민원인 A법인은 원천징수하여 납부한 법인세액의 환급세액이 있다는 것을 인식하고 있었다.

 이후 A법인은 2007년 귀속 사업연도에 발생한 토지 양도소득에 대한 법인세할 주민세가 환급세액 보다 적어 환급세액에서 차감될 것으로 생각하고 사업연도 종료일로부터 4개월 이내인 6월말까지 신고납부하지 않았다.

하지만 처분청은 이에 대해 2008년 7월 국세청 통보자료에 의거 9월 수시분으로 가산세를 포함한 토지 양도소득에 대한 법인세할 주민세 1천900만원을 A법인에게 부과 고지하였다.

이에 A법인은 지방세법 제 178조 1항에서 규정한 법인세할 주민세의 과세요건은 법인세법의 규정에 의하여 신고하거나 결정, 경정된 법인세로서 납세의무자가 납부해야 할 세액의 총액에 법 제 176조 제2항의 세율을 적용하여 계산한다고 규정하고 있다고 언급했다.

법인세할 주민세, 법인세 환급세액에서 자동차감?
A법인은 그러므로 비록 토지 양도소득에 대한 법인세 1억5천800만원이 있기는 하지만 먼저 원천징수하여 납부한 법인세액 중 환급받을 금액이 11억4천400만원이므로 사업연도 종료 후 법인세의 확정 신고 시점에 납부해야 할 법인세액이 없음에도 처분청이 환급 법인세액을 고려하지 않고 토지 양도소득에 대한 법인세만을 근거로 법인세할 주민세를 부과한 처분은 부당하다고 주장했다.

처분청은 이 같은 A법인의 주장에 대해 법인세는 원천징수분이 기 납부세액이지만, 법인세법 제98조를 제외하고는 법인 원천징수 당시에 주민세를 특별 징수하여 납부하지 않았으므로 주민세가 납부된 것이 아니라고 반박했다.

법인세할 주민세와 법인세는 별개
또한 처분청은 그러므로 주민세는 법인세의 총액으로 신고납부를 하도록 하고 있고, 앞서 주민세는 먼저 납부한 세액이 없었으므로 법인세의 계산과정처럼 차감 납부절차가 필요하지 않았고, 결국 A법인은 법인세액의 10%인 1천580만원의 신고납부의무가 있음에도 불구하고 이를 하지 않았으므로 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 포함, 주민세 1천9백만 원을 과세한 것은 정당하다고 주장했다.

지난 2008년 12월 30일에 열린 서울시 공개세무법정에서는 민원인과 이를 도와주는 최한철 특별세무민원담당관, 그리고 처분청의 의견을 심사숙고한 뒤 다음과 같은 결론을 내렸다.
법인세할 주민세의 신고납부 의무는 존재
지방세심의위원들은 민원인 A법인은 지방세법 제 178조 1항의 “납부하여야 할 세액”이라는 문구를 통해 주민세의 과세표준을 차감 납부할 세액이라는 이유로 세액이 없다고 주민세 과표에 관한 법률 해석을 오인하고 있으며, 법인세는 원천징수분이긴 하지만 처분청의 주장과 같이 법인원천을 제외하고는 법인 원천징수 당시에 주민세를 특별 징수하여 납부하지 않으므로, 주민세의 선 납부세액은 없다고 보았다.

심의위원들은 그러므로 A법인이 법인세할 주민세가 법인세 환급금액에 포함되어 차감될 것으로 생각하고 신고납부의무를 이행하지 않은 것은 옳지 않다고 판단하고, A법인의 민원에 대해 기각을 결정해 처분청의 주장에 손을 들어주었다.