감사원, 국세청 정기감사 결과 발표

부채 사후관리업무 소홀로 증여·상속세 과세 누락

'사무장 병원' 과세자료 방치로 부가가치세 수백억 일실

지방청 업무소홀 등으로 개인 64명 세무조사 부당 선정

국세청이 납세자의 성실도를 0점 처리함에 따라 총 120개 법인이 불성실신고 혐의로 세무조사 대상에 잘못 선정된 것으로 드러났다.

법인 뿐만 아니라 개인사업자 가운데서도 지방청이 본청의 정기 세무조사 선정 지침을 위반해 개인사업자 64명이 부당하게 세무조사 대상자로 선정됐으며, 국세청이 신고성실도와 무관하거나 관련성이 낮은 항목을 세무조사 대상 선정 평가 기준에 불합리하게 포함·설계해 운영 중인 것으로 나타났다.

이와 함께 우선 점검 필요성이 있는 부채를 사후관리대상으로 선정하지 않거나 사후관리업무를 소홀히 한 탓에 증여세 72억원을 과세 누락한 사실과 함께, 속칭 ‘사무장 병원’에 대한 과세자료 미활용으로 부가가치세 613억원의 일실 또는 일실이 우려되는 상황이다.

감사원은 국세청에 대한 세무조사 대상 선정 및 부채 사후관리 등과 관련한 정기 감사를 통해, 주의 11건·통보 12건 등 총 23건의 지적사항을 조치하도록 통보했다고 27일 밝혔다.

감사원이 밝힌 국세청 주요 감사결과에선 세무조사 대상자 선정 과정에서의 잘못으로 부당한 결과가 초래된 사례가 많이 적발됐다.

일례로, 성실도 평가 오류로 법인 정기 세무조사 대상을 부당 선정한 다수의 사례가 확인돼, 2022년~2023년 사업연도 법인 성실도를 2023~2024년도말에 각각 평가하면서 특정 유형에 속하는 수천여 법인의 일부 평가항목에 대해 기본점수(18~32점)를 누락(0점 처리)해 누락되지 않은 다른 법인에 비해 해당 법인의 성실도가 낮은 것으로 잘못 평가했다.

이와 관련, 국세청은 매년 법인사업자 가운데 정기 세무조사 대상을 △순환조사(수입 2천억원 이상, 5년) △장기미조사 △성실도 평가 유형으로 구분해 선정하고 있다.

국세청은 앞서처럼 잘못 평가된 성실도 자료를 각 지방청에 정기 세무조사 대상 선정 기초자료 제공했으며, 결국 2022~2023사업연도에 총 120개(2024년 30개·2025년 90개 법인) 법인이 불성실신고 혐의로 세무조사 대상에 잘못 선정되는 부당한 결과가 초래됐다.

본청 선정지침을 위반하거나 담당자 업무 소홀로 지방청에서 개인 정기세무조사 대상을 부당하게 선정한 사례도 확인됐다.

국세청은 매년 개인사업자 가운데 정기 세무조사 대상을 △성실도 평가 △장기 미조사 등의 유형으로 구분·선정하고 있으며, 본청이 대상자 명단을 지방청에 내리면, 지방청에선 본청 선정지침에 따라 세무조사 대상을 검토·확정·보고한다.

그러나 지방청에서 선정지침 위반, 업무 소홀 등의 사유로 2020~2024사업연에 대한 개인 세무조사 대상 64명을 부당하게 선정하고, 본청은 이를 확인없이 그대로 인정한 사례가 드러났다.

구체적으로 중부청은 탈루 혐의 정도가 큰 순으로 조사대상을 선정해야 함에도 본청에서 내려온 대상자 명단순으로 4명을 잘못 선정했으며, 중부·부산·광주청은 업무 착오 또는 본청의 선정 지침과 다르게 임의 기준으로 59명을 세무조사 대상으로 부당하게 선정했다. 이와 함께 중부·광주·대전청은 동명이인 여부와 조사 이력 등에 대한 검토를 소홀히 해 세무조사 대상 5명을 부당하게 제외한 것으로 밝혀졌다.

세무조사 대상 선정과 관련한 불합리한 제도도 지적됐다.

앞서처럼 국세청은 법인·개인사업자 가운데 정기조사 대상 선정시 성실도를 평가 중으로, 세금신고 불성실 여부를 평가해 상대적으로 점수가 낮으면 세무조사 대상으로 선정하고 있다.

그러나, 성실도 평가시 신고 성실도와 무관하거나 신고 불성실로 단정하기 어려운 항목을 포함함에 따라 총 1천615개 법인에게 불이익을 초래한 사실이 드러났다.

또한 과거 성실신고 등으로 모범납세자에 선정됐더라도 이후 불성실하게 신고한 경우엔 불성실 정도가 그대로 확인되도록 평가해야 함에도, 모범납세자 선정 이후에 불성실 신고한 내용이 상쇄되는 효과를 가져오는 방식으로 성실도 평가제도를 운용함에 따라 2022년 모범납세자 가운데 9개 법인의 불성실 신고내용이 상쇄돼 세무조사 대상점검에서 제외된 것으로 밝혀졌다.

국세청은 불법·편법적인 상속·증여 혐의가 있는 경우 사후관리대상으로 지정해 운영 중이나, 부실한 관리 등도 이번 감사를 통해 여과 없이 드러났다.

국세청은 상속·증여세 결정 과정에서 확인·인정된 사인 간 부채 등을 NTIS에 등록 후 매년 자력상환 및 이자지급 여부 등을 사후관리 중으로, 2025년 3월 기준 부채사후관리 대상 건수는 111만여 건인 반면 실제 점검은 연 1만여 건에 불과하는 등 효율적인 관리가 어려운 실정이다.

실제로 감사원 감사에선 부채발생일로부터 15년이 경과시 위장부채로 확인되도 부과제척기간 경과에 따라 과세가 불가능한 사례가 속속 드러나, 최근 4년간 부과제척기간이 임박한 1억원 이상 부채 1천252건 중 312건을 사후관리 점검대상으로 선정한 사실이 없었다.

더욱이 부실점검에 따른 과세 누락 사실도 드러나, 채권자 이자 소득신고 여부, 채무자 미지급 이자 등에 대한 증여세 신고 여부 등을 제대로 확인하지 않아 소득세·증여세 55억원이 과세 누락됐으며, 채권자 사망에 따른 별도 점검에 나서지 않아 상속세 17억원이 과세 누락됐다.

또한 가족간 부동산 매매 등의 대가를 명백히 지급하지 않은 경우 상증세법상 증여 추정 대상임에도 부실한 검토 탓에 22건을 양도거래(가액 817억원)로 인정한 사례도 밝혀졌다.

한편, 의료법을 위반한 속칭 사무장 병원 등의 과세자료를 미활용함에 따라 부가가치세 613억원이 일실 또는 일실될 상황에 놓인 것으로 감사원 감사에서 드러났다.

국세청은 지난 2020년 이후 국민건강보험공단에서 매년 ‘의료법’·‘약사법’ 위반자(명의대여) 명단을 제출받아 과세자료로 축적 중이나, 해당 자료를 받고서도 위반자의 유죄 확정 여부를 확인 후 지방청에 과세자료로 생성·시달하는 등의 적정한 조치 없이 사실상 방치하고 있다.

이에 따라 105개 위반기관은 유죄 확정 이후에도 계속 방치됨에 따라 부과제척기간 도과로 부가세 267억원이 일실됐으며, 24개 위반기관은 유죄 확정 전 부과제척기간이 도과돼 부가세 36억원이 일실됐다.

또한 64개 위반기관은 부과제척기간이 남아 있으나 과세자료 생성·시달 등이 제대로 되지 않아 부가세 310억원의 일실이 우려되는 상황이다.