법인세법상 지정기부금단체의 범위를 비영리 민간단체로 확대해 달라는 시민사회단체의 요구가 끊이지 않고 있으나, 한정된 보조금과 시민사회단체의 난립 등의 문제로 정부가 섣불리 결론을 내리지 못하고 있다.

국회 재경위에 따르면, 지난해말 기준으로 시민사회단체 등록단체는 5천430개, 비등록단체는 1만9천530개로, 매년 꾸준히 증가하고 있으나 재정구조가 취약해 어려움을 겪고 있는 것으로 나타났다.

또한 시민사회단체의 80%는 '비영리민간단체지원법'에 의한 비등록 단체로 대부분 소규모·영세단체다.

특히 시민사회단체의 수입은 회비 및 후원금 41.2%, 정부지원 14.8% 등이 주 수입원으로, 이에 따라 시민단체들은 회비 및 후원금에 대한 세제지원을 요구하고 있다. 

정부는 그러나 시민사회단체에 대한 보조금이 한정돼 있고, 현행 법인세법상 지정기부금 대상으로 선정해야 하는 어려움을 안고 있다.

현행 세법상 지정기부금 대상이 되기 위해서는 종교단체나 학술연구단체 등 일정한 경우를 제외하고는 대상단체가 법인이어야 한다.

또한 지정기부금 대상단체로 지정되지 않은 경우는 회비 등의 소득공제 혜택을 받을 수 없다.

이에 따라 법인세법 시행규칙을 개정해 지정기부금 지정대상을 비영리법인뿐만 아니라 '비영리민간단체지원법'에 의해 등록된 단체까지 확대해야 한다는 의견이 제기되고 있다.

이와 함께 제반여건상 법인세법상의 지정기부금대상 단체로 인정하기 곤란할 경우는 소득세법상 시민사회단체 회원의 회비에 대해 소득공제하는 방안을 별도로 검토할 필요가 있다는 주장도 나오고 있다.

시민사회단체내에서는 재정경제부 장관이 지정기부금 단체로 지정할 때 단체의 조직기준과 운영기준, 제정기준을 합리적으로 심사해 투명성을 강화해야 한다는 대안도 제시되고 있다.