종부세 세율체계, 주택 수에서 주택가액으로 일원화
1주택 종부세 기본공제 차등…거주용 14억, 비거주 9억
국내생산세액공제, 반도체·이차전지 등 6대 분야 신설
세제개편 세수효과, 향후 5년간 3조4천430억원
이재명 정부 2년차 세제개편안의 핵심은 비거주·초고가주택에 대한 ‘부동산세금 강화’로 요약된다. 똘똘한 한 채 현상을 부추기는 초고가주택과 갭투자 등 비거주주택에 대해 세부담을 늘리는 반면, 서민·중산층 거주주택은 세금부담을 완화해 과세형평을 제고하겠다는 계획이다.
민생경제·지방 지원을 위한 방안으로는 EITC 소득요건 완화·지급액 확대, 월세 세액공제 확대, 지방우대세제(R&D, 투자, 중소기업 취업자) 카드를 내놓았다.
관심이 높았던 ‘국내생산세액공제’ 신설도 담겼다. 국내생산 기반이 취약한 품목에 대해 생산량에 기초해 소득세·법인세를 세액공제한다.
정부는 3일 세제발전심의위원회를 열어 ‘2026년 세제개편안’을 확정했다. 올해 세제개편안은 ‘대체불가 대한민국을 위한 경제대도약 지원’을 목표로 잠재성장률 반등, 민생·지방 지원, 공정과세 확립, 세제합리화·납세편의 제고에 초점을 맞췄다. 이번 세제개편에 따라 향후 5년간 3조4천430억원의 세수 증가가 예상되며, 이 중 종합부동산세가 63.3%(2조1천815억원)을 차지한다.
◆ 다주택자 양도소득세 중과, 2028년까지 한시 완화…올해 중과분도 혜택
양도소득세는 주택 장기보유특별공제의 보유기간에 따른 공제를 폐지하고 거주공제로 전환하는 한편, 공제한도를 신설해 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원으로 단계별로 축소한다. 이에 따라 초고가주택, 다주택자, 비거주 1주택자의 양도세 부담이 커질 전망이다.
반면 중저가 실거주 1주택자의 세부담 완화를 위해 10년 이상 거주한 30억원 이하 1주택은 양도세 기본공제를 250만원에서 2천500만원으로 10배 상향한다.
종합부동산세 역시 실거주 1주택자 보호, 초고가주택·다주택자 부담 강화에 무게를 뒀다. 1세대1주택자 종합부동산세 부과대상을 주택가액 공시가격 9억원에서 14억원(시가 20억원) 이상으로 올린다. 거주용 1주택자의 기본공제금액도 12억에서 14억으로 올려 세부담을 완화한다.
반면 비거주 1주택은 기본공제를 현행 12억원에서 9억원으로 낮추고, 다주택자 기본공제도 축소한다.
아울러 종부세 세율체계를 ‘주택 수’ 기준에서 ‘주택가액’ 기준으로 단계적 일원화한다. 1세대1주택자 보유에 따른 세액공제를 거주공제로 전환하고, 2027년 800만원, 2028년 이후 600만원으로 세액공제 한도를 설정한다.
65세 이상 고령 1주택자는 수도권에서 지방으로 이주시 양도소득세를 최대 50%, 5억원까지 감면하고, 종합부동산세 납부유예도 확대한다. 지방 세컨드홈 과세특례 대상을 광역시를 제외한 비수도권 전역 지역으로 확대한다.
아울러 시장 매물 잠김을 해소하기 위해 다주택자 양도소득세 중과 제도를 2028년까지 한시적으로 완화한다. 올해 5월9일 중과 유예 종료 이후 양도분도 포함한다.
정부는 부동산 세제 개편이 시장에 안착될 수 있도록 종부세는 내년부터 2028년까지 순차별로 시행하고, 양도소득세는 내년 1년간 유예기간을 거쳐 2028년부터 점진적으로 정상화한다는 방침이다.
◆국내생산세액공제 신설…생산적 금융 ISA 도입
전략적 중요성이 높은 경제안보·녹색전환품목을 국내 생산·판매량에 따라 지원하는 국내생산세액공제가 신설된다. 지원분야는 △태양광발전 △풍력발전 △이차전지 △반도체 △핵심소재 △AI로봇부품 6대 분야다. 적용기간은 2036년까지 10년이다. 다만 마지막 3년에는 공제액을 75%, 50%, 25%로 점감하는 구조로 설계된다.
국가전략기술 수소분야를 SMR, MMR 등 ‘미래형 에너지’ 분야로 확대한다. 또한 친환경차 업무용 승용차 감가상각비 한도를 전기·수소차는 연 1천만원으로 한도를 올리고 내연차는 연 700만원으로 하향한다.
중소기업 특별세액감면과 영상·웹툰 콘텐츠 제작비 세액공제에 대해 점감 구간을 도입한다. 중소기업 졸업후 5년(상장기업 7년)이 지나더라도 향후 3년간 각각 감면율 2분의 1과 공제율 12.5%로 축소된 혜택을 적용한다.
벤처투자 세제지원이 적용되는 벤처기업 업력 요건을 설립내 7년에서 10년 이내로 완화하고, 지방 인구감소·인구감소관심지역 소재 벤처 직접 출자시 법인세 세액공제율을 5%에서 7%로 상향한다.
자본시장 활성화를 위해 국내시장 장기 투자에 혜택을 주는 ‘생산적 금융 ISA’도 도입한다. 200만원(서민형 400만원) 비과세 한도가 있는 일반 ISA와 달리 생산적 금융 ISA는 이자·배당을 전액 비과세한다. 34세 이하(총급여 7천500만원 이하)를 대상으로 한 ‘청년형 생산적 금융 ISA’는 납입액의 10% 소득공제 추가 혜택을 준다.
◆EITC 지급액 최대 360만원…지방 국내생산세액공제 수도권 최대 1.5배로 확대
세제개편안의 또다른 한 축은 민생안정·지방 지원 강화다. 우선 EITC(근로장려세제) 소득요건과 지급액을 대폭 확대한다. 단독가구 2천600만원, 홑벌이 3천700만원, 맞벌이 5천200만원으로 소득요건이 인상되고, 최대 지급액도 단독가구 180만원, 홑벌이가구 310만원, 맞벌이가구 360만원으로 높인다.
월세세액공제 월세 한도를 연 1천만원에서 1천200만원으로 확대하고, 종합소득 기본공제 부양가족 소득요건은 300만원(총급여 750만원)으로 늘린다.
배달 라이더 등 영세 인적용역 사업자의 원천징수 세율을 3%에서 2%로 인하하고, 연매출 4억 이하 음식업자의 부가가치세 의제매입세액공제 우대공제 적용기한을 2년간 연장한다.
지방주도 성장 지원을 위해 국내생산세액공제, R&D비용 세액공제, 통합투자세액공제에 ‘지역별 계수’가 도입돼 지방에 대한 세제 혜택이 수도권의 최대 1.5배로 확대된다.
중소기업 취업자 근로소득세 감면제도도 지방 우대 방향으로 손질했다. 청년은 5년 동안 90% 감면하는 단일화 구조에서 4개 지역별로 차등화해 최대 10년까지 늘린다. 60세 이상 고령자, 장애인는 감면율을 3년간 70%에서 지역별로 최대 90%까지 확대한다.
수도권에서 비수도권으로 기업 이전시 근로자 지방 이주수당은 3년간 최대 월 50만원을 비과세한다.
◆가업상속공제, 피상속인 경영요건 10년→30년, 사후관리 5년→10년
가업상속공제는 공제대상 업종, 요건, 공제한도를 재설계한다. 피상속인 경영요건이 10년에서 30년 이상으로 늘어나고, 사후관리도 현재 5년에서 10년으로 늘린다. 피상속인이 20년 이상 30년 미만인 경우는 부족기간에 대해서는 사후관리 기간을 연장한다.
또한 기업의 승계 지원을 위해 친족이 아닌 제3자에게 사업을 승계하는 경우에도 매도자와 매수자에게 세제혜택을 주는 특례를 신설한다.
아울러 최근 자본시장 발전의 저해 요인으로 지적돼 온 인위적인 ‘주가 누르기’를 방지하기 위해 PBR이 오랫동안 과도하게 낮게 유지된 주식에 대한 세법상 평가방법을 개선한다.
정부는 그간 지속적으로 조세지출 일몰을 연장해 오던 관행에서 벗어나 전체 241개의 약 50%인 115개를 정비한다는 방침이다.




