검찰이 국세공무원의 파견을 요청할 경우, 국세청장은 국가공무원법에 따라 국무총리의 승인을 받아 수사요원을 지원하거나 파견해야 하는 등 관련법규를 엄격히 준수해야 한다.

국회재경위원회는 '99년도 국정감사결과보고서를 통해 검찰의 조세포탈수사 협조를 위한 세무공무원 파견이나 지원시 관련 절차를 보다 엄격히 준수토록 해 무분별한 계좌추적 남발을 줄여야 한다고 밝혔다.

이는 검찰수사를 위한 세무공무원 파견이나 지원이 관련법규에 의하지 않고 진행돼 계좌추적 남발 원인이 되고 있다는 지적에 따른 것이다.
이와함께 납세의무자가 아닌 제3자 계좌추적조사시 사전통보를 의무화, 금융거래의 비밀이 침해되지 않도록 최소한도의 범위내에서 금융거래를 조사하도록 했다.

국회재경위 법사위 등 관련상임위원회는 법무부 산업자원부 검찰등 정부부처 국정감사에서 통신감청과 함께 무분별한 계좌추적으로 인한 사생활 및 인권침해를 강도 높게 비판, 대책마련을 촉구했었다.
또 매출액 허위신고 및 부가가치세 경감액을 유용하는 등 불성실신고 택시사업자의 탈세를 근절하기 위해 부가가치세 신고시 증빙서류로 택시운행기록계를 첨부토록 하는 방안을 적극 검토하기로 했다.

관악 노원 등이 세무서 통·폐합 등의 조직개편으로 세무서가 없어진 지역의 효율적인 세무민원 처리를 위해 소규모 도시지역에도 납세서비스센터를 설치·운영해 납세자의 불편을 덜어주도록 했다.

국세청 단일기준에 의한 조사와 사업자의 지역별·환경·규모 등에 대한 객관적 조사가 제대로 진행되지 않아 납세자 소득실상을 정확히 반영하기 어려운 문제점이 있는 표준소득률 제도를 개선하도록 했다.
간편장부 보급을 확대, 영세사업자 등 납세자가 기장에 의해 부가세 소득세 등을 성실히 신고·납부할 수 있도록 납세풍토를 조성하고 신용카드 가맹점 확대를 위해 신용카드 가맹점 수수료 인하를 위해 적극 노력해 줄 것을 당부했다.