고 밝히고, 따라서 처분청의 앞서 면제된 취득세 등의 과세를 인정했다.