조세특례제한법상 설립등기시 중과세를 배제한 법인에게 증자등기시 조세특례제한법상 명문의 규정이 없다는 이유로 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다는 결정이 나왔다.

행정자치부는 최근 '조세특례제한법상의 설립등기 의미에 증자등기를 하는 경우도 포함하는지'를 묻는 심사청구에서 이같이 밝혔다.

행자부는 결정문에서 "조세특례제한법 제2조제2항의 의미는 조세특례제한법에서 특별히 정한 경우가 아니면 지방세관련 사항은 지방세법에서 정한 용어의 개념을 사용한다는 의미이다"며 "지방세법 제138조제1항에는 등록세 중과세 제외대상을 규정하면서 법인 설립에 자본금 증자등기를 포함하고 있다"고 지적했다.

행자부는 또 "이 건의 경우 대도시내 등록세 중과는 인구 및 산업의 집중을 억제하기 위한 것이지만 원활한 기업구조조정을 지원하기 위한 기업구조조정부동산투자회사의 경우에는 설립등기시 뿐만 아니라 증자등기시에도 등록세 중과세 대상에서 제외하는게 입법취지상 옳다"고 판단했다.

행자부는 따라서 "법인의 설립과 자본금 증자등기는 그 등기가 본질상 서로 차이가 있지만 등록세 중과세 규정을 적용함에는 설립등기와 자본금 증자등기를 동일시해 적용해야 한다"고 밝혔다.

한편 A某 기업구조조정회사는 2002.9.26 설립등기를 했고 2003.7.22 500억원에서 610억원으로 자본금을 증자했다. 하지만 처분청이 증자등기에 대해 중과세율로 등록세를 신고·납부토록 하자 심판을 청구했다.