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구독하기 2026.06.08. (월)

"1주택자, 장특공제한도 설정하고 공제체계 실거주 중심 재편해야"

장특공제 비과세 기준, 양도가액→양도차익 전환

고가주택 양도차익, 저율 분리과세 방식 검토

상생임대주택 특례, 일몰·적용 범위 축소 바람직

기은선 교수, 한국조세연구포럼 학술대회서 주장

 

현행 1세대1주택자에 대한 세제 혜택이 서울 등 특정지역의 고가주택 보유자와 초장기 보유자에 과도하게 집중돼 자산 양극화와 지역 간 주거자산 격차를 심화하고 있다는 지적이 제기됐다. 이를 해결하기 위해서는 장기보유특별공제(장특공제)에 금액 한도를 설정하고, 공제율 산정 체계를 단순 보유보다 실제 거주기간에 비례하게 재편해야 한다는 주장이 나왔다.

 

또한 장기적으로는 비과세 기준을 양도가액이 아닌 양도차익 중심으로 개편하고 초고가주택의 초과 자본이득에 대해서는 저율 분리과세 방식을 도입할 필요가 있다는 제언이다.

 

기은선 강원대학교 경영회계학부 교수는 9일 서울시립대학교 백주년기념관에서 열린 한국조세연구포럼 춘계학술대회에서 1세대 1주택 세부담 합리화 방안을 통해 이같이 주장했다.

 

기 교수는 현행 주택 관련 과세체계가 ‘똘똘한 한 채’ 현상을 완화하기보다 이를 제도적으로 고착화하는 측면이 있다고 비판했다.

 

2024년 고가주택 양도소득세 예정신고 현황에 따르면, 서울 지역의 고가주택 신고 건수는 전국의 75.7%지만, 전체 장기보유특별공제 혜택는 무려 90%가 서울에 쏠려 있는 것으로 나타났다.

 

또한 20년 이상 초장기 보유자는 전체 신고 건수의 17.3%에 그쳤음에도 전체 공제액의 절반 이상인 52.3%를 독식하고 있어 보편적 보편적 실수요자 보호라는 당초 취지가 퇴색됐다는 지적이다.

 

기 교수는 “장기보유특별공제의 보다 근본적인 한계는 소득공제의 형태를 취하고 있다는 점”이라며 “누진세율 체계 하에서 소득공제인 장기보유특별공제는 한계세율이 높은 고가주택 소유자에게 더 큰 세부담 절감효과를 누리게 하는 역진적 특성을 지닌다”고 지적했다.

 

기 교수는 구체적인 대안으로 장기보유특별공제의 한도를 설정하고, 공제율 산정 체계를 단순 보유보다 실제 거주기간에 비례하게 재편해야 한다고 주장했다.

 

장기보유특별공제 한도는 통상적인 양도차익을 기준점으로 설정하면 평균적 1주택자의 장기보유·실거주 혜택은 유지하면서도 초고가주택에 대한 과도한 공제 확대를 제한할 수 있을 것으로 내다봤다.

 

서울 국민평형(84㎡) 평균 아파트 가격(13억원)과 10년 이상 보유·거주시 통상적 양도차익(8억원)을 적용한 6억4천만원~6억5천만원 내외의 공제한도를 설정하는 방식이다.

 

이 방식이 도입되면 서울의 평균적 1주택자는 기존과 동일한 혜택을 받지만, 양도차익이 30억원에 달하는 초고가 주택 보유자는 공제액이 현행 24억원에서 6억5억원으로 제한돼 과도한 공제를 막을 수 있다.

 

또한 장기보유특별공제율 산정 체계를 보유기간보다 실제 거주기간에 비례해 혜택을 차등화해야 한다고 강조했다. 영국처럼 고가주택에 대해서는 거주기간 요건을 충족한 경우에만 높은 공제율을 적용하고, 비거주 보유기간에 대해서는 일반공제 수준으로 제한하는 방식이다.

 

중장기적 개편방안으로는 비과세 기준을 양도가액이 아니라 양도차익 기준으로 전환하고, 초고가주택의 초과 자본이득에 대해서는 저율 분리과세 방식을 도입할 것을 제안했다.

 

아울러 임대차 시장 안정을 목적으로 도입된 상생임대주택 특례는 실거주 의무를 임대 요건으로 대체함으로써 비거주 1주택자에게 과도한 세제 혜택을 부여하고 있다며 일몰을 원칙으로 하되, 연장 시에는 대상 주택의 가액 한도를 설정하여 고가주택에 대한 혜택 집중을 차단해야 한다고 말했다.

 

◆재산세 1주택자 과세특례, 실거주 주택에 한정

종부세, 비거주 고가 1주택자 특례 축소해야

 

보유세 역시 초고가주택 보유세 정상화와 실거주 중심의 보유세 특례 재설계를 주장했다.

 

기 교수는 “재산세는 1주택자 과세특례를 실제 거주 주택에 한정하고 비거주 1주택자는 일반 과세 원칙을 적용하는 것이 바람직하다”고 말했다.

 

반면 “종합부동산세는 고액 자산 보유에 대한 보완적 과세이기 때문에 비거주 고가 1주택자에 대한 특례를 축소하고 실거주자 중심의 정액 세액공제로 전환할 필요가 있다”고 밝혔다. 비거주 1주택자는 현행 1세대 1주택자 특례 공제액 12억원 대신 일반 납세자 기준인 9억원을 적용해 면세 범위를 축소하고, 장기적으로는 실거주주택에 한해 정액공제를 부여하는 방식으로 전환해야 한다는 것이다.

 

아울러 “1세대 1주택자에 적용되는 고령자·장기보유 세액공제 역시 현행 비율 방식에서 실거주 기간에 연동된 정액 세액공제 방식으로 전환해야 한다”고 말했다. 고령·장기보유 실거주자의 유동성 문제는 납부유예제도 확대를 통해 보완해야 한다고 덧붙였다.

 

기 교수는 “보유세제는 공시가격 현실화율과 공정시장가액비율을 동시에 조정하는 복잡한 방식에서 벗어나 과세표준 산정 구조를 단순화하는 방향으로 개편돼야 한다”며 “공시가격은 가능한 한 객관적인 시가 반영 기준에 따라 산정하고, 세부담 조정은 행정적 비율 조정보다 법률에 근거한 명확한 세율체계와 공제제도를 통해 이뤄지도록 설계해야 한다”고 말했다.






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