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남북 원산지와 관련해 추진상의 문제점을 살펴보면 근본적으로 남북 경제교류 활성화에 대비한 관세행정 지원체제 정비는 남북관계의 정치적 상황과 관계부처의 관련사업 추진상황에 맞춰 추진될 수밖에 없는 문제점을 안고 있다. 세관조직의 신설 및 관련시설의 설치는 철도·도로 및 관련건물의 완공일정에 맞춰 추진돼야 하는 시간적 제약을 받는다. 세관조직 관련 인원 및 검색장비의 예산 확보는 관계부처의 수용 및 협조가 필수적이다. 관계 부처와의 지속적인 협조체제 구축 및 남북교류의 진행 추이에 따른 통관절차·시설장비 등 마련으로 원활한 통관지원체제 구축이 필요한 실정이다.
관세행정상 그동안의 추진성과를 평가해 보면, 먼저 남북 경제교류 활성화에 대비한 관련규정 정비차원에서 2002년 12월 남북한 왕래자 통관관리에 관한 고시를 정비하고 2003년 3월 남북간 통행차량의 등록 및 출입절차에 관한 고시를 제정한 것은 잘된 점이라고 본다. 또한 세관시설 확보 추진을 지속적으로 해 2003년 9월 동해선 철도·도로 CIQ(customs, immigration, quarantine) 기본계획에 관세청안이 반영됐다.
특히 원산지 분야에서의 추진성과는 앞에서 살펴봤듯이 많은 진전이 있었다. 원산지 확인에 관한 규정을 정비해 2003년 9월 '남북교역물품 통관 관리에 관한 고시'를 개정했고, '남북 사이에 거래되는 물품의 원산지 확인절차에 관한 합의서' 채택에 따른 국내 시행에 필요한 후속 조치를 마련했다.
2003년 12월에는 남북원산지확인실무협의회 1차 회의 개최해 원산지 확인에 관한 세부기준, 원산지 증명서 발급내역 상호 통보, 남북의 통관절차 및 공정교역 정보 및 자료 교환 등에 대한 의견을 교환했고, 아울러 북한산 물품에 대해 최초로 북측 조선민족경제협력연합회에 원산지 확인을 공식적으로 요청했다. 2004년 3월 남북간 원산지 확인절차 시범 실시를 완료했다. 즉 2003년8월29일 합의한 '남북 사이에 거래되는 물품의 원산지 확인절차에 관한 합의서'에 따라 원산지 확인 절차에 대해 시범실시를 한 것이다.
2004년 5월 관세청이 주관하고 통일부, 재정경제부 등이 참석해 남북 교역물품 원산지관련 관계부처회의를 통해 품목별 원산지 확인 세부기준 등을 협의한 바 있다.
한편 개성공단 조성 및 남북간 육로교역 활성화에 대비, 통관체제 마련을 위해 13차례에 걸쳐 관계부처와의 협의 및 2회 업체 설명회 실시를 통해 개성공단 입주업체 지원을 위한 원산지 특혜·검사 축소 등의 특례절차 마련을 위한 '개성공업지구 반출입 물품 및 통행차량 통관에 관한 고시'를 2005년 3월에 제정해 시행한 바 있다.
반면 부족한 점을 살펴보면, 접경지역 세관조직 신설에 대한 협의가 행정자치부와 관세청간 계속 필요하고 제2차 남북 원산지 확인 실무협의회 개최 추진이 미흡한 상태에 있다. 원산지 확인 세부기준, 문서교환방식 등 현안사항 합의를 위한 제2차 남북 원산지 확인 실무협의회 개최 추진이 북측 사정으로 지연되고 있다.
