재정경제부는 1세대 1주택 양도세 비과세 혜택을 폐지하는 방안이 검토되고 있다는 일부 언론의 보도와 관련해 “지난 3일에 있었던 재경부 업무보고 시 중장기 세제 운용 방안을 보고하는 과정에서 예시를 든 것”이라며 “올해 중장기 세제운용 방안을 마련함에 있어 각종 비과세.감면제도를 향후 어떻게 운영해 나갈 것인가에 대해 연구.검토하겠다는 취지”라고 설명했다.

재경부는 2005년도 업무계획 보고시 중장기 세제개혁 방안의 하나로 세목신설, 세율 인상없는 과세기반을 확충해 형평성을 제고하고 재정수요를 충족하겠다며 각종 비과세.감면, 과세특례제도를 점진적으로 축소해 나갈 계획이라고 밝힌 바 있다. 

이 때 이해를 돕기 위해 ‘1세대 1주택 양도세 비과세’뿐 아니라 ‘세금우대저축’, 부가가치세 간이과세 등도 함께 예시한 것이다.

재경부는 특히 "‘1세대 1주택’은 당연히 양도세가 비과세 되는 것으로 지난 50년간 국민들 사이에서 인식되어 온 것이기 때문에 단기적으로 검토될 수 있는 사항이 아니다”라고 강조했다.