국세청, 작년 연구·인력개발비 부당공제 864곳 적발…270억 추징
최근 4년새 R&D 부당공제 추징건수 5.6배, 추징세액 10배 증가
허위연구소 설립, 타인 논문 복제 만연…검증 강화로 과세사각 축소
연구개발 활동은 하지 않으면서도 허위 연구소를 설립해 부당하게 연구·인력개발비 세액공제를 받는 등 R&D 세액공제 제도를 악용한 조세회피 행위가 여전히 근절되지 않고 있는 것으로 드러났다.
국세청이 R&D 부당공제 혐의 기업에 대한 분석 결과, 지난해 연구·인력개발비 부당공제 행위가 드러난 기업만 864개 업체로, 이들로부터 추징한 세액만 270억원에 달한다.
이같은 적발 건수는 지난 2021년 155건에 비해 5.5배, 추징세액 기준으로는 같은기간 무려 10배 증가했다.
이와관련, 국세청은 R&D 세액공제에 대한 부당공제를 방지하기 위해 매년 사후관리에 나서는 등 엄격하게 관리 중으로, 자체 보유하고 있는 연구개발 관련 각종 신고자료와 인터넷 등을 통해 수집한 현장정보를 종합해 부당공제 혐의를 정밀 분석·검증하고 있다.
특히, 지난 2023년부터는 연구·인력개발비 세액공제 업무를 전담하는 본청내 전문심사관과 지방청 전담팀이 그동안 과세 사각지대에 있던 연구개발 활동을 집중 검증한 결과, 지난해에만 364개 기업에 대해 116억원을 추징한 것으로 나타났다.
과세 사각지대에 있었던 연구개발 활동으로는 타인 논문 등을 도용한 자료를 제출해 연구개발 활동한 가장한 사례와 일반직원을 연구원으로 허위 등록해 부당 공제 받은 사례가 드러났다.
앞서 국세청은 불법 연구개발 컨설팅을 받은 것으로 의심되는 기업을 대상으로 연구개발보고서와 연구노트 등 연구 증거서류를 제출받아 면밀히 검토했으며, 이 결과 타인의 논문을 복제·인용하고 수치나 사진을 단순 변형·모방해 실제 연구개발을 수행한 것처럼 가장한 사실을 밝혀냈다.
이 과정에서 컨설팅 업체가 연구개발 활동을 하지 않은 기업의 연구노트 등 연구증거 서류와 사후관리 과정에서 해명자료를 대리 작성해 주거나, 부당공제가 적발되자 컨설팅 대금을 환불해 주는 등 불법 컨설팅 정황도 포착했다.
일반직원을 연구원으로 허위 등록해 부당공제 받은 사례도 드러나, 국세청은 교육서비스업체가 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비를 세액공제 신청하자 연구 증거서류 등을 통해 검증했다.
검증 결과, 연구 전담직원으로 등록한 연구원은 기획·홍보·교육 등 교육서비스를 제공한 강사·관리직원으로 확인되는 등 연구개발 활동을 수행하지 않았음에도 연구원으로 허위 등록한 사실이 확인돼 세액공제 일체가 부인됐다.
특히, 고율의 공제가 적용되는 신성장·원천기술 및 국가전략기술 세액공제 법인을 전수 분석·검증한 결과, 일반 연구개발 공제율 대신 높은 공제율을 적용한 69개 기업으로부터 과다공제세액 62억원을 추징했다.
국세청이 40%의 공제율을 적용해 세액공제 신청한 기업을 면밀한 검증한 결과, 신성장·원천기술 연구개발이 아닌 25%의 일반 공제율이 일반 연구개발에 해당되는 것으로 판명됐으며, 국세청은 과다공제 받은 15%와 연구원 가운데 주식 10% 초과 보유한 주주인 임원 및 관리직원의 인건비 세액공제를 일체 부인했다.
과기부 등 관계부처로부터 연구소로 인정받지 않았거나, 연구소 인정이 취소된 기업 등에 대한 자료를 수집·분석한 결과 178개 기업에 대해서도 30억원을 추징했다.
이 외에도 연구개발 등을 목적으로 국가·지방자치단체로부터 지급받아 지출한 연구개발출연금을 세액공제 신청 과정에서 제외하지 않고 과당공제 받은 48개 기업 등은 15억원을 추징당했다.
한편, 국세청은 연구·인력개발비 세액공제 제도를 불법적으로 악용해 국가 재정의 건전성을 저해하고 공정과세 실현을 방해하는 부당한 세액공제 시도에 대해서는 강력하게 대처할 방침이다.
국세청 관계자는 “허위 연구소 설립과 타인 논문 복제 등 지능적 탈세행위에 대해서는 정보수집과 모니터링을 강화하고, 연구개발 활동이 불분명한 기업에 대해서도 검증을 지속적으로 확대해 과세 사각지대를 축소해 나가겠다”고 밝혔다.
이 관계자는 또한 “과기부 등 관계부처와 협력해 연구·인력개발비 세액공제 요건 관련 정보수집을 강화하겠다”며, “연구·인력개발비 세액공제 전담인력이 정밀 분석·검증해 부당공제 근절에 나설 것”임을 강조했다.
