조세심판원 "교육청 인가 없으면 면제요건 미충족"

교육청으로부터 정식으로 설립인가를 받지 못한 대안학교가 제공한 교육용역에 대해서는 부가세 면제대상으로 볼 수 없다는 심판 결정이 내려졌다.

조세심판원은 과세관청에 면세사업자로 등록을 했으나 교육관청으로부터는 설립인가를 받지 못하는 등 비인가 대안학교가 제공한 교육용역은 부가세 면제대상에 해당하지 않는다는 요지의 심판결정문을 7일 공개했다.

조세심판원에 따르면, A씨는 2008년 12월부터 경기도 소재에서 개인사업장인 대안학교 교육서비스업을 영위하다가, 2012년 2월 자신을 대표로 하는 대안학교 법인을 설립한 후 부가세 과세대상이 아닌 것으로 법인사업자를 등록했다.

이후 A씨는 대안학교 인가를 받는 과정에서 학교 필지는 물론, 교실을 비롯한 직·간접 시설물 등이 설립자인 A씨의 소유여야 한다는 설립요건을 충족할 수 없게 되자 낙담했으나, 당시 교육청 담당직원으로부터 ‘인가절차가 까다로우니 인가받지 말고 그냥 운영하는 것이 낫지 않냐’는 조언을 받아들여 인가절차 없이 쟁점 대안학교를 운영하게 됐다.

A씨는 대안학교 운영과정에서 정식인가를 받지 않았지만, 주무관청인 교육청과 지자체로부터 실태조사 및 안전 점검, 진로진학 상담계획 알림, 교육시설 조사 등 설립 시점부터 10여년 동안 계속해 공문과 지침을 하달받는 등 주문관청으로부터 실제 지휘감독을 받았다.

또한 비인가로 운영 중이던 대안학교는 지난 2018년 과세관청으로부터 2012~2015년 사업연도 일반통합조사를 받았으나, 과세관청은 쟁점 교육용역에 대한 부가세를 과세하지 않았다.

문제는 상급기관인 지방국세청에서 해당 과세관청에 대한 종합감사에 착수하면서 발생했다. 감사에서 쟁점 대안학교가 교육청으로부터 인가받지 않고 교육용역을 제공했기에 부가세 면제대상이 아니라고 지적하자, 결국 과세관청은 2014년 제 1기 부가세와 함께 무신고가산세·납부불성실가산세 등을 결정 고지했다.

이와 관련, 부가세법 제26조 제1항 및 제6호, 부가세법 시행령 제36조 제1항 제1호에서는 교육용역 부가세 면제대상을 ‘주문관청의 허가 또는 인가를 받은 학교’로 규정하고 있다.

조세심판원은 심리를 통해 “쟁점 대안학교는 주무관청으로부터 ‘초·중등교육법 제60조의 3에 따른 대안학교로 인가받지 못하는 등 부가세 면제요건을 충족하지 못했다”고 사실관계를 적시한 뒤 “주문관청이 송부한 공문서로는 교육용역과 관련해 주문관청으로부터 지도·감독을 받았다고 보기에도 어렵다”고 과세관청의 부가세 부과처분이 합당하다고 결정했다.

조세심판원은 다만 “쟁점 대안학교가 면세사업자로 사업자등록을 하고, 인가를 받지 못했으나 공문서 등을 통해 교육청으로부터 지도·감독을 받은 것을 알고 있다”며 “특히 대안학교에 대한 세무조사시에도 별도의 부가세 과세를 하지 않음에 따라 자신이 면세사업자에 해당한다고 믿을 여지가 있었기에 부가세 신고·납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다”고 밝히는 등 무신고가산세 및 납부불성실가산세 부과처분은 취소토록 결정했다.