통합고용세액공제 관련 조특법 시행령·시행규칙 개정으로 신고현장 혼란

한국세무사회 "명확한 지침과 보완 규정 즉각 마련해 달라" 요청 

재경부·국세청 "2·3차년도 공제 적용 시 종전 계산방식 적용" 회신  

지난달 조세특례제한법 시행령 개정으로 통합고용세액공제 상시근로자 수 계산 방식이 변경되면서 연도 중 퇴직과 신규 채용이 반복되는 경우 공제를 적용받지 못하는 불합리한 사례가 발생할 수 있는 것으로 드러났다.

특히 통합고용세액공제 관련 서식이 법인세 신고 마감을 코앞에 둔 지난 20일에야 확정되면서 신고 현장에 엄청난 혼란을 불러왔다.

29일 한국세무사회에 따르면, 2024년 중 1명의 직원이 고용 유지됐고 2025년 중 A직원(5개월 근무)이 퇴직한 후 B직원(7개월 근무)을 신규 채용해 연말 기준으로 인원을 동일하게 유지한 경우, 종전 방식으로는 상시근로자 수가 1명 유지로 공제할 수 있지만, 개정 방식으로는 0.99명이 돼 상시근로자 수가 감소한 것으로 계산된다.

또한, 개정된 시행령 부칙이 ‘이 영 시행 이후 신고하는 경우부터 적용’하도록 규정함에 따라, 과거연도(2023년, 2024년)에 발생한 2·3차연도 공제분을 올해 법인세 신고에 반영할 때도 일괄적으로 개정 산식을 적용해야 하는 상황이었다.

그러나 2·3차연도 공제 적용시 상시근로자 수까지 개정 방식으로 재산정할 경우, 동일한 고용 상태임에도 산정 방식의 차이만으로 공제 요건을 충족하지 못하는 결과가 발생하게 됐다.

이와 관련 국세청은 실무적으로 개정 산식 적용을 안내했으나, 신고 기한이 임박한 시점임에도 공식적이고 명확한 과세당국의 지침이 없어 현장의 혼란은 가중됐고 억울하게 공제를 받지 못하는 사례도 나올 수 있는 상황이었다.

신고 현장의 혼란을 인지한 한국세무사회는 곧바로 재정경제부와 국세청에 공문을 보내 즉각적인 개선을 요청했다.

“2차연도 및 3차연도 공제시 상시근로자 수는 종전 규정에 따라 산정하도록 하거나, 최소한 개정 전·후 방식 중 납세자에게 유리한 방식을 선택해 적용할 수 있도록 경과규정 또는 보완규정을 마련해 납세자에게 불이익이 발생하지 않도록 해 달라”고 건의했다.

아울러 세무사회는 신고기한을 며칠 앞둔 시점까지 신고서식 개정 및 서식 전산화가 되지 않아 수동신고가 불가피했는데도 최대한 전자신고를 유도하고 있는 상황 등을 고려해 전자신고세액공제 제도의 개선 및 공제액을 확대해 달라고 덧붙였다. 

이에 재정경제부와 국세청은 세무사회의 건의를 수용해 2·3차연도 공제 적용 시 종전 계산 방식을 적용하도록 하는 명확한 지침을 마련해 즉각 회신했다.

자칫 법인세 신고 현장에서 혼란이 더 가중되고 불이익을 받는 납세자가 발생할 수 있었으나 세무사회의 기민한 대처로 안정적인 신고 업무를 진행할 수 있게 된 것이다.

이와 관련 구재이 한국세무사회장은 “수시로 바뀌는 세법과 뒤늦게 확정되는 서식 등 어려운 환경 속에서도 납세자의 억울한 피해를 막고 세무 행정이 돌아가는 것은 세무사들의 헌신적인 조력 덕분”이라며, “정부는 전자신고 거부까지 거론되는 현장의 절박한 목소리를 직시하고, 납세자 권익 보호와 합당한 제도적 뒷받침을 신속히 마련해야 한다”라고 강조했다.