기존주택 보유자 본인명의로 지방 저가주택 소유해야 1주택 종부세 특례
대체주택 취득시 1세대1주택?…재건축 완료되면 2주택자로 과세
1주택자, 재건축입주권 취득시 2주택자…3년내 철거시 조합 신탁 통해 합산배제 가능
1주택을 보유하고 있던 김국세씨의 배우자는 은퇴 후 전원생활을 하기 위해 강원도 원주시에 소재한 농가주택 B를 2억원에 취득했다.
김씨는 지방에 소재한 저가주택을 취득하면 계속해 1세대1주택자로 종합부동산세를 낼 수 있다는 이야기를 듣고 특례를 신청했으나, 1세대1주택자 적용을 받지 못했다.

결론부터 말하면, B주택은 수도권밖이면서 광역시·특별자치시 외의 지역에 소재한 주택으로서 6월1일 현재 공시가격이 3억원 이하이기에 1세대1주택 특례대상 지방 저가주택은 맞다.
그러나 1세대1주택자 적용을 받기 위해서는 세대원 가운데 1명만 주택을 소유해야 하고 다른 세대원은 무주택이어야 한다. 김씨의 경우 A주택과 B주택을 함께 소유했다면 1세대1주택자가 되나, 김씨와 배우자가 각각 1주택을 보유하고 있기 때문에 결국 김 씨는 1세대1주택자 특례 적용을 받을 수 없게 됐다.
이처럼 1세대1주택자 적용시 주택 수 산정에서 제외되는 지방 저가주택은 1주택을 소유한 사람이 반드시 소유해야만 특례가 적용된다.
재건축 기간 동안 거주한 대체주택을 재건축 완료후에도 계속해 보유함에 따라 2주택자로 구분돼 종합부동산세가 부과된 사례도 있다.

1세대1주택자인 김치국씨는 A주택이 재건축됨에 따라 B주택을 취득해 거주하다가 재건축사업이 완료된 후 준공된 A주택으로 이사했다.
김씨는 B주택을 바로 양도하려고 했으나, 지인으로부터 A주택의 완성일부터 3년 이내에만 양도하면 비과세된다는 말을 듣고 B주택의 양도 시점을 미뤘으나, 2주택자로 구분돼 종합부동산세를 고지 받게 됐다.
김씨와 지인은 양도소득세와 종합부동산세의 과세 기준을 잘 몰랐기에 발생한 것으로, 양도소득세는 재건축사업 시행기간 동안 거주하기 위해 취득한 주택을 재건축 완성일로부터 3년 이내에 양도하는 경우에는 1세대1주택으로 보아 비과세가 적용이 가능하다.
다만, 종합부동산세는 재건축사업 시행기간 동안 거주하기 위해 취득한 대체주택에 대해 1세대1주택자로 보는 보는 특례가 없다. 결국 김 씨는 A주택과 B주택을 소유한 것으로 간주돼 종합부동산세가 부과된 것이다.
비슷한 사례로 기존 1주택 보유자가 재건축 입주권을 취득한 후 철거가 지연됨에 따라 실제로 철거될 때까지 2주택자로 간주돼 종부세가 부과된 사례도 있다.

1세대1주택자인 최성실씨는 향후 신축주택으로 이사·거주하기 위해 재건축사업 구역내 철거 예정인 주택(조합원입주권)을 취득했다.
최씨는 해당 주택은 관리처분계획인가되고 퇴거, 단전·단수 및 폐쇄된 상태이기에 주택으로 취급되지 않을 것으로 생각했으나 2주택자에 해당돼 종부세가 부과됐다.
재건축사업 구역 내 주택은 관리처분계획인가 여부나 퇴거, 단전·단수 및 폐쇄조치 여부와 상관없이 실체 철거되는 때까지 종부세가 부과되며, 이에따라 최씨는 6월1일 현재 2주택 보유자에 해당하는 등 1세대1주택 특례가 적용되지 않는다.
이처럼 재건축사업 구역 내 주택(조합원입주권)을 취득하는 경우에는 해당 주택이 철거되었는지 미리 확인해야 한다. 만약 해당 주택이 아직 철거되지 않았더라도 3년 이내에 철거 예정이라면 재건축조합 신탁을 통해 합산배제를 신고할 수 있으나 철거가 임박했는지 반드시 확인해야 한다.
이와관련, 건축사업 구역내 철거가 임박한 주택을 취득하는 경우 취득일부터 최초로 도래하는 6월1일이 지나기 전에 재건축조합에 신탁등기(소유권이전)를 하면 주택건설목적 멸실예정주택으로 합산배제 신고해 종부세 부담을 덜 수 있다.