Ⅴ. 토지 등 양도소득에 대한 과세특례

 

종전 특별부가세가 폐지되고 2002.1.1. 이후 양도분부터 특정지역에 소재하는 토지 및 건물을 양도할 때 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부하는 것과 별도로 지가급등지역에 대한 “토지 등 양도소득에 대한 법인세”를 추가로 납부하여야 합니다. 또한 2004.1.1.이후부터는 주택 및 부수토지의 양도소득에 대하여 법인세가 추가 과세되고 2007.1.1.이후부터는 비사업용 토지 양도소득에 대해 법인세가 추가과세 됩니다.

1. 지가급등지역 토지 등 양도소득에 대한 과세특례

 

국토의 계획 및 이용에 관한 법률 §125의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 아래의 지역에 소재하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)을 양도한 경우에는 양도소득의 10%(미등기의 경우 20%)를 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다.

 

    

1. 조세특례제한법 시행령 제56조 제2항의 규정에 의한 대도시권 2. 개발이익환수에 관한 법률 제2조 제2호의 규정에 의한 개발사업이 진행 중이거나 예정되어 있는 지역 및  그 인근지역

    ※ 현재 지가급등지역이 지정되지 않아 동 규정은 적용되지 않고 있습니다.

 

 [1] 토지 등 양도소득(법§55의2 ⑥)

 

     = 토지 등의 양도금액 - 양도 당시의 세무 상 장부가액

 

 [2] 미등기(법§55의2 ⑤)

 

     장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 취득등기가 불가능한 토지 등을 제외하고 취득 등기를 하지 아니하고 양도한 경우를 말합니다.

 

2. 주택 및 부수토지 양도소득에 대한 과세특례

 

국내 소재 주택으로서 다음에 해당되지 아니하는 주택(그 부수토지를 포함)를 양도한 경우에는 토지 등 양도소득의 30%(미등기의 경우 40%)를 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다.

 

주택 부수토지는 건물이 정착된 면적 5배(도시지역 외 10배)와 건물의 연면적의 1배 중 넓은 면적을 말합니다.

 

    

1. 5호 이상의 국민주택을 임대하는 법인이 10년 이상 임대한 국민주택 2. 대지면적 298㎡ 이하이고 주택의 연면적이 149㎡ 이하 건설임대 주택을 2호 이상 임대하는 법인이 5년 이상 임대하는 건설임대주택(양도 당시 주택 및 부수토지의 기준시가 6억원 이하) 3. 주주 등이 아닌 임원 및 사용인에게 제공하는 사택 및 무상임대주택으로서 제공기간이 10년 이상인 주택 4. 저당권 실행․채권 변제로 취득한 주택으로 3년 미경과 주택 등   ☞ 저당권 실행으로 취득한 주택의 경우 2006.2.9.이후 최초로 양도하는 분부터 적용

3. 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례

 

비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 30%(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 40%)를 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다.

 

□ 비사업용 토지

 

 [1] 농지(전·답·과수원)

 

  (1) 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지(농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지는 제외)

 

  (2) 특별시·광역시 및 시지역 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역 안의 농지(도시지역 등으로 편입된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 농지를 제외)

 

 [2] 임야(일정 요건의 임야는 제외)

 

 [3] 목장용지(일정 요건의 목장용지는 제외)

 

 [4] 비사업용 나대지

 

  (1) 지방세법상 재산세 종합합산과세대상 토지(재산세 종합합산과세대상이나 사업에 사용하는 토지는 제외)

 

  (2) 주택부수토지 초과분^*

 

     * 도시지역 안의 토지 : 5배, 도시지역 밖의 토지 : 10배

 

  (3) 별장과 그 부속토지(일정 요건의 건물과 그 부속토지는 제외)

 

          ☞ 2005.12.31. 법이 개정되었으나 적용시기를 1년간 유예하여 2007.1.1.  이후 양도하는 분부터 적용합니다.

 

4. 비과세

 

미등기 토지 등을 제외하고 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득, 법인이 직접 경작하던 농지로서 소득영 제153조 제1항의 규정에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득, 도시및주거환경정비법 그밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 않습니다.

 

Ⅵ. 비영리법인에 대한 과세특례

 

비영리법인의 경우 Ⅰ장에서 설명한 바와 같이 법§3 ②에서 열거하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되며 청산소득에 대한 법인세가 과세되지 않습니다.   과세소득의 계산방법은 대부분 영리법인과 동일하나, 과세소득의 계산․과세방법 등에 있어 다음과 같은 과세상의 특례를 두고 있습니다.

 ☞ 국세기본법에 의하여 법인으로 보는 단체의 구성원이 해산으로 인하여 분배받는 금액은 배당금으로 보아 과세됩니다. (법§16 ① 4호)

 

1. 비영리법인의 범위

 

법인세법 제1조 제2호 및 법인세법시행령 제1조에서 규정하는 법인을 말합니다.

 

비영리법인의 범위

○ 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 내국법인

 

○ 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 내국법인

 

    ☞ 영§1에서 열거하는 조합법인 외의 법인으로서 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외합니다.

 

○ 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체

 

－ 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단‧재단 기타단체로서 등기되지 아니한 것

 

－ 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

 

－ 기타 법인격 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 단체

 

∙ 사단․재단 기타단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 ∙ 사단․재단 기타단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유‧관리할 것 ∙ 사단․재단 기타단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

2. 수익사업의 범위

 

비영리법인에게 법인세가 과세되는 수익사업의 범위는 법과 시행령에 열거되어 있으며, 그 내용은 다음과 같습니다.(법§3, 영§2)

 

① 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 사업 중 수익이 발생하는 것으로 하되 다음의 사업은 제외합니다.   ∙ 축산업(축산관련서비스업 포함)‧조경 및 관련서비스업 외의 농업   ∙ 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외) ∙ 영§2 ① 2의2 규정에 의하여 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한함)이 국내에서 영위하는 선급 검사용역

∙ 교육서비스업 중 유아교육법에 의한 유치원, 초․중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업   ∙ 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업 ∙ 연금 및 공제업 중 국민연금법에 의한 국민연금사업과 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한함)   ∙ 사회보장보험업 중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험사업   ∙ 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세법 §12 ① 16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업   ∙ 금융 및 보험 관련 서비스업 중 예금보험제도를 운영하는 사업 등   ∙ 한국주택금융공사법에 따른 주택담보노후연금보증사업(보증사업과 주택담보노후연금지급사업에 한함)☞2007.1.1.이후 개시하는 사업연도부터 적용   ∙ 대한적십자사조직법에 의한 대한적십자사가 행하는 핼액사업  ② 소득세법(법§16 ①)에 규정하는 이자, 할인액 및 이익  ③ 소득세법(법§17 ①)에 규정하는 배당 또는 분배금  ④ 주식‧신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입  ⑤ 고정자산[고정자산처분일 현재 3년이상 계속하여 당해 고유목적사업(①의 수익사업은 제외)에 직접 사용한 것 제외]의 처분으로 인한 수입  ⑥ 소득세법(§46 ①)에 규정하는 채권(법인세가 비과세되는 것 제외)을 매도함에 따른 매매익

【참고 : 통칙 및 예규】

 

 － 교육서비스업의 범위(통칙 3-2…6)

 

    영§2 ① 3호의 규정중 “초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업·이라 함은 같은법에 의한 교육과정에 따라 실시하는 교육서비스업을 말하는 것으로 평생교육법에 의한 학교부설 평생교육기관인 전산정보교육원 등의 운영과 관련된 교육서비스업은 이에 해당되지 아니한다.

 

  － 비영리내국법인의 수익사업소득계산에 관한 특례

 

     구 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호)에 의거 비영리내국법인이 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정을 적용함에 있어서 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물 포함)의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세및증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임(서면2팀-2252, 2006.11.06  동지 서면2팀-720, 2006.05.02)

 

 － 공제조합이 수입하는 보증수수료의 수익사업 해당 여부

 

     특별법에 의해 설립된 비영리 공제조합이 그 조합원에 대한 보증업무를 수행하고 수입하는 보증수수료는 그 징수명목에 불구하고 같은법 제3조 제2항 제1호의 수익사업에서 생기는 소득에 포함되는 것임(법인46012-2054, 2000.10.5)

 

  － 연구기술료를 주무부장관이 정한 용도에 사용하는 경우

 

   정부출연금 등에 의해 연구활동을 하는 특정연구기관육성법에 의한 비영리연구기관이 일반기업체와 계약을 체결하여 당해 연구활동에서 발생한 연구결과를 제공하고 기술료를 받는 경우 당해 기술료가 주무장관이 정하는 용도에만 사용되는 경우에도 동 기술료수입은 수익사업으로 보는 것임(법인46012-1782, 1998.7.2)

 

  － 연구용역수입은 수익사업에 해당함

 

   비영리법인이 특정인과의 계약에 의해 자연과학·인문 및 사회과학에 관한 연구개발용역을 제공하고 이에 대한 대가를 받는 연구용역수입은 금액의 다소에 관계없이 법인세법 제1조 제1항 제1호의 수익사업에 해당함(법인46012-1466, 1998.6.3)

 

－ 고유목적에 직접 사용하던 토지에 상가를 신축분양하는 경우

 

   비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 수익사업에 해당하는 공동사업에 출자하여 상가 등을 신축분양한 경우 수익사업에서 생긴 소득으로 보아 법인세를 과세함(법인46012-3087, 1996.11.6)

 

 － 지방자치단체의 시설물을 위탁관리하는 경우

 

   비영리법인이 지방자치단체로부터 청소년수련시설(청소년회관)의 운영권과 시설물 사용관리권을 위탁받아 이를 관리‧운용하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 법인세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임(법인46012-1067, 1996.4.3)

 

  － 용역제공 대가와 관련하여 수수료로 받는 특별회비는 수익사업임

 

     비영리법인이 회원으로부터 받는 회비는 수익사업에서 발생한 소득에 해당되지 아니하는 것이나, 용역제공 등의 대가와 관련하여 수수료로 받는 특별회비는 수익사업에서 발생한 소득에 해당되는 것임

 

(법인46012-123, 1995.1.14)

 

  － 재개발조합이 체비지 및 건축시설을 매각하는 경우 수익사업에 해당

 

     도시재개발법에 의해 설립된 주택개량재개발조합이 체비지 및 건축시설(상가, 유치원)을 매각하는 경우 매매차익은 법인세법 제1조 제1항의 수익사업에 해당함(법인46012-105, 1993.6.19)

 

  － 국고보조금을 수령하는 경우

 

   특별법에 의하여 설립된 비영리 공익법인이 법인세법시행령 제2조의 규정에 의한 수익사업과 관련한 재화 또는 용역의 공급없이 「보조금의 예산및관리에관한법률」에 의한 국고보조금(부동산을 취득하여 국가에 기부채납하고 동 부동산에 대한 무상사용 수익권을 취득하는 조건)을 수령하는 경우 동 국고보조금은 수익사업 또는 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것임(서이46012-12053, 2003.11.29)

 

3. 수익사업 소득에 대한 과세

 

가. 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입

 

비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금을 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정범위 안에서 소득금액 계산상 손금에 산입합니다.(법§29) <손금산입한도>      이자․배당소득금액 등 × 100%      기타의 수익사업에서 발생한 소득 × 50%

☞ 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세법 또는 조세특례제한법에 의한 비과세․면제, 타 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제 제외)를 받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금 산입할 수 없습니다. (2006.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용)

 

☞ 고유목적사업준비금은 결산조정에 의해서만 손금에 산입할 수 있습니다.(법§29 ⓛ)

 

   다만, 주식회사의외부감사에관한법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 신고조정에 의해 손금에 산입한 경우로서 그 금액 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우에는 손금으로 산입할 수 있습니다.(법§61 ⓛ)

 

 [1] 준비금 설정 대상법인

 

－ 법인세법에서 규정하는 비영리내국법인

 

－ 국세기본법§13 ① 및 ②의 규정에 의한 법인으로 보는 단체 중 다음의 법인

 

  ∙ 영§36 ① 1호 해당 지정기부금 대상이 되는 단체

 

  ∙ 법령에 의하여 설치된 기금

 

  ☞ 위 법인 이외의 법인으로 보는 단체는 1998.12.28이 속하는 사업연도부터 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없으나, 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업을 위해 지출하는 금액은 지정기부금으로 봄(영§36 ②)

 

 [2] 준비금설정한도(법§29 ①)

 

－ 전액 손금산입 대상소득

 

  ∙소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액(영§2 ① 5호 나목에 의한 연금 및 공제업 법인의 채권투자 등 금융자산 운용소득을 포함하며, 비영업대금의 이익은 제외)

 

   ※ 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에게 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득 포함

 

   ※ 한국주택금융공사법에 따른 한국주택금융공사가 법인세법시행령 제2조 제1항 제10호에 따른 주택담보노후연금보증사업의 보증료 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득 포함 ☞ 2007.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용

 

  ∙소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배금

 

  ∙소득세법 제17조 제1항 제1호·제2호 및 제6호 규정에 의한 배당소득금액 (상증법 제16조 및 제48조에 의해 상속·증여세가 과세되는 주식 등으로부터 발생한 배당 제외)

 

  ∙특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 

  ∙조특법 제74조 제1항에 규정된 법인의 수익사업소득

 

  ∙조특법 제74조 제3항의 규정에 의한 법인이 주권상장법인 및 코스닥상장법인의 주식을 양도함에 따라 발생하는 소득

 

－ 80% 손금산입 대상소득

 

  ∙ 농업·수산업협동조합중앙회 및 산림조합중앙회의 수익사업소득

 

     (조특법§74 ②)

 

     ☞ 2007.1.1. 이후 최초로 발생하는 소득 분부터 70%적용

 

  ∙ 공익법인의설립ㆍ운영에관한법률에 의하여 설립된 법인으로 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 50% 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 수익사업소득으로서 전액 손금산입 대상소득이 아닌 기타의 수익사업소득(법§29 ①)

 

－ 50% 손금산입 대상소득

 

  ∙ 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금, 법§24 ② 규정의 국가 등에 지출한 기부금 및 조특법§73 ①에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액)에서 위 전액 손금산입 대상소득, 법§13의 이월결손금, 국가 등에 지출한 기부금 및 조특법§73 ①에 의한 기부금을 차감한 금액

 

 [3] 준비금의 사용

 

○ 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 설정사업연도 이후 5년 이내에  설립목적을 직접 수행하는 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하고 남은 잔액은 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시   익금에 산입합니다.

 

－ 고유목적사업

 

당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법시행령 제2조 제1항의 수익사업 외의 사업을 말함(영§56 ⑤)

 

－ 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 금액(영§56 ⑥)

 

① 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

 

② 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 건강보험‧연금관리 및 공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령의 규정에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

 

∙ 사립학교법에 의한 학교법인이 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출한 금액도 고유목적사업에 사용한 것으로 인정함

 

③ 농협협동조합중앙회가 법§61 ①에 의한 신고조정에 의한 의해 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

 

④ 의료업을 영위하는 비영리법인이 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

 

∙ 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 의료기기 등 고정자산이란?

 

  㰋¼ 병원 건물 및 부속토지

 

  㰋¼ 국민건강보험법에 의한 요양급여의 적용대상이 되는 의료기기 중 취득가액이 100만원 이상인 의료기기 

 

  㰋¼ 초음파영상기·자기공명영상기·양전자단층촬영기

 

∙ 의료기기 등 사용금액의 처리방법

 

  고유목적사업준비금 중 의료기기 등 취득금액을 의료발전회계로 구분 경리하여야 합니다.

 

∙ 의료발전회계의 처리방법 (통칙 29-56…6)

 

구분	병원회계(수익사업)				의료발전회계
전입시	고유목적사업준비금전입	100/	고유목적사업준비금	100	-
구입시	자                산 고유목적사업준비금	100/ 100/	현                  금 의  료   발   전  준  비  금	100 100	자산(별도관리) 100 /의료발전준비금 100
결산시	감  가 상  각  비 의 료 발 전 준 비 금	20/ 20	감 가 상 각 누 계 액 의료발전준비금환입(익금)	20  20	의료발전준비금 20 /자  산  20
처분시	현                 금 감 가 상 각 누 계 액 처    분    손    실 의 료 발 전 준 비 금	50/ 20 30 80	자                  산 의료발전준비금환입(익금)	100  80	의료발전준비금 80 /자  산  80

⑤ 농협협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회 등이 상호금융예금자보호기금 등에 출연하는 금액

 

－ 준비금의 사용 순서 등

 

∙ 당해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용한 금액은 먼저 계상한 준비금부터 사용한 것으로 봅니다.

 

∙ 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 지출한 것으로 봅니다.

 

－ 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 다음에 해당되는 경우에는 5년이 경과하기 전이라도 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 준비금잔액을 익금에 산입합니다.

 

   ∙ 해산하거나 고유목적사업을 전부 폐지한 때

 

∙ 법인으로 보는 단체가 승인취소 되거나 거주자로 변경한 때

 

☞ 이자상당액의 가산

 

  1999.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 손금산입하는 고유목적사업준비금을 5년이 되는 날까지 사용하지 아니하고 환입하는 경우 이자상당액을 법인세에 가산하여 납부하여야 합니다.

 

※ 이자상당액 = ① × ②  ① 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액  ② 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

【참고 : 예규】

 

  － 의료기기 등 고정자산 취득금액도 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 의료업 영위 비영리법인의 범위

 

     법인세법시행령 제56조 제6항 제3호의 규정에 의한 “의료업을 영위하는 비영리내국법인”의 범위에 사립학교법에 의해 설립된 학교법인이 운영하는 대학병원이 포함되는 것임(서면2팀-786, 2006.05.09)

 

  － 외부감사대상법인에 해당하지 아니하나 감사인의 회계감사를 받는 비영리법인은 ‘준비금의 손금계상 특례’를 적용받을 수 있음

 

     (서이46012-11844, 2003.10.23)

 

  － 고유목적사업준비금 잔액을 초과해 지출하는 금액의 손금산입 여부

 

     비영리내국법인이 당해 법인의 고유목적사업에 지출하거나 지정기부금으로 지출하는 금액은 법§29 ①의 규정에 의해 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에서 먼저 상계하는 것이며

 

     직전 사업연도 종료일 현재 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 지출하는 경우에는 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보는 것이므로

 

     같은법 같은조의 규정에 의한 고유목적사업준비금의 한도액을 초과하여 지출하는 금액은 손금에 산입하지 아니하는 것임

 

(재경부 법인46012-82, 2003.5.12)

 

  － 고유목적사업의 기본재산으로 편입하는 경우

 

     장학사업을 고유목적사업으로 하는 비영리내국법인이 수익사업에 사용하던 임대용 부동산의 처분으로 인하여 발생한 수입을 법§29 ①의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 후 이를 다시 고유목적사업의 기본재산으로 편입한 경우에는 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없음(재경부 법인46012-81, 2003.5.12)

 

  － 수익사업용 고정자산 취득에 지출한 비용

 

     비영리법인이 수행하는 사업이 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이라 하더라도 영§2 ①에 규정된 수익사업에 해당하는 경우에는 고정자산의 취득 등 동 수익사업을 위하여 지출하는 금액(의료법인의 의료기기 취득은 제외)은 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 않음

 

     (서이46012-10969, 2002.5.7)

 

  － 의료발전준비금 손금산입 적용시기

 

     의료업을 영위하는 비영리법인이 영§56 ⑥ 제3호 및 규칙§29의2에서 규정하는 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 2001.1.1 이후 개시하는 사업연도에 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 분부터 동조 제9항의 규정에 따라 동 준비금 상당액을 의료발전회계로 구분하여 경리한 경우에 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로  보는 것임(재경부 법인46012-105, 2002.5.28)

 

  － 의료발전준비금의 사용

 

     의료업을 영위하는 비영리법인이 규칙§29의2에 규정된 의료기기 등을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 의하여 법§29의 규정에 의한 고유목적사업준비금 잔액을 사용하는 것으로 보아 의료발전준비금의 적립을 통한 의료발전회계로서 구분경리할 수 있는 것이며, 동 규정에 따라 고유목적사업준비금 잔액을 사용한 것으로 하여 의료기기를 취득한 법인이 동 의료기기에 대하여 법§23의 규정에 의한 감가상각비를 각 사업연도의 손금으로 계산한 경우에는 감가상각비 상당액을 의료발전준비금의 환입액으로 하여 익금에 산입하는 것임(법인46012-117, 2002.2.27)

 

  － 분리 과세된 이자소득의 고유목적사업준비금 설정가능 여부

 

     비영리법인이 이자소득에 대하여 법인세법(1998.12.28 개정전의 것, 이하 같음) 제39조의 규정에 의한 원천징수 방법을 선택함으로써 같은 법 제27조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 포함되지 아니한 이자소득에 대하여는 같은 법 제12조의 2의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금에 계상할 수 없는 것임(법인46012-1004, 2000.4.22)

 

  － 법인으로 보는 단체로 승인받은 노동조합의 고유목적사업준비금 설정가능 여부

 

     비영리내국법인인 법인으로 등기된 노동조합 외에 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 노동조합은 수익사업에서 발생한 소득금액을 법§29에 의해 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 계상할 수 없는 것이나 이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 영§36 ②에 의하여 이를 지정기부금으로 보아 각 사업연도 소득금액을 계산하는 것임(법인46012-2063, 2000.10.7)

 

  － 청산중에 있는 비영리법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없음(법인46012-4051, 1999.11.22)

 

  － 고유목적사업용 고정자산 취득에 지출한 비용

 

   비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금산입한 사업연도종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니한 경우 이를 (구)법인세법 제12조의2의 규정에 따라 익금에 산입함에 있어 고유목적사업에 직접 사용하는 연구시험장치 등 고유목적사업용 고정자산 취득에 지출한 비용은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 것임(재경부 법인46012-36, 1999.3.13)

 

  － 고유목적사업에 직접 사용하는 사무실의 임차보증금

 

   비영리내국법인이 고유목적사업에 직접 사용하기 위해 사무실을 임차하고 지급한 임차보증금은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당함(서면2팀-1115, 2005.7.18)

 

  － 사내근로복지기금이 근로자에게 우리사주 취득자금을 지급한 경우

 

   사내근로복지기금이 정관의 규정에 따라 근로자의 재산형성을 지원하기 위하여 우리사주를 취득하여 근로자에게 무상으로 지급하는 경우에 당해 주식을 취득하는데 소요되는 금액은 고유목적사업에 사용한 금액으로 봄

 

(법인46012-3899, 1998.12.14)

 

  － 고유목적사업준비금으로 계상한 퇴직급여충당금

 

   비영리법인이 고유목적사업준비금으로 고유목적사업에 종사하는 직원에 대한 퇴직급여충당금을 설정한 경우에는 법인세법 제13조 및 같은 법 시행령 제18조에서 규정하는 범위내의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 것임(법인46012-3312, 1996.11.28)

 

  － 고유목적사업준비금을 법령에 의한 기금으로 적립한 경우

 

   손금에 산입한 고유목적사업준비금을 기금으로 적립한 때에 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 경우는 “특별법에 의하여 설립된 법인이 법령의 규정에 의하여 기금으로 적립한 경우”에 한하는 것임

 

(법인46012-2471, 1996.9.5)

 

  － 당기순이익 과세법인은 고유목적사업준비금을 설정할 수 없음

 

   결산재무제표상의 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세를 과세하는 조세감면규제법에 의한 공공법인은 당기순이익과세를 포기하지 않는 한 법인세법 제12조의2 규정의 고유목적사업준비금을 손금으로 계상할 수 없음

 

(법인46012-1619, 1996.6.4)

 

  － 종업원의 주거용으로 사용된 사택은 고유목적사업에 사용한 고정자산임

 

   비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 사용된 사택은 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되는 것임(재경부 법인-197, 2003.12.10)

 

  － 사립학교법인의 고유목적사업준비금 사용시점

 

   사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액 계산시 법인세법 제29조의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임

 

(서면2팀-1370, 2006.07.20 같은뜻 서면2팀-1135, 2004.6.2)

 

  － 고유목적사업준비금과 특례기부금의 손금산입 한도액 계산

 

   비영리내국법인이 조세특례제한법 제73조 제1항 각호에 해당하는 기부금을 지출하는 경우 법인세법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 별도로 손금에 산입할 수 있는 것임(재경부 법인46012-115, 2001.6.12)

 

  － 고유목적사업준비금과 특례기부금의 한도액 계산시 우선순위

 

     고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 특례기부금을 지출하는 경우 각각의 손금산입한도액은 각 사업연도 소득금액 계산순서에 따라 준비금한도액을 먼저 계산한 후 기부금 한도액을 계산하는 것임

 

(서면2팀-844. 2004.4.22)

 

나. 비영리법인의 이자소득에 대한 법인세 신고특례

 

 [1] 비영리법인의 이자소득 과세표준 신고특례

 

 

○ 비영리법인의 이자소득에 대하여는 다른 소득과 달리 과세표준신고를 하지 아니할 수 있습니다. 이 경우 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득(이자소득 중 일부도 가능함)은 이자소득 수령 시 원천징수납부 한 것으로 신고의무가 종결됩니다. 즉, 종합과세인 신고납부방법과 분리과세인 원천징수방법 중 하나를 택할 수 있습니다.(법§62)

 

    － 소득세법§16 ① 12호의 비영업대금의 이익에 대하여는 위의 규정을 적용할 수 없습니다.

 

    － 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없습니다.(영§99 ②)

 

 [2] 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고특례

 

○ 이자소득만 있는 비영리법인은 시행규칙 별지 제56호 서식에 의하여 법인세 신고를 할 수 있습니다.(규칙§82 ②)

 

    － 이 경우 대차대조표, 손익계산서·이익잉여금처분계산서·세무조정계산서를 첨부하지 않습니다.

 

【참고 : 예규․판례】

 

  －  비영리법인은 이자소득의 분리과세 원천징수방법을 매사업연도마다 선택적용 가능하며 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 않을 수 있음(서이46012-10574, 2002.03.21)

 

다. 당기순이익 과세특례

 

신용협동조합, 새마을금고 등 조특법 §72 ① 각호에 열거된 조합법인은 결산재무제표상의 법인세 공제 전 당기순이익에 기부금 손금불산입액과 접대비 손금불산입액을 합한 금액을 과세표준으로 하여 법인세를 신고납부 할 수 있습니다.   다만, 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니합니다.

 ☞ 2006.1.1. 이후 개시사업연도부터 조합공동사업법인도 조합법인에 포함됩니다.

 

－ 조특법 기본통칙 72-0…1 【결산재무제표상 당기순이익의 범위】

 

  ① 법 제72조 제1항에서 “결산재무제표상 당기순이익”이라 함은 법인세법시행령 제79조의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용 차감전순이익을 말한다. 이 경우 당해 법인이 수익사업과 비수익사업을 구분경리한 경우에는 각 사업의 당기순손익을 합산한 금액을 과세표준으로 한다.

 

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 조합법인 등이 법인세추가납부세액을 영업외비용으로 계상한 경우 이를 결산재무제표 상 법인세비용차감전순이익에 가산한다. (2005.7.7. 신설)

 

  ③ 제1항의 규정에 의한 과세표준에는 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 동법시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산의 처분익을 포함한다. (2005.7.7. 항번개정)

 

  ④ 기업회계기준상 당기순손익을 과소계상한 조합법인이 그 다음사업연도 결산 시 당해 과소계상상당액을 전기오류수정손익으로 이익잉여금처분계산서에 계상한 경우 법인세 과세표준계산은 국세기본법상 수정신고 또는 경정청구를 통해 과소계상한 사업연도의 과세표준을 조정하여야 한다.

 

라. 정비사업조합에 대한 과세특례(조특법§104의7)

 

 ○ 2003.6.30. 이전에 구 주택건설촉진법에 의하여 조합설립 인가를 받은 재건축조합으로서 도시및주거환경정비법의 시행에 따라 법인으로 등기한 정비사업조합(전환정비사업조합)에 대하여는 법인세법 제2조의 규정에 불구하고 정비사업조합과 그 조합원을 소득세법상 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용할 수 있습니다.

 

 ○ 2003.7.1. 이후 설립된 정비사업조합(조특법 제104조의7 제1항 단서에 의해 법인세를 신고한 전환정비사업조합을 포함함)에 대하여 2008.12.31.까지는 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용할 수 있습니다.

 

  － 정비사업조합이 도시및주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업이 아닌 것으로 봅니다.

 

  －법인세법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금은 설정할 수 없습니다.

 

  － 정비사업의 시행으로 조성된 토지 및 건축물의 소유권을 모두 이전한 후, 당해 정비사업조합에 대하여 체납처분을 집행해도 납부할 국세·가산금 또는 체납처분비를 징수할 수 없는 경우 잔여재산의 분배 또는 인도를 받은 자가 제2차 납세의무(분배 또는 인도받은 가액을 한도로 함)를 집니다.

 

 ○ 적용시기

 

  － 2003.12.30.이 속하는 과세연도 분부터 적용합니다.

 

  － 제2차 납세의무규정은 2004.1.1.이 속하는 과세연도부터 적용합니다.

 

【참고 : 예규】

 

  － 2003.6.30. 이전 설립인가, 2003.7.1. 이후 변경인가를 받은 경우

 

     2003.6.30. 이전에 조합설립인가를 받았으나 2003.7.1. 이후에 사업면적 및 조합원 확대로 조합변경인가를 받은 경우 공동사업자로 소득세법을 적용할 수 있음(서면1팀-262, 2006.02.27)

 

4. 기타 사항

 

가. 법인으로 보는 단체의「최초 사업연도 개시일」

 

신설법인의 최초사업연도 개시일은 일반적으로 설립등기일을 말하나, 법인설립등기를 하지 아니한 법인으로 보는 단체의 최초사업연도 개시일은 다음과 같습니다.(영§3)

① 법령에 의하여 설립되고, 설립일이 정하여져 있는 경우 : 설립일

 

② 주무관청의 허가‧인가를 요하는 경우 : 허가일 또는 인가일

 

③ 법령에 의하여 주무관청에 등록한 경우 : 등록일

 

④ 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 등기되지 않은 재단 : 기본재산을 출연 받은 날

 

⑤ 관할세무서장의 승인을 얻은 단체 : 승인일

 

나. 수익사업 개시 신고

 

비영리법인이 수익사업을 개시한 때에는 수익사업 개시일로부터 2월 이내에 수익사업 개시신고서와 함께 수익사업에 관련된 대차대조표 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.(법§110)

 

다. 기부금영수증 발급내역의 작성·보관의무

 

 ○ 법인세법 제24조 및 조세특례제한법 제73조의 기부금을 받는 단체 등은  연간 100만원을 초과하는 금액을 기부하는 내국법인에게 기부금영수증을 발급하는 경우 “기부법인별 발급내역”을 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 합니다.(법§112조의2)

 

 ○ 기부금영수증 발급내역 작성·보관의무 위반 시 가산세(법§76조 ⑩)

 

  - 사실과 다르게 발급한 기부금영수증 금액의 100분의 1

 

  - 기부금영수증 발급내역을 작성·보관하지 않은 경우 발급금액의 1천분의 1