관세 등 환급과 관련하여서는 개성공업지구 고시 '남북교류협력에 관한 법률' 제26조제2항 및 '남북교류협력에관한법률 시행령' 제50조제4항의 규정에 의거, 공업지구로 반출한 물품은 '수출용원재료에대한관세등환급에관한특례법' 제2조의 규정에 의한 수출 등으로 봐 당해 물품 또는 당해물품 제조에 사용된 원재료에 대한 관세등을 환급한다고 정하고 있다. 남북교류협력에관한법률 시행령 제50조제4항 단서의 규정에 의거, 반출되는 물품이 개성공업지구에서 제조·가공 등의 공정을 거쳐 남한으로 다시 반입되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만 위탁가공용 원재료 등을 사용하여 제조한 물품의 일부를 공업지구 밖의 북한에 판매하거나 제3국으로 수출한 경우에는 그러하지 아니하다. 단서의 규정에 의하여 관세 등을 환급받고자 하는 자는 북측에 판매하였거나 제3국으로 수출한 사실을 공업지구세관으로부터 증명받아 환급신청시 이를 제출해야 한다.

2) 원산지 확인기준
원산지 확인기준과 관련하여 일반교역물품과 개성공업지구 반입물품의 차이점은 특례기준을 적용하고 있다는 점이다. 즉 일시반출입물품의 적용에 있어 특례를 인정하고 있다. '남북교류협력에관한법률 시행령' 제50조제4항 단서의 규정에 의한 위탁가공물품 중 공업지구에서 제조·가공 등을 위해 남측에서 원·부자재를 일시 반출해 다시 반입하는 물품, 즉 일시반출입물품이 공업지구에서 물품을 생산하는 기업의 등록자본 중 남한의 소유지분이 60%이상인 경우이면서 또한 공업지구로부터 반입하는 물품의 전체 직접 재료비 중 남한산 직접재료비의 비율이 60%이상인 경우에는 남한산으로 간주하며, 동 물품에 대한 원산지 확인 및 원산지표시를 간이하게 할 수 있도록 하였다. 이는 개성공업지구의 경우에는 대부분 남한의 업체가 남한의 자본과 기술로 설립했다는 특수성과 원산지 판정기준의 일반적인 기준을 함께 고려한 조치라고 보여진다.

공업지구로 물품을 일시반출입하고자 하는 자가 반출신고서의 신고인기재란에 '개성공업지구 일시반출입물품'임과 반출신고수리일로부터 2년의 범위내에서 '작업예정기간'을 기재해 세관장에게 신고해야 한다. 다만, 세관장은 부득이한 사유가 있다고 인정되는 때에는 1년의 범위내에서 그 기간을 연장할 수 있도록 하고 있다. 세관장은 일시반출입신고 내용이 적정한지 여부를 심사할 수 있게 했다.

개성공단에서 생산되는 물품은 도라산 세관에서 통관토록 했으며, 일반 수입물품과 달리 차량에 적재된 상태에서도 검사를 할 수 있도록 하고 개성공단 제조물품에 대한 원산지 표시는 Made in Korea, Made in Korea(Gaeseong), 한국산, 한국산(개성공업지구 생산), 한국산(개성) 등 제조업체가 선택하여 사용토록 했으며, 원산지증명서도 업체 스스로 작성 제출토록 했다. 공업지구로부터 물품을 반입하는 자는 반입물품에 대한 원산지 표시 여부를 자율적으로 선택할 수 있다. 다만 원산지 확인기준에 의해 원산지가 제3국인 물품와 관세청장이 통일부 장관과 협의해 별도로 정한 물품의 경우에는 원산지 표시의무가 있다.

개성공업지구로부터 반입된 물품을 수출하고자 하는 자는 당해물품 수입국의 규정에 따라 원산지 표시를 할 수 있다.