종합부동산세에 대한 논의가 가열되고 있다. 과세대상의 기준을 변경하는 문제에 대해서는 정부·여당 내에서도 이견이 있는 것처럼 보도되고 있으며, 여·야 간에는 종합부동산세 '무력화 및 장기적 폐지'와 '사수'로 의견이 대립되고 있다. 다음에서는 이 논의와 관련해 어떤 이슈들이 있으며 그것들이 종합부동산세 존폐론, 무력화 등에서 어떤 역할을 하는지 간단하게 정리해 본다. 

첫번째 이슈는 세부담의 강도이다. 많은 이들에게 종합부동산세는 재산보유세 부담의 강화를 의미한다. 실제로 정부도 종부세 도입시 부동산 보유세 강화 및 거래세 완화의 필요성을 역설했다. 그러나 부동산세 강화가 종부세와 직접 연관이 있는 것은 아니다. 종부세가 아니더라도 재산세 세율체계 및 과표적용율을 개편해 보유세 부담을 증가시킬 수 있기 때문이다. 종부세 부담이 과중해 재산 원본을 잠식할 정도라는 주장도 있고, 은퇴자 등 일부 계층의 경우 소득에 비해 세부담이 지나치게 많다는 주장도 있다. 이들은 매우 중요한 문제이고 개선의 필요성이 있으며, 이 문제들을 개선하기 위해 종부세 부담을 완화하는 경우 종부세가 무력화될 가능성이 있긴 하지만 세부담의 강도 자체가 종부세의 본질적인 문제라고는 할 수 없다. 종부세를 폐지하더라도 재산세 부담의 강화에 대해서는 별도로 논의할 수 있을 것이다.

두번째 이슈는 세부담의 누진성이다. 종부세는 일정 기준을 능가하는 고가의 재산 보유자에게 세부담을 가중시키는 제도이므로 분명히 재산보유세의 누진성을 강화하는 제도이다. 과세기준을 6억원으로 하느냐 아니면 9억원으로 하느냐, 최고세율을 3%로 하느냐 아니면 1%로 하느냐 문제가 모두 평균 세부담이 아니라 최고 세부담에 대한 문제이다. 그러므로 종부세의 무력화 또는 폐지는 재산보유세의 누진도를 완화하는 방향으로의 변화임이 분명하다.

그러나 재산보유세의 누진성이 국세인 종부세를 통해서만 가능한 것은 아니다. 영국의 지방세인 카운슬세는 누진적인 세율구조를 갖고 있으며, 우리나라에서도 종부세제도를 도입하기 이전부터 누진적인 재산세제를 갖고 있었다. 이는 지방세인 재산세 체계 내에서도 어느 정도의 누진성을 흡수할 수 있음을 시사한다. 그러나 그 정도에는 한계가 있다. 지방세는 응익적인 성격이 강하므로 비례세가 적절하며, 특정 지역의 지방세 누진도가 강하면 부유한 주민이 다른 지역으로 이주해 과세기반을 약화시킬 우려가 있다. 그러므로 고소득층 또는 자산가에게 소위 세금폭탄을 투여한다고 할 수 있는 정도의 강한 누진성을 부여하려면 그 세목은 국세로 해야 할 것이다.

셋째, 재산합산의 문제이다. 비례세의 경우에는 문제가 되지 않으나 누진세율을 적용하는 경우 개별 재산에 대해 누진세율체계를 적용할 것인지, 개인 또는 가구의 재산을 종합해 적용할 것인지가 중요한 이슈가 된다. 개별 자산에 대해 과세하는 경우 고가 부동산 보유에 대한 중과세가 문제가 될 것이며 이 문제는 누진도를 지나치게 강화하지 않는 한 재산세체계 내에서 소화할 수 있다. 그러나 합산과세의 경우 부유세의 성격을 띠게 되며, 지방세인 재산세보다는 국세인 종합부동산세가 적절한 과세체계가 될 것이다. 현행 종부세는 가구별 보유부동산을 종합해 과세하고 있는데, 이에 대해 금융자산을 포괄하지 못해 부유세로서 결함이 있다는 주장이 제기되고 있다. 그러므로 종부세의 지위를 확고히 하기 위해서는 합산과세 즉, 부유세적 과세의 필요성과 함께 다른 재산을 제외하고 부동산만을 합산해 과세하는데 대한 논리적 근거가 제시돼야 할 것이다.

또한 개인별로 합산할 것인지 가구단위로 합산할 것인지도 중요한 이슈가 된다. 현재 헌법재판소에서 검토 중이지만 만약 가구별 합산이 위헌이라면 개인별 보유 부동산을 종합해 누진과세하는 종부세의 지위는 매우 약화될 것으로 보인다. 가구단위가 아니라 개인단위로 합산하는 경우 세부담 회피의 가능성이 커서 누진세율체계가 실효성을 발휘하기 어렵기 때문이다.