비록 토지공부상의 지목은 농지로 등재되어 있어도 현황은 이와 다른 경우 등록세 부과시 농지로 볼 수 없다는 공개세무법정의 판결이 나왔다.

당초 처분청은 민원인이 2008년 7월 31일 매매취득한 서울시 소재 토지의 취득가액 8억원을 기준으로 지방세법 제 131조 1항 제3호 (2)목의 세율을 적용, 등록세 및 지방교육세 1천9백만원을 과세했고 민원인은 이를 신고납부했다.

하지만 이후 민원인은 해당 토지의 공부상의 지목이 농지를 뜻하는 전(田)으로 등재되어 있고, 전체 토지면적의 3분의 1 정도에 고추, 상추 등의 작물을 경작 중에 있었으며 또한 처분청도 이 사건 토지를 농지로 보아 농지보전부담금을 부고했던 사례를 비춰볼 때 이 사건 토지를 농지가 아닌 기타 지목의 세율을 적용해 등록세를 부과한 것은 부당하다며 경정을 요구했다.

처분청은 이에 대해 민원인의 이 사건 토지는 공부상 지목이 전(田)으로 등재되어 있으나, 실제 사용현황은 2001년도부터 민원인이 취득시까지 농지가 아닌 잡종지 및 대지, 도로, 구거로 등재돼 있어 이에 따라 종합토지세 및 재산세가 각각 부과고지되었다고 답했다.

또한 해당 토지에 대해 농지보전부담금을 부과고지했으나, 농지법 부칙 제7조 제4항의 규정에 의거 이 사건 토지가 농지보전부담금 부과대상에 해당되지 않아 농지보전부담금 부과를 취소했으며, 또한 민원인은 취득당시 이 사건 토지에 농작물을 재배했다는 사실을 입증하지 못하고 있고, 처분청의 세무담당공무원이 2008년 5월에 현장을 촬영한 사진에도 이 사건 토지에 폐건축자재가 쌓여있을 뿐 농작물을 재배하고 있는 농지로 볼 수는 없다할 것이므로 사실상의 현황에 따라 농지가 아닌 대지, 도로, 구거로 보아 지목의 세율을 적용한 등록세 부과처분은 정당하다고 주장했다.

이에 대해 작년 12월에 열린 공개세무법정에서는 이 사건의 쟁점을 공부상 전(田)으로 등재된 토지가 실재로 잡종지 및 대지, 구거, 도로 등으로 이용되고 있는 경우 등록세 부과시 이를 농지로 볼 것인지 여부가 쟁점이라고 보았다.

이와 관련해 서울시 공개세무법정에서는 이와 유사한 사례로 '민원인이 이건 토지를 취득한 2일 후인 2003년 4월 9일 처분청의 세무담당공무원의 현지 확인 시에도 이 사건 토지는 나대지 상태로 작물을 재배한 흔적이 없고 농업용 기계와 승용차가 주차하여 있었으며, 주변에는 주택과 컨테이너 박스가 쌓여 있다는 사실로 볼 때 이 사건 토지를 농업용으로 사용하는 농지로 볼 수 없다'는 행정자치부의 2004년 1월 29일 결정을 참고해 처분청의 결정에 손을 들어주었다.