매매계약 체결분뿐만 아니라 토지거래허가 신청분까지 중과 적용 배제

소득세법·부동산거래신고법 시행령 개정안 입법예고…이달내 공포

정부가 5월9일 다주택자에 대한 양도소득세 중과 유예 종료를 앞두고, 매매계약 체결분 뿐만 아니라 ‘토지거래허가 신청분’까지 양도소득세 중과 배제 혜택을 적용하기로 했다. 매도 의사가 있는 다주택자가 토지거래허가 심사 절차에 따른 불확실성으로 불편을 겪지 않도록 하기 위한 조치다.

정부는 9일 이같은 내용의 다주택자 양도소득세 중과 유예 종료 보완방안을 발표했다.

정부가 발표한 다주택자가 보유한 조정대상지역 주택에 대한 양도소득세 중과 유예 기한은 2026년 5월9일까지다. 하지만 최근 토지거래허가 신청 증가과 지역별 토지거래허가 처리 속도 차이, 시·군·구청의 토지거래허가 심사 소요기간(15영업일) 등을 감안하면 4월 중순 이후에 매수자를 구해 토지거래허가 신청을 하더라도 5월 초까지 허가 여부가 불확실하다는 지적이 제기돼 왔다.

이에 재정경제부, 국토교통부, 금융위원회 등 관계부처는 5월9일 토지거래허가 신청분까지 양도소득세 중과 적용을 배제하는 보완방안을 마련했다.

다주택자가 2026년 5월9일까지 토지거래허가를 시･군･구청에 신청하는 경우, 토지거래허가를 받고 매매계약을 체결한 후 강남3구와 용산구는 계약일부터 4개월 내(2026년 9월9일까지로 한정), 신규 지정 조정대상지역 주택은 계약일부터 6개월 내(2026년 11월9일까지로 한정) 양도하면 양도소득세가 중과되지 않는다.

한편 토지거래허가구역에서 다주택자가 제3자에게 임대 중인 주택을 무주택자에게 매도하는 경우, 오는 5월9일까지 시·군·구청에 토지거래허가를 신청하면 토지거래허가제도에 따른 매수자의 실거주 의무와 주택담보대출 실행시 전입신고 의무가 유예된다.

매수자의 실거주 의무는 올해 2월12일 기준 체결된 임대차계약상 최초계약종료일까지, 주택담보대출 실행시 전입신고 의무는 대출 실행일로부터 6개월 또는 임대차계약 종료일로부터 1개월 중 더 늦은 시점까지 유예된다.

재경부와 국토부는 이달 10일부터 17일까지 소득세법 시행령 및 부동산거래신고법 시행령 개정안을 입법예고하고, 국무회의 심의 등을 거쳐 이달 내 공포·시행을 목표로 추진할 예정이다.