수분양자가 지식산업센터 설립 용도와 달리 이용해도 설립자에 취득세 감면 배제 불가

지식산업센터 설립 목적으로 토지 취득 후 신탁사에 수탁해도 취득세 감면

전국 부동산 시장에서 대출 규제를 피하면서도 각종 세금 감면 효과를 누릴 수 있는 지식산업센터(舊 아파트형 공장)가 뜨거운 이슈로 떠오른 가운데, 조세심판원이 최근 지식산업센터 취득·분양 과정에서 납세자에게 유리한 심판결정을 연이어 내렸다.

7일 조세심판원에 따르면, 쟁점사건 가운데 하나는 지식산업센터 설립과정에서 토지를 신탁한 경우 취득세 감면 여부(조심2021지1686)를 다툰 것이며, 또 다른 쟁점사건은 설립자가 사업시설용으로 취득세를 감면받았으나 수분양자가 사업시설 외 용도로 사용한 경우 설립자의 취득세 감면혜택을 배제(조심2021지0744)한 처분이다.

앞선 사건의 경우 A법인은 2020년 8월11일 지식산업센터 설립 승인을 받고, 같은 달 20일 과세관청으로부터 건축허가를 받았다.

A법인은 두 달 뒤인 10월27일 토지 1만3천287㎡를 취득한 후 소유권 이전등기하면서 취득세·지방교육세·농어촌특별세를 과세관청에 신고·납부했다.

그러나 3일 뒤인 10월30일 신탁을 원인으로 수탁자인 B사에게 소유권 이전등기를 했으며, 최종적으로 11월2일 지식산업센터 설립자를, 이틀 뒤인 11월4일 지식산업센터 건축주를 B사로 각각 변경했다.

이후 A법인은 11월26일 해당토지 상에 건축 예정인 지식산업센터의 지원시설(4.4%) 부속토지를 제외한 나머지 토지(95.6%)는 지방세특례제한법 제58조의 2에 따른 취득세 감면대상에 해당한다며 기 납부한 세액 가운데 일정금액은 환급해야 한다는 취지의 경정청구를 했으나, 과세관청은 이를 거부했다.

과세관청은 경정청구 거부 이유로 지식산업센터를 건축할 목적으로 토지를 취득했으나 이를 신탁한 경우 취득세 감면대상에서 제외되는 것이 합당하다고 주장했다

과세관청은 A법인이 해당토지를 취득한 후 지식산업센터 설립자의 지위와 건축허가상의 건축주 지위가 A법인에서 B법인으로 변경됐기에, A법인이 지식산업센터를 설립하는 자에 해당하지 않는다고 봤다. 

조세심판원은 그러나 신탁법에 따른 신탁은 매각 또는 증여와는 기본적으로 다르다는 점에 주목했다.

조세심판원은 “지방세특례제한법 제59조2 제1항제1호 나목에서 추징사유로 규정하고 있는 매각이란 소유자가 부동산을 이전할 것과 상대방이 대금을 지급할 것을 약정해 특정 승계하는 것”이라며 “증여 또한 소유자가 부동산을 타인에게 무상으로 수여하는 것을 의미한다”고 정의했다.

이어 “A사와 B사간의 신탁은 지특법 제58조의2 제1항제1호 나목에 규정된 매각과는 법적 성격을 기본적으로 달리하는 것으로 봐야 한다”며 “매각·증여한 경우로 보기는 어렵다”고 감면배제를 거부한 처분을 취소토록 결정했다.

또 다른 심판사례는 지식산업센터 설립자가 취득세를 기 감면받았으나, 수분양자가 사업시설용 외의 용도로 사용하더라도 설립자에 대해서는 책임을 물을 수 없다는 요지의 심판결정이다.

C법인은 2016년 11월10일 처분청으로부터 지식산업센터 설립 승인을 받은 후 그 해 12월16일 토지를 취득한 후 취득세의 100분의 50을 경감한 취득세를 신고·납부했다.

이후 C법인은 2017년 4월13일 수탁자인 D사와 관리형토지신탁계약을 체결하는 등 쟁점토지를 신탁했으며, D사는 2019년 5월14일 지식산업센터와 근린생활시설을 신축한 후 취득세 100분의 35를 경감해 세금을 신고·납부했다.

그러나 과세관청은 C법인에 대한 세무조사 결과 지식산업센터 가운데 일부 사무실 수분양자가 입주 후 입주가능업종을 영위하지 않은 것을 확인했으며, 입주가능업종에 해당하지 않는 면적에 대해서는 이미 경감해 줬던 취득세를 추징해야 한다고 봐 2020년 8월25일 기존 경감혜택을 박탈하고 취득세 등을 부과·고지했다.

과세관청은 지식산업센터 감면취지는 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양하거나 임대하는 자에게 세제혜택을 주는 것으로, 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하거나 임대하는 경우까지 혜택을 주는 것이 아니라고 과세처분의 정당성을 주장했다.

즉 수분양자들이 지식산업센터를 사업시설용으로 사용하지 않았다면 C법인이 다른 용도로 분양·임대한 것이기에 당초 감면해 준 취득세를 추징하는 것이 타당하다는 의견이다.

그러나 조세심판원은 "C법인이 D사와 관리형토지신탁계약을 체결 후 쟁점토지를 신탁하는 신축·분양업무를 위탁했다"며 "지식산업센터 설립자인 C법인이 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양·임대했다고 보기 힘들다"고 적시했다.

또한 "지방세특례제한법 제58조의2 제2항제1호 나목에선 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있으나, 이는 지식산업센터 설립자가 아닌 수분양자에게 적용하는 규정이기에 설립자까지 확장해 적용할 수 없다"며 "분양 후 사후적으로 발생하는 사유로 인해 설립자에게 부여했던 감면혜택까지 추징하는 것은 불합리하다"고 납세자의 손을 들어줬다.