서울특별시 등 11개 자치단체가 공유재산 사용료 등과 같이 징수한 부가가치세를 신고․납부하지 않고 보관금으로 관리함에 따라 부담하지 않아도 될 가산세를 추가 부담했던 것으로 드러났다.

감사원은 11일 2007년부터 2009년 10월까지 집행한 지방재정 운영 전반을 감사한 '지방재정 운영실태' 감사결과를 발표했다.

감사결과에 따르면 서울특별시 등 11개 관서에서 2007년부터 공유재산에 대한 대부계약을 체결하거나 도로 등을 사용하게 하면서 대부료나 사용료의 10%에 해당하는 부가가치세를 신고․납부하고 있다.

'부가가치세법' 등의 규정에는 2007년1월1일부터 지방자치단체가 부동산 임대 등의 재화나 용역을 공급할 경우에는 공급 시기에 매출액의 10%에 상당하는 부가세를 사용자로부터 징수해 재화의 공급시기가 속하는 과세기간의 신고기한까지 관할세무서에 신고․납부하도록 돼 있다.

그런데도 서울시 등 11개 지방자치단체는 사용자로부터 징수한 총 3천904건, 16억3천811만2천원의 부가세를 2009년 11월 현재까지 신고․납부하지 않고 부가세 예수금계좌 등에 그대로 보관하고 있었다.

그 결과 공유재산 사용자 등이 납부한 16억3천811만2천원의 부가세가 국세로 징수되지 못했다.

더욱이 서울시 등 11개 지방자치단체는 부가세 신고 누락에 따라 가산세 5억11만870원을 추가 부담하게 됐다.

감사원은 이에 "서울시장 등 11개 지방자치단체장은 신고누락한 부가세 21억3천822만2천870원(가산세 포함)을 관할세무서에 신고․납부하라"며 시정을 요구했다.

감사원은 또 부가세 처리요령을 시달하고 이를 행정지도하는 행정안전부에도 부가세 신고․납부 업무 행정지도가 부적정했다라며 부가세 처리요령을 보완 시달하라고 통보했다.

감사원에 따르면 행안부는 지난 2006년2월 부가세법 시행령이 개정돼 2007년1월1일부터 그동안 면세되던 지방자치단체의 공유재산 사용․대부 등에 대해 부가세가 부과됨에 따라 2006년12월28일 각 지방자치단체에 공유재산 사용 대부료에 대한 부가세 처리요령을 시달하고 이를 행정지도하고 있다.

따라서 지방자치단체가 공유재산 사용허가 등을 한 후 사용료 등이 미납됐더라도 재화의 공급시기가 속하는 과세기간의 신고기한까지 부가세를 관할세무서에 신고․ 납부하고, 향후 대손이 확정되었을 때 기납부한 부가세액을 대손세액으로 공제받을 수 있도록 하는 등 부가가치세 신고․납부에 대한 업무처리를 행정지도해야 한다.

그런데도 행안부가 시달한 처리요령에는 사용자가 임대료 등을 미납했을 경우에 대비한 부가세 신고․납부 방안을 구체적으로 마련하지 않았다.

이에 따라 서울시 금천구 등 4개의 자치단체는 공유재산 사용 대부계약을 체결하면서 세금계산서를 발행하고 사용료 미납액에 대한 부가세에 대해서도 자체예산으로 신고․납부하고 있었다.

부산광역시 등 19개 자치단체는 사용료 납부액에 대해서만 부가세를 신고하고 미납액에 대해서는 신고를 하지 않고 있으며, 서울특별시 등 6개 자치단체에서는 사용료 미납액에 대해 일부만 신고하는 등으로 총 25개 자치단체에서 계 7천353건, 10억2천645만4천원의 부가세를 신고․납부를 하지 않고 있었다.

그 결과 신고 누락된 부가세 10억2천645만4천원에 대해 신고불성실가산세 등 총
2억529만원의 가산세를 추가 부담하게 됐다고 감사원은 지적했다.

감사원은 이에 "행정안전부장관은 지방자치단체가 사용료 미납액에 대한 부가세를 신고․납부하지 않아 가산세를 부담하는 일이 없도록 공유재산 사용 대부료에 대한 부가세 처리요령을 보완 시달하라"고 통보했다.