종소세 신고시 근로소득자가 연말정산한 근로소득을 종합소득으로 신고하면서 공제하는 기납부세액은 원천징수영수증의 결정세액으로 분류된다. 또한 주택임대소득은 월세수입만 신고해야 한다.

국세청이 제시한 종소세 신고시 잘못신고하거나 오해하기 쉬운 사례를 보면, 근로소득자는 매월 급여를 받으면서 원천징수된 세금을 연말정산을 통해 정산(환급 또는 추가납부)하므로 실제로 부담한 세금은 원천징수영수증 결정세액으로 분류된다.

즉, 원천징수영수증 상의 기납부세액란의 금액을 확정신고시 기납부세액 공제대상에 해당되지 않는다.

또한 중간예납세액이 체납된 경우에도 고지받은 중간예납세액은 기납부세액으로 공제받게 된다.

이에따라 ’09년 11월에 고지된 중간예납세액이 체납된 경우에도 고지받은 중간예납세액은 5월 종합소득세 확정신고 시 기납부세액으로 공제받게 되며, 이때 공제받는 금액에는 체납으로 인해 발생된 가산금과 중가산금은 포함되지 않는다.

기부금공제, 개인연금저축소득공제 등은 공제한도가 있다는 점을 유의해야 한다. 기부금공제, 개인연금저축소득공제 등의 공제항목에 기부금액, 불입액 등을 전액 공제해 신고해야 하며, 소득공제 한도가 있는 공제는 반드시 한도액을 계산한 후 신고해야 한다.

또한 화물차 운송사업자는 2009년에 받은 유류보조금(화물운전자 복지카드를 통해 지급받은 금액 포함)은 수입금액에 포함하여 신고해야 한다.

주택임대소득은 월세수입만 신고대상이다. 따라서 기준시가 9억원을 초과하는 고가주택이나 국외에 주택을 가지고 있는 사람, 부부합산 2주택 이상을 가지고 있는 사람은 주택임대소득을 신고해야 한다.

이 경우 월세수입에 대해서만 부동산임대소득으로 신고하는 것으로, 보증금 부분은 신고대상이 아니며 주택 전세보증금 부분은 2011년 1월1일 이후 발생분부터 적용될 예정이다.

이와함께  Gross-up금액(배당소득×12%)을 배당소득총수입금액에 가산해 배당소득금액을 계산한 후, 그 금액을 배당세액공제로 차감함으로써 법인세와 소득세의 이중과세 문제를 조정하는 Gross-up 제도와 관련, 금융소득자(이자·배당소득)가 펀드에서 발생한 이익을 배당소득으로 신고하는 경우 해당 소득은 Gross-up 대상이 아니다.