종교를 사업으로 하는 비영리 사업자가 취득한 부동산내의 예배시설인 교회 및 교육관과 동일한 지번 및 울타리 안에 신축한 건축물인 주거용 생활관이 자료실 운영이나 기타 종교용으로 사용하는 공간이 있다면 그 전체 건축물을 비종교용 사업으로 보는 것은 부당하다는 결정이 나왔다.

행정자치부에 따르면 청구인은 종교사업으로 취득한 부동산의 교육관과 생활관 중 생활관을 종교적 사용으로 직접 사용하지 않는 부동산이란 사유로 한 비과세 신청을 반려하고 취득세 및 등록세 등을 부과 고지하자 ○○시를 상대로 심사를 청구했다.

결정문에서 행자부는 '지방세법 제107조 및 같은 법 제127조에 규정하고 있는 직접 사용의 의미는 종교활동을 하는 비영리 사업자의 종교의식, 종교 교육용, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단해야 한다'고 밝혔다.

이에 '이 사건 쟁점 건축물 중 2층 내지 4층의 목양관은 예배시설인 교육관과 구획의 토지에 건축된 것이라 하더라도 교회의 본당과는 30여미터 떨어져 있는 교회의 부속건물로서 연접해 건축된 교육관과는 독립된 주거용 건축물이므로 종교활동에 필요 불가한 종교시설의 부속건물로 보기 보다는 부목사, 전도사와 그 가족의 사택으로 사용하고 있는 주거용 건축물이므로 청구인의 고유목적인 종교사업에 직접 사용하기 위해 취득한 부동산으로 볼 수 없다'고 덧붙였다.

행자부는 또한 '다만 1층에 소재하고 있는 자료실은 종교용에 직접 사용하는 예배시설인 교육관과 같은 울타리내에 소재하고 있으면서 예배 및 교육에 필요한 교재 및 자료를 보관, 사용하고 있는 장소이므로 종교용으로 직접 사용하고 있는 부동산으로 봐야 함에도 이 건축물 전체를 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 신고ㆍ납부한 취득세 등을 수납해 징수 결정한 처분은 잘못이다'고 결정했다.