입주권, 대체취득 외 일시적 1세대2주택 비과세 특례 적용 안돼

장특공, 주택 최대 80% vs 입주권 30%…"조세형평성 훼손" 지적

주택 정비사업 과정에서 발생하는 ‘조합원 입주권’에 대한 양도소득세 과세체계가 주택과 다르게 운영되면서, 조세부담을 왜곡하고 조세중립성과 형평성을 훼손하고 있다는 지적이 제기됐다. 2016년 소득세법 개정 이후 입주권 비과세 요건을 독립적으로 기술하면서, 개정 이전과 달리 실질적으로 주택과 유사한 성격을 가짐에도 세제혜택에서 불이익을 받고 있다는 분석이다.

이에 따라 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인한 1세대2주택 비과세 특례를 조합원 입주권 양도시에도 동일하게 적용해야 한다는 주장이 제기됐다. 또한 조합원 입주권 양도소득 중 관리처분계획인가 전 발생분에 대해 1세대1주택과 동일한 최고 80%의 공제율을 적용하는 등 합리적인 법령 정비가 필요하다는 지적이다.

홍성희 공인회계사(한국조세재정연구원)은 세무와 회계 연구 제44호에 실린 조합원 입주권 양도소득 과세제도의 개선방안을 통해 이같이 주장했다.

현행 소득세법상 조합원입주권은 부동산이 아닌 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로 분류된다. 2016년 소득세법 개정 전까지는 기존 주택과의 연장선으로 보아 양도소득 비과세 및 장기보유특별공제규정 적용시 주택으로 간주돼 왔다. 문제는 2016년 12월 소득세법 개정으로 관련 규정이 시행령에서 법률로 이관되면서 발생했다.

홍 회계사는 “조합원입주권과 주택이 병렬적으로 규정됨에 따라, 조합원 입주권은 대체취득 외의 상속, 동거봉양, 혼인 등의 일시적 1세대2주택 비과세 특례규정은 적용받지 못하고 있다”고 지적했다.

예를 들어 자녀가 1주택을 보유하고, 부모가 1조합원입주권을 보유한 상태에서 동거봉양을 위해 합가한 경우, 자녀의 주택을 먼저 팔면 비과세 혜택을 받는다. 하지만 조합원입주권을 팔고 자녀의 주택에서 거주하려 할 경우에는 양도소득세가 부과된다.

이는 동일한 상황임에도 납세자의 재산처분 순서에 따라 조세 부담이 달라지게 만들어, 조세중립성에 반한다는 설명이다.

장기보유특별공제율의 현격한 차이도 문제로 꼽혔다. 현행 법상 보유 및 거주요건을 충족한 1세대1주택은 최대 80%의 고율 공제가 적용되는 반면, 입주권 상태로 양도하면 공제율은 30%에 그친다.

홍 회계사는 “원조합원의 조합원입주권과 주택 사이에 현격한 세 부담 차이를 야기해 조세형평성 및 조세중립성을 훼손하고 있는 결과”라고 비판했다.

홍 회계사는 조합원 입주권에 대한 과세 왜곡을 바로 잡기 위해 두가지 입법적 정비방향을 제언했다.

먼저 소득세법 제89조를 개정해 동거봉양·상속 등으로 인한 1세대2주택 특례 사유를 조합원입주권 양도시에도 동일하게 적용해야 한다고 주장했다.

또한 조합원입주권 양도소득 중 기존주택 부분으로 간주되는 양도소득(즉, 관리처분계획인가일 이전 발생 부분)에 대해서는 1세대 1주택에 적용되는 고율의 장기보유특별공제가 적용되도록 명확한 규정 정비가 요구된다고 밝혔다.