국세청, 올해부터 사전심사 우선처리 대상 확대…벨류업 표창 中企 등 포함

작년 사전심사 신청 2천504건…2020년 제도도입 이후 1천건 가까이 늘어

사전심사내용 신고에 반영하면 사후관리 제외…과세처분 때도 가산세 면제

기업이 연구·인력개발(R&D) 활동에 전념할 수 있도록 국세청이 연구·인력개발비 세액공제 사전 심사제도를 운영 중인 가운데, 지난해 사전심사 신청 건수가 2천504건에 달한 것으로 집계됐다.

이같은 세액공제 사전심사 신청 건수는 제도 시행 첫해인 2020년 1천547건 대비 1천건 가까이 증가한 것으로, 특히 지난해부터 사전심사 결과를 납세자가 법인세·소득세 신고 전에 적시에 활용할 수 있도록 우선처리 대상을 확대하고 심사결과를 기업이 지정한 세무대리인에게 통지하도록 개선한 점이 주효했던 것으로 분석됐다.

국세청은 올해부터 사전심사 우선처리 대상에 ‘벨류업 표창 중소기업’, ‘국가전략기술’ 심사 신청기업을 추가하는 등 연구개발 기업의 경쟁력 강화를 지원할 예정이다.

또한 연구개발과 사전심사 제도에 대한 이해를 돕기 위해 연구개발 수행기업을 대상으로 온라인 설명회, 납세자 세법교실 등 교육을 확대할 방침이다.

한편, 연구·인력개발 세액공제의 경우 세법상 연구개발 활동 공제 또는 공제 대상 비용 등에 해당하는지에 대해 납세자가 쉽게 판단하기 어렵고, 납세자와 과세관청 간에도 이견이 다수 발생하고 있다.

실제로 연구개발 활동과 관련한 최근 대법원 판례(2021두56510, 2024.12.24.)에서는 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객서비스를 제공하기 위해 회사의 정보기술 등을 활용해 전산시스템을 위탁·개발했다는 원고의 주장에 대해 기각 결정이 내려지기도 했다.

대법원은 해당 사건 결정문에서 ‘이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없어 舊조특법 9조 5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않는다’고 판시했다.

이처럼 선의의 납세자가 세액공제 대상에 해당한다고 생각해 세액공제를 신청했지만, 세무조사나 사후관리를 통해 세액공제 대상이 아닌 것으로 확인됨에 따라 공제세액과 함께 가산세까지 추징되는 사례가 빈번하다.

국세청은 선의의 납세자가 불필요한 세금 부담 없이 안심하고 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지난 2020년부터 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도를 통해 적정 여부를 사전에 확인 중으로, 3월말 법인세 신고 또는 5월말 소득세 신고 전에 사전심사를 신청해 도움을 받는 것이 유리하다.

사전심사를 희망하는 기업은 홈택스·우편·방문접수를 통해 연중 언제든지 신청할 수 있으며, 법인세·소득세 신고기한 전까지 통지받은 심사결과는 신고에 즉시 반영할 수 있다.

특히, 기업이 사전심사 결과에 따라 신고하면 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에 제외되며, 추후 심사 결과와 다르게 과세처분 되더라도 가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있다.