토지와 건축물을 일괄 취득함으로써 과세물건별로 취득가액이 구분되지 않을 경우에는 전체 취득가액을 면적으로 배분해 과세표준을 산정한 것이 아니라 취득한 가격을 시가표준액의 비율로 안분해 과세표준액을 계산해야 한다는 결정이 나왔다.

감사원은 최근 A은행 대표이사인 B씨가 "취득한 부동산이 층별 가액에 현저한 차이가 있는데도 처분청이 면적의 비율로 배분해 과세표준을 산정한 것은 부당하다"며 제기한 심사청구에 대해 이같이 결정했다.

감사원에 따르면 B씨는 지난 2003년8월27일 C社로부터 빌딩 1층 중 일부(토지 63.03㎡, 건물 757.45㎡)와 2층 중 일부(토지73.1㎡, 건물 844.22㎡)를 구분 취득하고 같은 날 표준세율을 적용한 등록세 등 1억8천만원을 신고납부한 후 자신의 명의로 소유권 이전등기를 했다.

처분청은 이에 대해 대도시 내에 지점을 설치한 후 5년 이내에 취득한 것으로 보고 '지방세법' 규정에 의한 중과세율(3배)을 적용해 지난 2008년8월10일 B씨에게 등록세 1억2천923민8천200원(가산세 2천153만9천700원 포함), 지방교육세 2천369만3천670원(가산세 215만3천970원 포함) 계 1억5천293만1천870원을 부과·고지했다.

B씨는 토지와 건물의 가액을 구분하지 않고 이 사건 부동산을 일괄 취득했는데, 처분청에서는 이 사건 부동산에 대한 과세표준을 산정하면서 전체 취득가액 50억원에 이 사건 전체 건물면적 1천601.67㎡ 중 일반과세면적 1천26.64㎡를 제외한 등록세 중과대상 부동산 면적 574.97㎡이 차지하는 비율을 곱해 과세표준액 17억9천497만5천56원을 산정했다.

감사원은 이에 "등록세를 부과할 때는 과세 대상이 되는 개개의 재산권 등의 과세표준(취득가액 등)을 별도로 산정하는 과정이 필요하다"라며 "토지와 건축물 등을 일괄 취득함으로써 토지 또는 건축물 등에 대한 취득가액이 구분되지 않는 경우에는 일괄 취득한 가격을 시가표준액의 비율로 안분해 과세표준액을 계산한다고 '시세 부과징수규칙'에서 규정하고 있고 개개의 재산권 등의 취득가액 배분 기준이 '시가표준액의 비율'이다"라고 밝혔다.

이어 "처분청이 부과처분을 할 때 이 사건 부동산의 취득가액 50억원에 '부동산의 시가표준액 중 등록세 중과 대상이 되는 부동산의 시가표준액이 차지하는 비율'을 곱해 등록세 과세표준을 산정해야 하는데도, 부동산의 전체 취득가액 50억원에 '건물의 면적 중 등록세 중과 대상이 되는 건물의 면적이 차지하는 비율'을 곱해 등록세 과세 표준을 산정했으므로 처분청의 부과처분은 위법하다"라고 "취득가액을 시가표준액 비율로 안분계산해 과세표준과 세액을 다시 결정·고지하라"고 결정했다.