조세심판원, 조특법상 감면배제 명시 규정 없어

국세청 "폐업 연도에도 중기 특별세액 감면 적용" 해석

 

 

중소기업이 과세연도에 사업장을 폐업했다고 하더라도 기존 감면받은 대상에선 배제할 수는 없다는 심판결정이 내려졌다.

 

조세심판원은 과세연도 사업장을 폐업함에 따라 기 신고한 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이라는 심판결정문(조심 2025저2928)을 5일 공개했다.

 

조세심판원에 따르면, 청구인은 2017년 9월 건설업을 개업한 개인사업자로, 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용해 종합소득세를 신고·납부했다.

 

반면 처분청은 청구인이 사업장을 2020년 10월에 폐업했기에 2020년 과세연도 종료일 현재 계속사업자에 해당하지 않는다고 봐 감면세액을 부인하고 종합소득세를 부과처분했다.

 

이와 관련, 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전인 것) 제7조 제1항 제1호 사목에서는 ‘중소기업 중 건설업을 경영하는 기업에 대해서는 2020년 12월31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면한다’고 규정하고 있다.

 

청구인은 조특법 제7조 제1항 및 같은 법 시행령·시행규칙 어디에도 과세연도 중에 폐업한 경우 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용하지 못한다는 규정을 없기에 폐업한 과세연도에도 중소기업 특별세액감면은 적용돼야 한다고 주장했다.

 

반면, 처분청은 중소기업에 대한 특별세액감면제도의 입법 취지는 경쟁력이 취약한 중소기업의 보호·육성을 위해 소득세 및 법인세를 감면해 줌으로써 재무구조 개선 및 설비투자 촉진을 지원하기 위한 것으로, 적어도 감면적용의 대상이 되는 과세기간 종료일 당시 당해 사업을 영위하고 있어야 한다고 과세처분의 정당성을 강변했다.

 

조세심판원은 사실관계 및 관련법령 심리를 통해, 청구인의 손을 들어줬다.

 

조세심판원은 조특법 제7조 제1항 제1호에서 중소기업이 각 목에서 규정한 감면대상 업종을 영위할 것을 감면의 요건으로 규정하고 있을 뿐, 과세연도 중에 사업을 폐업한다고 해서 감면이 배제되는 것으로 명시하고 있지 않고 있다고 적시했다.

 

또한, 조특법 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되면서 감면세액에 대한 사후관리 규정이 삭제되었고, 이후 국세청도 예규를 통해 폐업한 연도에도 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용받을 수 있다고 해석[법인46012-182(2003.3.14.), 서이46012-10540(2003.3.18.) 외] 하고 있는 점을 제시하며, 처분청의 당초 처분을 취소토록 심판결정했다.