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구독하기 2026.05.10. (일)

내국세

[초점]공익법인 의무이행 사후검증 하반기부터 본격화한다

12월 결산 이어 2월 결산 공익법인 끝나는 7월부터 검증 착수할 듯 

공익법인, 상속·증여·부가세·법인세·소득세 등 다양한 혜택 부여

혜택 많은 만큼 세법상 신고·이행 의무…위반시 증여·가산세 부과

 

 

12월말 결산 공익법인의 결산서류 공시와 출연재산 보고서 제출 기한이 지난 4월말 종료된 가운데, 국세청이 각종 공시서류와 신고자료에 대한 분석에 착수할 예정이다.

 

국세청의 공익법인 검증은 2월말 결산하는 학교법인 등의 신고가 종료되는 6월말 이후인 하반기부터 본격적으로 착수된다.

 

공익법인은 종교단체, 학교·유치원, 사회복지법인, 의료법인, 특례기부금으로 운영하는 사업, 일반기부금단체의 고유목적사업, 재경부장관이 지정·고시하는 기부금으로 운영하는 사업 등을 영위하는 비영리법인을 지칭하며, 작년 연말 기준 국내 공익법인은 약 4만여개에 달한다.

 

불특정 다수를 위한 공익사업을 영위하는 공익법인에게는 다양한 세제 혜택을 부여하고 있다.

 

공익법인에게 재산을 출연하는 경우 상속세·증여세 과세가액에 포함하지 않으며, 종교·자선·학술·구호 그 밖의 공익목적으로 공익법인이 공급하는 일정한 재화 또는 용역 등에 대해서도 면세하고 있다.

 

공익법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위해 고유목적사업 준비금을 계상한 경우 해당 사업연도의 손금 산입이 가능하며, 공익법인에게 기부금을 지출하는 경우 연말정산시 기부금세액공제 대상에 포함된다.

 

이처럼 다양한 세제혜택을 누리는 공익법인에 대해선 결산서류 공시와 출연재산 보고, 출연재산의 공익목적 사용 등의 세법상 의무가 부과되고 있다.

 

결산서류 공시는 종교법인을 제외한 공익법인 모두가 재무제표 등 결산서류를 홈택스에 게재하는 방법으로 공시해야 하며, 출연받은 재산이 있는 공익법인 등은 ‘출연재산등에 대한 보고서’를 홈택스 또는 관할세무서에 서면으로 제출해야 한다.

 

또한 공익법인은 법인세법상 의무이행 여부를, 소득세법상 공익단체는 수입명세서를 홈택스 또는 관할세무서에 제출토록 하고 있다.

 

◆공익법인 신고·제출 의무 외형별 차등화

 

공익법인의 주요 신고·제출의무는 외형별로 차등화해, 자산 5억 미만이면서 수입금액+출연재산이 3억원 미만인 소규모 공익법인은 ❶출연재산보고서 등 제출의무 ❷결산서류 등 공시의무 ❸공익법인 의무이행 여부 보고 ❹전용계좌 개설·사용 의무 ❺기부금영수증발급합계표 제출, 기부자별 발급명세 작성 등 의무를 짊어지게 된다.

 

자산 5~100억원 또는 수입금액+출연재산 3~50억원 미만 중규모 공익법인의 경우 소규모 공익법인의 의무와 함께, ❻외부전문가(변호사, 공인회계사, 세무사)로부터 출연재산 공익목적 사용, 출연재산 보고 적정 여부 등에 대한 확인서 제출의무가 추가된다.

 

자산 100억원 이상 또는 수입금액+출연금액 50억원 이상 또는 출연재산 20억원 이상인 대규모 공익법인은 소·중규모 공익법인의 의무와 함께, ❼외부회계감사 보고서 제출의무 ❽주기적 감사인 지정 의무 등을 추가로 이행해야 한다.

 

공익법인의 결산공시와 출연재산 보고는 국민들이 공익법인을 평가하는 가장 중요하고 기본적인 정보로, 이같은 세법상 의무사항을 이행하지 않을 경우 무거운 제재가 뒤따른다.

 

공익법인은 기부금·부동산·주식 등 출연재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 전부 사용하고, 3년 이후에도 계속해 공익목적사업에 사용하지 않을 경우 출연받은 재산에 대해선 증여세가 부과된다.

 

또한 출연재산을 매각한 사업연도 종료일부터 1년 이내 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90% 이상 매각대금을 직접 공익목적사업에 사용하지 않을 경우에도 증여세가 부과된다.

 

이와함께 출연재산을 수익사업에 사용해 발생한 운용소득은 사업연도 종료일부터 1년 이내 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용해야 하며, 이를 위반할 경우 증여세는 물론 가산세 10%가 부과된다.

 

이사·임직원 취업 제한룰도 적용돼, 공익법인의 출연자 또는 특수관계인이 해당 공익법인 이사 수의 1/5를 초과하거나 임직원을 취임할 경우 가산세가 부과되며, 공익법인이 출연받은 재산을 출연자 및 그의 특수관계자에게 무상 또는 저가로 사용·수익을 줄 경우에는 증여세가 부과된다.

 

이외에도 수익용 출연재산 의무사용과 주식의 출연·취득·보유 제한 등의 규정과 함께, 특정기업의 광고 등 행위 금지, 특정계층에만 공익사업 혜택 제공 금지, 공익법인 해산시 잔여재산 국가 귀속 등의 세법상 의무를 짊어지고 있다.

 

상속·증여·부가가치세·법인세·소득세 등 다양한 혜택을 부여하는 만큼 세법상 의무를 부여하고 있는 공익법인이지만, 회계부정과 사적유용 등 혐의가 드러난 불성실 공익법인이 매년 국세청 검증과정에서 적발되고 있다.

 

◆작년 검증에서 303개 공익법인에 198억원 추징

 

국세청이 지난해 하반기부터 불성실 공익법인에 대한 검증에 나선 결과, 총 303개 법인으로부터 법인자금 사적유용, 상속·증여세법상 의무위반 등의 사례가 드러나, 증여세 등 총 198억원이 추징됐다.

 

적발된 사례로는 공익자금을 내 돈처럼 사적유용한 사례가 많아, 공익법인 이사장이 자녀 명의로 건물을 신축하면서 공익법인 자금으로 건물 공사대금을 대납하거나, 이사장의 사교 목적으로 운영되는 모임 가입비를 공익법인이 대납하는 것은 물론, 이사장 일가가 귀금속·면세점쇼핑·골프장비용·애완동물 및 피부미용비를 법인 신용카드로 사적 이용한 사실이 드러났다.

 

공익자금을 부당거래 하는 등 세법상 의무를 위반한 사례도 적발됐다.

 

출연자의 배우자·자녀 등 특수관계인을 공익법인의 임직원으로 고용해 인건비 등의 경비를 지급하거나, 출연재산을 매각한 후 현금화해 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용해야 하나 매각대금 일부를 공익목적사업에 미사용한 사례가 드러났다.

 

이와함께 공익법인이 특수관계인에게 주차장 운영을 위탁하고, 특수관계인이 이를 재위탁해 실제 관리 없이 운영수익의 차액만을 취득한 사례도 사후검증을 통해 드러났다.

 

한편, 기부자가 늘어나기 위해선 공익법인에 대한 사회적 신뢰가 높아져야 가능하며, 이는 공익법인의 투명성이 강화가 기반이 되어야 한다.

 

국세청이 공익법인의 투명성 강화를 위해 기부금을 사적으로 사용하거나, 공익법인 자금을 사유화하는 등 공익법인의 건전한 운영을 저해하는 위법·부당한 행위에 대해선 엄정한 검증을 이어가고 있는 이유다.

 

국세청은 특히, 공익법인이 제출하는 각종 공시자료와 신고자료에 대해서는 상시 분석해 세법상 의무이행 여부를 검증하는 한편, 운영실태에 대해서도 한층 강화된 검검에 나서는 등 기부자가 안심할 수 있는 환경을 조성하기 위해 사후관리 체계를 지속적으로 강화하고 있다.






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