1. 개정이유, ｢조세특례제한법｣(법률 제7839호, 2005. 12. 31. 공포, 2006. 1. 1. 시행)이 개정되어 창업자금에 대한 증여세 과세특례제도가 도입됨에 따라 창업자금 특례신청에 관한 서식을 신설하고, 일부 서식을 정비하는 한편, 과세기반을 확립하고 조세지원의 중립성을 확보하기 위하여 정부업무대행단체의 면세사업 중에서 공익성이 낮고 민간부분과 경합성이 있는 업무를 부가가치세 면세사업에서 제외하며, 그 밖에 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용 가. 톤세제도 적용시 기준선박의 범위 조정( 제46조의3제2항제2호 단서 신설)
(1) 톤세제도 적용시 동일 국제선박을 수차례 용선하는 경우 그 선박이 중복하여 기준선박으로 인정받아 실제 기준선박의 비중이 높지 아니하더라도 톤세의 적용을 받게 되는 문제가 발생하고 있음.
(2) 용선한 국제선박을 다른 해운기업에 대선한 경우에는 그 선박을 해당 기업의 톤세 적용기준의 산정을 위한 기준선박에서 제외하도록 하여 동일한 국제선박이 수차례 용선되더라도 최종적으로 용선한 기업에 한하여 기준선박으로 인정되도록 함.
(3) 수차례 용선된 국제선박이라 하더라도 1회에 한하여 톤세 적용기준의 산정을 위한 기준선박으로 인정되도록 하여 해운기업의 기준선박을 확보하려는 노력이 증대될 것으로 기대됨.
나. 정부업무대행단체의 부가가치세 면세사업 범위 축소( 별표 10 제3호·제5호·제6호·제14호 및 제15호)
(1) 정부업무대행단체의 면세사업 중에서 공익성이 낮고 민간부문과 경합성이 있는 업무는 부가가치세 면세사업의 범위에서 제외하려는 것임.
(2) ｢한국농촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농촌공사가 수행하는 농업생산기반시설 임대사업과 지하수개발사업 및 ｢농업협동조합법｣에 따른 조·조합공동사업법인 및 중앙회가 수행하는 종이포대제조업 및 도축업 등을 부가가치세 과세대상으로 전환함.
(3) 정부업무대행단체의 사업 중 공익성이 낮고 민간부문과 경합성이 있는 사업의 민간부문과의 과세형평성이 제고될 것으로 기대됨.
