조세심판원, 부가세 '영세율→면세' 개정 불구, 개정 이전 매입세액은 공제대상 조세특례제한법 개정으로 부가가치세 영세율 대상에서 면세 대상으로 변경됐더라도, 개정 전 과세기간에 대해서는 영세율을 적용해야 한다는 심판결정이 내려졌다. 조세심판원은 민간투자사업(BTO) 방식의 도시철도 건설용역이 부가가치세 영세율 대상에서 면세 대상으로 변경된 경우, 개정전 과세기간에 대해서는 여전히 영세율이 적용되기에 그 당시 매입한 재화 및 용역에 대한 매입세액은 공제 대상에 해당한다는 심판결정문을 25일 공개했다. 민간투자사업 가운데 하나인 BTO(Build-Transfer-Operate)는 민간사업자가 공공시설을 건설해 국가 등에 소유권을 양도(기부채납)하되, 일정 기간 그 운영권을 보장받아 투자금을 회수하도록 하는 방식이다. 조세심판원에 따르면, A 법인은 민투법에 따른 사업시행자로, BTO방식에 따라 도시철도 건설용역을 제공하고 국가에 그 시설을 기부채납한 후 관리운영권을 취득했으나, 실제 기부채납은 개정된 조특법이 시행된 2021년1월1일 이후인 2022년5월27일 이뤄졌다. 이와관련, 종전 조세특례제한법 제105조에서는 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 국가 등에 공급하는 사회기반시설 또는 그 건설용역을 부가가치세 영세율 대상으로 규정하고 있었으나, 2020년12월9일 개정하면서 면세대상으로 변경했다. A 법인은 당초 기부채납이 개정된 조특법 시행 이후에 이뤄진 까닭에 도시철도시설이 영세율이 아닌 면세 대상인 것으로 보아, 건설과정에서 부담한 매입세액을 불공제해 부가가치세를 신고·납부했다. 이후 2016년 제2기부터 2020년 제2기까지 매입한 부분은 조특법 개정 이전으로, 여전히 영세율이 적용된다고 보아 신고한 매입세액을 공제·환급해 달라는 경정청구를 제기했다. 반면 과세관청은 A 법인이 조특법 개정 이후 도시철도시설을 기부채납했으며 개정규정에 따라 그 전체가 부가가치세 면세 대상에 해당하기에 건설과정에서 부담한 매입세액도 공제할 수 없다고 보아 경정청구를 거부했다. 조세심판원은 관련법령 및 사실관계 심리를 통해 A 법인의 손을 들어줬다. 조세심판원은 부가가치세의 경우 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립하고, 그 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에 공제한다고 규정하고 있음을 환기했다. 이어, “기부채납과 관련된 건설과정의 매입거래는 개정 조특법 시행전에 이미 납세의무가 성립된 2016년 제2기~2020년 제2기의 거래로, 이는 여전히 영세율 대상이기에 관련 매입세액을 공제·환급해야 한다”고 판단했다.