이번 조직개편은 새로운 환경변화에 따른 관세행정 수요에 신속히 대응하고, 자율적 교육기능을 강화하는 한편, 성과중심의 조직으로 탈바꿈 하는데 중점을 두었다는 것.
관세청은 본청에 성과관리담당관을 설치하여 성과관리 기본계획수립과 성과지표를 개발하고 BSC에 기반한 통합성과관리시스템을 운영하여 성과중심의 조직으로 탈바꿈하게 된다.
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또한, 신설되는 전략조사정보과는 국내외 밀수정보의 체계적으로 수집·분류·분석하는 밀수조사 전략정보 전담기구이며 특히, 「밀수동향관리시스템」을 운영하여 대형화·조직화·지능화되는 부정·불법무역에 강력 대처하게 된다.
이밖에 관세청은 전국의 14개 출장소를 폐지하고 세관으로 일원화한다. 따라서, 그동안 출장소장에게 고발·통고처분·매각·국고귀속 등 일부 제한된 권한이 세관장과 동일하게 확대되고, 기관의 명칭이 명확해짐으로써 고객의 이해와 행정서비스 수준을 높이게 되었다는 것.
또한 대중국 교역량이 급증하는 인천과 2006년 1월 조기 개장하는 부산 신항에 화물검사과와 부두통관3과를 각각 신설하고, 자체 인력을 전환배치하여 동북아 물류허브항의 국제 경쟁력 제고에 기여하게 되었다.
한편, 국세공무원교육원으로부터 교육훈련 기능을 분리하고 인천공항세관의 마약탐지견훈련센터를 통합하여『관세국경관리연수원』을 신설한다.
이에 따라, 경력개발제도 지원을 위한 자기계발과 전문능력을 갖춘 핵심인재양성 기반을 마련하고, 개도국 세관직원에 대한 국제교육과 세관업무를 접하는 민간인의 체계적 교육을 강화하며, 특히, 마약탐지견의 훈련·육성과 마약단속 현장교육 및 마약퇴치 프로그램운영으로 홍보 기능을 수행한다.
