권익위, 지급명세서 제출의무 없는 사업자에게 부과한 가산세 취소토록 시정권고

국세청의 원천징수법인세 부과처분이 행정소송에서 패소했다면 지급명세서 제출의무도 사라지지는 만큼, 법인세 부과처분시 병행했던 지급명세서 미제출가산세도 취소해야 한다는 결정이 내려졌다.

국민권익위원회는 4일 국세청이 과세한 법인세 부과처분이 법원에서 취소됨에 따라, 부과제척기간이 경과한 지급명세서 미제출가산세 또한 취소할 것을 국세청에게 시정권고했다고 4일 밝혔다.

권익위에 따르면, A법인은 덴마크 국적 B법인의 100% 자회사인 C업체의 발행주식을 100%를 양수했으며, 한·덴마크 조세조약에 따라 B법인이 얻은 양도차익에 대한 비과세를 국세청에 신청한 후 C업체를 흡수합병했다.

국세청은 A법인에 대한 세무조사를 통해 A법인과 B법인간의 주식 양수도 거래가 합병에 앞선 형식적 우회거래로 판단했으며, A법인이 B법인에 지급한 주식 양도차익은 사실상 합병대가로서 의제배당소득에 해당한다고 보아 A법인에 원천징수법인세와 지급명세서 미제출가산세를 각각 부과했다.

이에 반발한 A법인은 원천징수법인세 취소소송을 제기해 승소한 후, 부과제척기간이 경과한 지급명세서 미제출가산세를 취소해 달라는 고충민원을 권익위에 제기했다.

이와 관련, 현행 세법상 국내 원천소득을 외국법인에 지급하는 자는 지급명세서를 세무서장에게 제출해야 하나, 비과세 대상 소득을 지급한 경우에는 제출하지 않아도 된다. 또한 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 기간으로 사기 및 기타 부정한 행위가 수반되지 않은 경우 통상적으로 5년을 지정·운영하고 있다.

권익위는 A법인의 고충민원에 대한 심의를 통해 ‘원천징수법인세가 행정소송에서 사실상 취소돼 결과적으로 과세관청이 지급명세서 제출의무가 없는 A법인에게 지급명세서 미제출 가산세를 부과한 것은 무리’라고 보았으며, ‘부과제척기간의 취지가 과세처분의 장기간 방치를 방지해 국민의 권리를 보호하기 위한 것으로, 행정의 직권취소를 배제하는 규정이 아니다’고 해석했다.

더 나아가 ‘부과제척기간 경과의 귀책사유가 과세관청에게도 있다’는 점을 종합적으로 고려해, A법인의 지급명세서 미제출가산세를 취소토록 시정권고했다.

안준호 국민권익위 고충처리국장은 “과세관청은 조세회피를 위한 형식적 우회거래에 대해 엄정하게 과세해야 하나, 사실관계 판단차이로 과세하는 사례가 발생하고 있다”고 지적한 뒤 “앞으로도 사업자가 억울하게 세금을 부과받는 일이 없도록 납세자의 권익 보호를 위해 최선을 다하겠다”고 밝혔다.