2) 의료업의 무료진료‧새마을진료가액 등의 손금산입(시행령 제19조제13호)
보건복지부 장관이 정하는 무료진료권이나 새마을진료권에 의해 행한 무료진료의 가액은 발생사업연도에 이를 전액 손비로 산입한다. 또한 의료업의 병원개설허가 조건에 부수하는 무료진료비도 손금산입되는 범위에 포함된다.

3) 무상기증 잉여식품가액의 손금산입(시행령 제19조제13호의2)
음‧식료품의 제조업‧도매업 또는 소매업을 영위하는 내국법인이 잉여식품을 무상기증하는 경우 그 가액은 발생사업연도에 손금에 산입한다.
일반적으로는 무상기증인 경우 지정기부금으로 분류되거나 업무무관지출, 사업과 관련없는 비용으로 손금불산입이 원칙이지만, 잉여식품의 실제 활용으로 자원낭비를 막고 불우이웃을 위한 사회복지 지원대책의 일환으로 국가나 지방자치단체에 잉여식품 활용사업자로 등록한 자나 또는 잉여식품 활용사업자가 지정한 자에게 무상으로 기증해야 한다.

4) 특별학급‧산업체부설학교 운영비 (시행령 제19조제15호)
초‧중등교육법 등은 학교법인이 아닌 일반법인도 산업체에 근무하는 청소년을 위해 특별학급 및 산업체 부설 중‧고등학교를 운영할 수 있도록 규정하고 있다. 학교운영비가 법인의 사업관련 직접 경비는 아니지만 본 호는 근로청소년 지원 및 산학협동지원 목적에서 일반법인의 이러한 특별학급 및 부설 중‧고등학교의 운영과 관련한 제반 비용은 전액 법인의 손금으로 산입하도록 규정하고 있다.

이러한 학교운영비에는 교원에 대한 인건비, 제반 피복비, 교재비 및 기타 학교운영에 소요되는 통상적인 비용들이 업무수행과 관련한 손비로 인정되는 범위내 금액이다. 또한 학교시설 자산투자액도 운영경비로서 감가상각비 방법(세법상 매년 한도금액 계산)으로 손금산입된다.

5) 우리사주조합에 대한 출연금과 자사주 장부가(시행령 제19조제16호)
법인의 근로복지기본법에 의한 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 어떤 종류의 법인 금품도 종업원의 복리후생 지원 및 우리사주조합의 활성화 차원에서 법인의 비용처리행위에 대해 손금산입한다.

법인이 우리사주조합에 자기회사 주식외의 부동산이나 금품을 출연하는 경우 손금산입할 출연자산의 가액을 시가에 의한다. 여기서 이러한 시가와 장부가액과의 차액을 익금에 산입한다.

여기서 우리사주조합에 출연하는 자사주는 법인이 보유하거나 취득해 우리사주조합에 출연하는 자사주를 말하는데, 증자방식에 의해 자사주를 배정하는 것은 포함하지 않는다.

법인세법 제20조 자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입
1. 잉여금처분의 손비계상액 (법 제20조제1호)
1. 잉여금처분의 손금불산입
법인의 과세소득계산원리인 순자산증가설에서 손금이란 법인의 순재산을 감소시키는 거래를 말한다. 그러나 법인의 과세이익인 자본지부금액, 즉 잉여금의 처분은 손금불산입하는데 이는 순자산이 외부로 나갔다 해도 감소는 아니고 법인내부에서 외부로의 위치변동에 불과하기 때문이다. 법인은 궁극적으로 개인주주이익을 취하기 위해 설립되는데, 주주에 대한 배당은 잉여금에서 처분되는 것으로서 이 지급배당금을 손금으로 산입할 수 없고, 합명회사‧합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수도 이익처분에 의한 상여로서 손금불산입한다. 또한 법인의 준비금과 특별세무손금(일시상각‧압축기장충당금 등)도 세무조정만으로도 손금산입할 수 있게 개정됐다.

△잉여금의 개념
법인의 자본지부총액 중 주주 등이 원칙적으로 불입한 금액인 자본금을 초과하는 금액을 잉여금이라 하는데, 자본잉여금과 이익잉여금으로 구분된다.

자본잉여금은 경상적 영업활동 이외의 자본활동에서 발생된 잉여금인데, 결손금의 보전이나 자본전입 이외에는 사용하지 못하도록 그 처분을 제한하고 있다. 그러나 이익잉여금은 경영활동 성적이므로 주주 등에게 배분처분이 가능하다. 잉여금의 처분이란 법인의 순자산의 감소이기는 하지만 이미 과세소득목적의 손익계산이 끝난 후의 확정된 자기자본을 내부유보에서 외부유출로 감소시키는 거래이므로 기간손익을 결정하는 요소가 아니다.

△기업회계상의 잉여금
기업회계기준은 자본잉여금 및 이익잉여금을 다음과 같이 세분하고 있다.

‧ 기업회계기준 제31조【자본잉여금】
자본잉여금의 과목은 다음과 같다.
1. 주식발행초과금
주식발행가액(증자의 경우에 신주발행수수료 등 신주발행을 위해 직접 발생한 기타의 비용을 차감한 후의 가액을 말한다. 이하 같다)이 액면가액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액으로 한다.
2. 감자차익
자본감소의 경우에 그 자본금의 감소액이 주식의 소각, 주금의 반환에 요한 금액과 결손의 보전에 충당한 금액을 초과한 때에 그 초과금액으로 한다. 다만 자본금의 감소액이 주식의 소각, 주금의 반환에 요한 금액에 미달하는 금액이 있는 경우에는 동 금액을 차감한 후의 금액으로 한다.
3. 기타 자본잉여금
자기주식처분이익으로서 자기주식처분손실을 차감한 금액과 그밖의 기타자본잉여금으로 한다.
‧ 기업회계기준 제32조【이익잉여금 또는 결손금】
이익잉여금 또는 결손금의 과목은 다음과 같이 구분하며, 당기의 이익잉여금처분계산서 또는 결손금처리계산서를 반영한 후의 금액으로 한다. 이 경우 주주총회에서 이익잉여금처분계산서 또는 결손금처리계산서가 다르게 확정된 경우에는 이를 반영해야 한다.
1. 이익준비금
상법의 규정에 의해 적립된 금액으로 한다.
2. 기타 법정적립금
상법 이외의 법령의 규정에 의해 적립된 금액으로 한다.
3. 임의적립금
정관의 규정 또는 주주총회의 결의로 적립된 금액으로서 사업확장적립금‧감채적립금‧배당평균적립금‧결손보전적립금 및 세법상 적립해 일정기간이 경과한 후 환입될 준비금 등으로 한다.
4. 차기이월이익잉여금 또는 차기이월결손금
당기의 이익잉여금처분계산서의 차기이월이익잉여금 또는 결손금처리계산서의 차기이월결손금으로 하고 당기순이익 또는 당기순손실을 주기한다.

△잉여금처분방식의 성과급도 손금불산입(종업원 제외)
법인의 모든 사업상 비용이나 지출은 손금으로 인정된다. 그러나 법인의 이익을 배분하는 법적인 자격자는 주주이지만 법인 이익을 임직원이나 종업원 등에게 배분할 수도 있다. 종업원에 대한 보수는 일반적으로 당연히 원가‧비용‧손금이지만 잉여금 처분결의 등 손익배분개념에 의한 상여‧급여배분은 기간 손익대응계산에서 전년도 이익의 배분이므로 당기 이익과 대응되지 않는 논리 구조를 갖고 있다. 이런 차원에서 전기의 잉여금배분적 상여금은 직원들 급여라도 손금불산입함이 원칙이다. 즉 결산반영에 의해 적법하게 손비로 계상한 항목일지라도 그 지출의 원천이 과세소득 계산후의 이익처분에 의한 성질인 경우에도 원칙적으로는 손금으로 인정할 수 없다는 뜻이다. 따라서 이익처분방법으로 지급하는 상여금, 합명회사‧합자회사 등의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 봐 손금불산입한다.

그러나 2000년부터는 중산층‧서민보호대책으로 노사관계 안정 및 성과급제도 활성화와 생산성 향상 도모를 위해 주주배당과 마찬가지로 근로자에게 당기순이익 범위내에서 이익금 일정부분을 종업원에 성과배분상여금으로 지급할 경우 손비인정하기로 개정됐다.

2. 종업원 지주제관련 주식성과급은 손금산입됨 (법 제20조제1호단서)
손비로 계상했더라도 잉여금처분개념이면 손금에 산입되지 않는데, 당기비용계상이건 잉여금감액계상이건, 전연도 잉여금의 처분개념이면 손금불산입한다는 것이다. 이러한 잉여금의 감액개념이라도 우리사주조합을 통한 성과급, 주식매수선택권 부여방법의 성과급 지급액, 종업원 성과배분상여금은 손금불산입의 예외, 즉 손금산입한다. 이런 종류의 성과급을 당기손익 계정상 비용‧원가로 회계처리했다면 세무조정할 필요가 없으며, 전기 잉여금 혹은 당기 잉여금의 감액개념으로 회계처리했다면 일부터 손금산입 반영해준다.

△우리사주조합 성과급 및 주식매수선택권 부여, 종업원 성과배분상여금 등 비용 인정
우리사주조합에 대한 자기주식지급 성과급, 유가증권시장에서 주식취득후 조합원 분배 성과급, 주식매수선택권 취득관련 차이 지급금액 및 종업원에게 이익처분에 의해 지급하는 성과배분상여금 등은 당기 처분대상 잉여금 처분으로 회계처리해도 손금비용으로 한다고 다음 시행령이 규정하고 있다(그러나 회계연구원 해석(2001-KQA23)에서 임직원 상여금은 노사합의 성과배분 상여금도 당기비용 원가반영해야 한다고 하고 있음). 이는 법인의 주식을 분산하고 종업원지주제도촉진을 위해 법인의 임직원 및 기타 성과급을 받을 사람들에 대해 우리사주, 주식매수선택권, 성과배분상여금 등과 같이 주식성과급제도 정착을 지원하기 위해 손금산입제도를 적용하는 것이다.

△주식관련 성과급 지급의 회계처리와 세무반영사례
① 회사가 자기주식을 9,000원으로 취득(액면가 5,000원)
(차)자기주식 9,000원 (대)현금·예금 9,000원

② 자기주식취득가 9,000원 중 액면가 5,000원은 직원으로부터 매각대금을 불입받으며, 액면가 초과액 4,000원(＝9,000-5,000)은 과거 잉여금의 처분으로 하여 직원에 대한 성과급처리하면서 주식지급함.
(차)현금 5,000원 (대)자기주식 9,000원
이영금 4,000원
→잉여금감액처분액 4,000원을 세무조정계산서상 손금산입해 주면서 직원에 대한 상여처분반영하고 근로소득 합산함.

③ 자기주식 액면초과차액을 일부는 잉여금으로, 일부는 급여로 직접 비용처리(과거 이익누적분과 당기근로제공소득을 구분함)
(차)현금 5,000원 (대)자기주식 9,000원
잉여금 3,000원
급여 1,000원
→잉여금 감액 3,000원을 세무조정계산서상 손금산입하면서 상여처분 근로소득 합산

④ ②, ③의 모든 경우 우리사주조합 귀속차익, 주식매입선택권부여 관련차익에 대해 근로소득과세 제외되는 조세특례가 적용될 수 있음.

3. 결산이익의 근로자 성과배분상여금의 손금산입
△종업원의 성과배분상여금의 손비인정
내국법인이 근로자와 성과배분상여금의 지급기준이 되는 성과산정지표 및 그 목표, 성과의 측정 및 배분방법 등에 대해 사전에 서면으로 약정하고, 약정된 내용에 따라 근로자에게 지급하는 성과배분상여금은 손비인정한다. 성과배분상여금의 지급대상은 임직원 중 시행령 제43조제6항의 규정에 의한 임원을 제외하며 손익의 귀속시기는 잉여금처분대상 사업연도에 비용처리되며 법인세 과세표준 신고조정에 의한다.(실무상 '99년 결산이익의 세무조정신고부터 손금산입 가능함)
△임직원 보수‧상여금‧성과금 등의 손금산입 방법론 요약
일반직원(근로자)의 급여와 상여금 및 성과금 등은 정관이나 규정에 관계없이 지급했거나 지급하기로 해 결산반영((차) 급여‧상여‧성과금 ×××원/(대) 미지급상여금 등 ×××원)한 금액은 손금산입한다. 이렇게 결산상 비용이나 원가로 반영하지 않고 확정(확정예정)결산이익의 분배금 방식에 의한 이익처분적 상여금은 손금산입되지 않았었다. 그러나 '99.12.31의 시행령 개정으로 '99년 결산분부터는 근로자에 한해 이익처분방식의 성과금지급도 손금산입가능하도록 개정됐으며, '99년 중 근로자 성과금 배분상여금지급서면약정(노사협의 혹은 사규 등)이 체결돼 있다면 '99년 결산분부터 적용되도록 됐다.

임원(등기임원‧비등기임원‧실질적 임원 등 모두)은 원칙적으로 급여만 손금산입되며, 상여금은 정관이나 주총 및 임원보수규정 등에 의해 상여금으로 지급하기로 결정된 금액이나 지급규정방법상의 계산금액범위내에서만 실제지급 혹은 지급약정시 손금산입된다. 그러니까 임원상여금 등 지급규정상의 한도초과액은 실제 지급돼도 손금산입되지 않으며, 이익처분방식의 성과배분상여금도 아무리 사전합의나 약정이 있어도 손금산입되지 않는다. 왜냐하면 임원은 이익계산해 경영성과를 처분할 수 있는 유리한 위치에 있으므로 이들에 대한 성과배분상여금은 배당금의 일종이고 따라서 손금산입까지 해줄 수는 없다는 뜻이다.
이상을 요약하면 다음과 같다.

구 분	급 여	규정            상여	규정초과            상여	이익처분 성과배분상여금
일반직원	손금	손금	손금	규정합의 있으면 손금, 없으면 불산입
임원	손금	손금	손금불산입	규정관계없이 손금불산입