원칙적 발급 전환…'고의·중대과실' 빼곤 발급제한 풀어

7일부터 시행…개정지침에 각 사례별 예시해 납세자·과세관청 갈등 줄어들 듯

부족세액을 납부했음에도 세액공제를 받을 수 있는 수정수입세금계산서 발급이 여전히 제한적으로 운영되는 등 납세자들의 불만이 여전한 가운데, 관세청이 이달 7일 관련 운영지침을 전격 개정했다.

이번 운영지침 개정은 지난해 정기국회에서 수정수입세금계산서를 원칙적으로 발급토록 하는 법률 개정이 무산된데 따른 후속조치로, 현행 법령 하에서 납세자의 ‘고의·중대한 잘못’을 제외하곤 수입수입세금계산서를 폭넓게 발급될 수 있도록 하는데 초점을 두고 있다.

10일 관세청이 개정한 ‘수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침’에 따르면, ‘착오·경미한 과실’로 볼 수 있는 다양한 사례가 적시됐다. 이같은 보완조치에도 불구하고 발급받지 못할 경우에는 납세자보호위원회를 통해 미발급의 적정성을 재차 판단받을 수 있도록 했다.

관세청은 운영지침 개정을 통해 제11조 3항 7호부터 10호까지를 신설, 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있는 유형을 추가하는 한편, 일부 기간이나 일부 품목의 세액오류가 발생한 경우에도 경미한 과실로 인정키로 했다.

신설된 제11조 3항 7호에서는 ‘수입자가 수입물품의 거래조건 또는 해당 거래와 관련된 회계처리기준 및 방법 등이 변경된 것을 반영하지 못해 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우로서, 그 밖의 수입신고에 대해서는 관세표준 및 세액을 적정하게 신고한 것이 관세조사 결과 확인되는 경우’를 수정수입세금계산서 발급이 가능한 경미한 과실로 인정하고 있다.

신설된 7호 규정을 반영한 사례로는 △가격정책 변경내용을 회계시스템에 반영하면서 수치입력 착오로 일시적으로 낮은 과세가격이 신고된 경우(변경 직후 2개월은 신고오류가 발생했으나, 전후 18개월은 적정신고함) △해외본사에서 가격정책을 변경하면서 적용시점에 대한 사실을 수입자의 재무부서가 통관부서에 정확하게 통지하지 않아 관세조사 대상기간이 되는 20분기 중 2분기에 해당하는 일부 수입신고건에 대한 오류가 발생한 경우 △글로벌 차원에서 가격정책을 개편하면서 제품군별로 판매관리비 배분기준을 변경했으나 적시에 회계시스템에 반영하지 못해 전체 품목 중 10% 미만의 품목에서 과거 통계가 반영된 결과 일부 신고 오류가 발생한 경우 등이 예시됐다.

즉, 20개월을 기준으로 10% 기간 내 신고오류가 발생했거나, 전체 품목 가운데 10% 미만의 품목에서 신고오류가 발생한 경우에는 경미한 과실로 인정돼 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있게 된다.

신설된 8호와 9호에서는 발급사유를 추가했다. 8호에서는 세관장이 과세처분 결정에 대한 견해가 명확하지 않아 상급기관에 질의해 결정하는 등 세법해석상의 이의로 인한 견해대립이 심한 경우, 9호에서는 세관장이 당초 경정한 처분에 대해 관세청 내부 또는 감사원의 감사지적에 따라 새롭게 과세처분을 한 경우 등도 수정수입세금계산서를 발급받게 된다.

20개월 기준 10% 기간 이내·품목 10% 미만의 신고 오류, 경미한 과실로 인정

수입물품 과세가격 변경에 따른 수정수입세금계산서 발급사유 확대

수입물품의 과세가격이 변경된데 따른 수정수입세금계산서 발급사유도 확대됐다. 관련조문 12조 1항 1호 가목 규정을 ‘가산요소를 거래가격에 포함하려면 상당한 지식과 주의가 요구돼 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우’로 변경했다.

해당 규정을 반영한 관세청의 예시 사례로는 △수입물품과 관련해 제품 개발비가 수입자와 수출자 이외의 제3자 간에 지급돼 수입자가 이를 인식할 수 없어 수입자에게 정확한 가격 신고의무 이행을 기대하는 것이 무리인 경우 △수입자가 제3자에게 지급한 권리 사용료로서 해외상표권자와 수출자가 어떤 거래관계를 맺고 있는지 알 수 없고, 상표권자에 대한 권리사용료 지급의무가 수입물품 계약의 전제가 되는 거래조건인지를 파악하는데 전문성이 필요해 부족세액이 발생한 경우 등이다.

관련조문 2호 나목에서는 특수관계자간 거래 등에 대한 통상의 주의의무가 적용돼, 관세법 제30조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 인식하는데 대해 상당한 지식과 주의가 요구돼 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에도 수정수입세금계산서 발급이 가능하다.

이 경우에 적용되는 사례로는 △수출자가 수입자에게 할인된 가격을 적용해 물품을 공급한 경우에 해당할인이 동종업계의 상관행이며, 국내 주요경쟁사 역시 유사한 형태의 가격신고방법을 택하고 있어, 해당할인을 정상적인 가격결정으로 인식한 경우 △수입자가 국내에서 지불한 하자보증 비용이 수출자가 부담해야 하는 하자보증의무를 대신 수행하면서 거래가격에서 할인을 받은 것인지, 아니면 수입자가 스스로 판매촉진을 위해 집행한 것인지에 대한 명확한 판단이 어려운 경우 등이 적시됐다.

같은 조문 다목에서는 발급사유 유형을 추가해, 무상물품의 과세가격 결정과 관련해 유사물품과의 단가차이를 점검하거나, 거래 상대방에게 과세가격의 적정성을 확인하는 등의 노력을 한 경우에도 수정수입세금계산서 발급이 가능하다.

또한 관련조문 3호에서는 관세법 제30조제2항 각 호의 금액을 거래가격에 과다하게 공제한 경우로서 수입자가 해당금액을 산정하는데 대해 상당한 지식과 주의가 요구돼 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에도 세관장의 수정수입세금계산서 발급을 허용하고 있다.

이와 함께 관련조문 4호에서는 세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있으며 과세처분을 하지 않은 경우로써 과세가격 결정 관련 중요한 사실관계가 동일한 경우와 5호에서는 수입자가 세관장의 행정지도에 따라 과세가격을 신고했으나 관세조사시 과세가격 산정방식을 변경한 경우에도 발급이 가능토록 정비했다.

이같은 과세가격 결정방법 변경에 따른 경우에는 원칙적으로 수정수입세금계산서 발급이 허용되며, 같은 지침 제13조에서는 품목분류 변경과정에서도 발급을 허용토록 조문이 신설됐다.

수정수입세금계산서 미발급 적정성 납세자보호위원회에 심의요청 규정 신설

개정된 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침 제13조 6호에서는 수입자가 자체 충분한 노력을 통해 기존 유권해석 사례, 판례 등에 비춰 품목분류를 신고한 경우로서 수입자의 과실이나 책임이 있다고 보기 어려운 경우에 발급을 허용토록 했다.

또한 7호에서는 유사한 구조·기능을 가진 물품의 품목분류에 관한 유권해석이 다양하며, 품목분류 변경고시가 되는 등 명확한 품목분류 결정에 어려움이 있는 경우에도 수정수입세금계산서를 발급토록 했다.

이처럼 수정수입세금계산서 발급을 원칙적으로 허용토록 하는 운영지침 변경에도 불구하고, 발급받지 못하는 경우 민간전문가들로 구성된 납세자보호위원회에 미발급의 적정성을 심의요청할 수 있도록 규정이 신설됐다.

관련지침 19조에서는 수정수입세금계산서 발급에 대한 사전심의요청 규정에 이어 20조에서는 납보위를 통한 발급신청을 각각 규정하고 있으며, 이번 개정된 지침은 올해 2월7일부터 시행한다고 부칙에서 밝히고 있다.

한편, 관세청 관계자는 “지난해 법령개정이 되지 않았음에도 수입업체와 관세업계 종사자들의 의견을 적극 반영해 현행 법령 하에서도 폭넓게 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있도록 관련 지침을 개정했다”며 “앞으로도 성실한 납세자가 억울한 피해를 받지 않도록 제도운영에 만전을 기해 나가겠다”고 밝혔다.