법인이 건축물을 취득하는 과정에서 발생한 각기 다른 건설자금 이자에 대해 동일한 과세표준을 적용해야 한다는 결정이 나왔다.

행정자치부는 한국전력공사가 경상북도 울진군수를 상대로 낸 심사청구에서 청구인의 주장이 일부 인정된다며 처분청은 취득세 등의 부과처분을 경정하라고 결정했다.

청구인은 지난 '98.6월 경북 울진군 북면 부구리 일대 울진원자력 3호기 발전용 건축물과 '99.11월 4호기 발전용 건축물을 취득한 후 취득·등록세를 신고납부했다.

그러나 세무조사과정에서 신고누락된 건설자금이자 7백90여억원에 대해 처분청은 지방세법 제112조제1항에 의거, 취득·등록세 및 농어촌특별세 등 모두 30여억원을 부과고지했다.

이에 청구인은 법인세법 제28조3항의 규정을 들어 건설자금이자 범위에서 고정자산의 건설에 소요되었는지의 여부가 불분명한 차입금은 과세대상에서 제외돼야 하며, 3·4호기 발전용 건축물에 서로 다른 과세대상 비율을 적용한 것은 부당하다며 심사청구했다.

행자부는 청구인이 주장하는 일반차입금에 대한 건설자금 이자는 취득세 등 과세대상이 아니라는 것은 지방세법시행령 제82조의3제1항에 의거, 간접비용으로 봐야함이 타당하다며 이유없음을 밝혔다.

그러나 건설자금 이자의 기납과세 표준 산정시 과세대상 비율을 3호기 22.302040%와 4호기 26.849577%로 달리 적용한 것은 잘못이라며 3·4호기 모두 22.945010%로 동일적용토록 결정했다.