부동산 가격상승 지역에 대하여 기준시가 대신에 실거래가로 과세하는 투기지역 지정 제도는  부동산에 대한 가수요를 차단하여 가격을 안정시키고  가격상승에 합당한 과세를 위한 것으로 당분간 현행대로 유지하게 된다.

재정경제부는 모통신사 주택토지투기지역 지정제도 재검토에 관한 기사의 해명자료를 통해서 부동산등기법이 개정되어 06.1월 이후 실거래가 신고가 의무화되는 경우에도 양도세는 06년부터 1세대2주택자 등에 대하여 실가과세 대상을 확대할 계획있으나 실거래가 과세로 전면 전환되는 것이 아니기 때문이라고 밝혔다.

또한, 부동산 투기지역 지정으로 「갑자기 매물이 줄어들어 가격이 오히려 뛰는 부작용도 발생한다」는 기사에 대하여는  부동산투기지역 지정 이후에 부동산에 대한 가수요가 감소하여 거래량이 줄어든 것은 사실이나, 대부분의 지역은 부동산투기지역 지정 이후 가격안정세를 나타냈다고 분석했다.

그러나, 최근 송파․강남․분당지역의 가격상승은 강남 재건축이나 판교신도시 개발의 영향에 기인한 것으로  부동산투기지역 지정과는 직접적인 관련이 없는 점을 강조했다.