【질의】
갑법인이 을법인과 용역계약을 체결하고 을이 갑의 공장에서 노무를 제공한데 대하여 갑에 대한 세무조사시 갑의 공장을 을의 별도사업장으로 보아 갑의 공장을 을의 미동록사업장으로 판정한 경우, 갑이 을의 본점명의로 교부받은 세금계산서가 법인세법 제116조 제2항에 규정된 지출증빙서류가 아닌 것으로 보아 같은법 제76조 제5항의 규정에 의하여 지출증빙미수취가산세를 적용하여야 하는지 여부에 대하여 질의함.

〈갑설〉 지출증빙서류에 해당되지 아니함.
ㆍ부가가치세법상 세금계산서를 교부할 수 없는 미등록사업자가 교부한 세금계산서는 정규지출증빙서류를 규정한 법인세법 제116조 제2항 제2호의 “부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서”에 해당하지 아니하므로 가산세를 적용한는 것이 타당함. (통칙 116-158…1., 동지 재법인 46012-83, 2002.4.24.)

〈을설〉 지출증빙서류에 해당함.
ㆍ부가가치세는 사업장별로 과세하는 세목인 반면 법인세는 모든 지점의 사업장별 소득을 통산한 법인소득을 과세표준으로 납세의무자 및 가산세 등 관련법규를 적용하는 세목이므로
- 부가가치세법의 매입세액불공제 요건에 해당하는 ‘사실과 다른 세금계산서의 범위’를 법인세법의 ‘지출증빙서류로 요구되는 세금계산서의 범위’에 그대로 준용할 수 없는 바
- 용역의 공급자가 동일한 법인실체내의 서로 다른 본ㆍ지점인 경우 법인세법 기본통칙 116-158…1의 “미등록사업자”는 『사업장별』이 아닌 『법인별』로 해석ㆍ판단되어야 타당하며
ㆍ 또한 부가가치세법상 사업장 판정의 문제는 세금계산서 수취자의 통상적인 주의의무로는 판단할 수 없으므로 사후적으로 거래상대방 지점이 사업자등록 미필로 조사 지적된 사유만으로
- 이미 교부받은 세금계산서를 미등록사업자로부터 수취한 것으로 확정하여 지출증빙미수취 가산세를 적용하는 것은 납세자의 의무를 지나치게 확대 적용하는 것임.
ㆍ 따라서 법인세법 기본통칙 116-158…1의 “미등록사업자”를 “법인별”로 해석ㆍ판단해야 하고, 사업장 판단의 문제를 세금계산서 수취자에게 지울 수 없으므로 가산세를 적용하지 아니하는 것이 타당함. (유사예규 재법인46012-181, 2001.10.17., 재법인46012-164, 2001.9.24.)

【회신】재정경제부 법인-66, 2005.01.26
법인세법 제116조 제2항과 관련한 지출증빙서류에 대한 질의는 〈을설〉이 타당함.


(법인세제과 이영중 / 02-2110-2173)